После запрещения «Нашей газеты» в августе 1906 г. Водовозов заведовал иностранным отделом и состоял членом редакций заменивших ее газет – «Товарищ» (август 1906 г. – декабрь 1907 г.), «Столичная почта» (октябрь 1906 г. – март 1908 г.), «Наш век» (январь 1908 г.), «Наша газета» (март 1908 г., январь – апрель 1909 г.), «Правда жизни» (декабрь 1908 г. – апрель 1909 г.), участвуя и в других периодических изданиях. Кускова, с которой Водовозов был связан многолетним товариществом – не только по работе в демократической прессе, но и политическими пристрастиями, считала, что настоящим его призванием являлись «познание и претворение точных научных данных в популярную газетную, журнальную статью или брошюру, доступную массовому читателю». Водовозов «был ценнейшим сотрудником всякого литературного предприятия именно потому, что его энциклопедизм всегда сочетался с добросовестностью, почти скрупулезным отношением к объективной постановке проблемы или фактов. Заскакивать вперед, оперировать “интуицией” вместо анализа или же кормить читателя отсебятиной вместо сообщения ему точных данных по данному предмету он не любил. В редакции мы шутя называли его “энциклопедическим словарем”, а в энциклопедических словарях он был незаменимым работником именно в силу этого пристрастия к точному и четкому знанию»46
. Другой коллега, А. М. Хирьяков, отмечал, что, хотя Водовозов не посвятил себя преподавательской деятельности, наследственность сказывалась в его стремлении выражать свои мысли «в наиболее ясных, точных и удобовоспринимаемых формах», и даже самый склад речи был характерно педагогическим: «Он отчеканивал фразу за фразой, как бы стараясь вдолбить в головы слушателей с наибольшей прочностью те воззрения, которые считал правильными. Как сейчас вижу его с характерным потряхиванием головы и укоризненно повторяющим: “глаза, господа, даны человеку для того, чтобы видеть, а не для того, чтобы только моргать, а уши даны, чтобы слушать, а не хлопать ими”»47.В конце 1904 г. Водовозов стал одним из инициаторов проведения совещания представителей периодических изданий, на котором обсуждалась идея созыва I Всероссийского съезда русской печати. Состоялся он только в июне 1908 г. и, помимо решения профессиональных задач, обсудил, как отметить 80-летие Л. Н. Толстого. Водовозов, избранный одним из секретарей «комитета съезда повременной печати», нес большую часть его практической работы: от составления и рассылки «циркуляров», приглашавших зарубежных деятелей присылать статьи для «толстовского» сборника, а редакции – их номера, посвященные юбилею, до чтения лекций48
. «Первая революция, давшая на время русскому обществу некоторую свободу, – писал Водовозов, – дала возможность мне выступать в качестве публичного лектора по разным вопросам политики, государственного права и истории литературы, в частности я особенно охотно читал публичные лекции о Пушкине. В течение 1905–07 гг. я прочитал бесчисленное множество таких лекций в различных городах Российской империи. По большей части эти лекции оканчивались благополучно, но иногда прерывались полицией и вызывали составление протокола. С 1907 г. лекции почти систематически запрещались и только с 1911 г. вновь изредка разрешались»49.Во время избирательной кампании в 3-ю Государственную думу Водовозов намечался петербургским кандидатом Трудовой группы, но ввиду опасений, что он не будет допущен к выборам, совещание народных социалистов и трудовиков решило снять его кандидатуру50
. В новую Думу, открывшуюся в ноябре 1907 г., вследствие ужесточения избирательного законодательства трудовики смогли провести лишь 14 депутатов: численность фракции сократилась более чем в шесть раз. «Начался для нас период бледный и вялый, – сетовал Водовозов. – Мы были слабы в Думе, у нас не было крупных талантов, и большого влияния на Государственную думу мы не могли иметь»51. В мае 1909 г. Водовозов сделал попытку уйти на педагогическую работу, подав прошение попечителю Кавказского учебного округа об утверждении «в звании преподавателя» с программой лекций по курсам «новой истории и русской истории до Петра Великого», которые он намеревался читать на Высших женских курсах в Тифлисе52. Получив, видимо, отказ из-за политической «неблагонадежности», Водовозов снова уехал за границу – в Константинополь, где в результате младотурецкой революции был низложен султан Абдул-Хамид II и введена конституция, о чем писал для газеты «Русское слово»53, и его статьи в «Турецком сборнике»54 оценивались как «наиболее содержательные»55.