Когда в десятых числах мая в Москву собрались все сторонники нового царя, разразился кровавый стрелецкий бунт: 15 мая с утра в стрелецкой слободе прошел слух, что Ивана удушили. Стрелецкие полки отправились в Кремль наказать убийц, но здесь их встретили царица Наталья с сыном Петром и царевичем Иваном. Они клялись, что никакой обиды никто им не чинит, и стрельцы было поутихли, как вдруг молодой Долгорукий, бывший начальником Стрелецкого приказа, стал бранить проявивших столь ярую любовь к царской семье вояк и угрожать им расправой. Долгорукие, что отец, что сын, были для стрельцов что красная тряпка для быка. Стоявшие впереди стрельцы набросились на князя Долгорукого и убили его. А уж дальше их было не остановить. Волна убийств и насилия прокатилась по Москве; восстание продолжалось два дня. Все сторонники Натальи Нарышкиной были пытаны и убиты, ей не на кого было опереться теперь, и фактически она отошла от власти. С подачи Софьи, быть может, стрельцы били царице-регентше челом, чтобы правили оба брата — Иван да Петр, а опекуншей при них молили назначить царевну Софью. 26 мая 1682 г. Дума и патриарх провозгласили царей Ивана и Петра соправителями, а тремя днями позже было получено официальное согласие Софьи стать правительницей при недееспособных братьях.
Вроде бы живи да не тужи, но серьезные проблемы создавал воевода князь Иван Андреевич Хованский, глава Стрелецкого приказа. Он после стрелецкого бунта завоевал глубочайшее доверие и преданность стрельцов и, видимо, строил в уме планы отстранить от власти девицу-Софью: не дело это, когда страной баба правит! Стрельцы, на все готовые для своего воеводы, в то время были могучей силою, пожалуй, даже единственной в стране: учрежденное при Иване Грозном, который своим указом дал им организацию и оружие, стрелецкое войско было постоянным и, хотя находилось на жалованьи у царя, вполне было способно диктовать свои условия властям, буде во главе встанет кто-то, не страшащийся ни Бога, ни черта и с амбициями. Нечто подобное творилось многими столетиями ранее, в Западной Римской империи, когда легионеры возводили на трон и столь же легко свергали неугодных им владык; за полсотни лет сменилось до 40 таких «солдатских» императоров!
В Московии времен регентства царевны Софьи стрельцов всерьез опасались и шли им на различные уступки. По-хорошему за бунт 1762 г. их надо было бы наказать, чтобы впредь неповадно было, но те, кто выжил, были этому настолько рады, что, мало того, не подумали даже о массовых казнях, да еще и одобрили возведение на Красной площади памятного монумента в честь стрельцов, защитивших отечество во время смуты и искоренивших измену, в самый царский дворец пробравшуюся.
Софья терпела выходки стрельцов и их главы, пока это было ей на руку, однако настал момент, когда воевода Хованский, прозванный за длинный язык Тараруем-Пустомелей, совсем страх божий потерял. Он совершенно распустил подчиненных ему стрельцов, так что царская семья уж не чувствовала себя в безопасности в Москве, окруженной стрельцовскими слободами, прикармливал раскольников, обещая им помощь войска, ежели те захотят восстановить на Руси старую веру. Сам же Хованский, как поговаривали, искал верховной власти для себя и сына своего Андрея и использовал верных ему стрельцов с раскольниками-старообрядцами, чтобы власть Софьи пошатнуть, показать, кто в Москве главный хозяин…
Как мы видели по предшествующим событиям, это было Хованскому вполне по силам. Если бы не мудрость и женская хитрость Софьи, которую сам Симеон Полоцкий назвал «премудрой», отмечая редкое соответствие имени характеристикам носительницы. С раскольниками она, привыкшая «церковные книги читати и в отеческих свитцех мудрости искати» (С. Полоцкий) расправилась в ходе «прения о вере», легко обратив стрельцов на свою сторону: она обвинила их едва ли не в измене государству, обоим царям и ей, ими же потребованной правительнице. Главу раскольников Никиту Пустосвята она приказала казнить, прочих сослала подальше. Хованский и его сын Андрей были схвачены по обвинению в умысле на жизнь царей (главным доказательством сего богопротивного деяния были состряпанное И. М. Милославским письмо и распространившиеся слухи) и казнены 17 сентября, о чем стрельцам и сообщили. Софья и вся царская семья в это время благоразумно находилась не в Москве, уж очень гнева стрельцов обиженных опасались, поэтому в Троицкой лавре собиралось царское войско, сюда ждали ополченцев со всей России. Но те сразу смекнули, что остались без главы и защитника, и теперь уж лучше не норов свой проявлять, а покориться повелениям Софьи, главным из которых было «не лезть не в свои дела» (с подобной формулировкой мы еще встретимся позднее, в XVIII в.). Стрельцы прощения просили за смуту, шапки перед патриархом и царевной ломали и были прощены; окончанием смуты можно считать октябрь 1682 г., когда мемориальный столб, поставленный во славу бунтовщиков, был разрушен.