Майор Жданов, демобилизовавшись из армии, осенью 1945 года стал ассистентом на кафедре органической химии МГУ и одновременно учился в аспирантуре Института философии под руководством уже известного нам химика и философа Бонифатия Кедрова. Молодого учёного привлекали проблемы на стыке наук, и в 1945—1947 годах Юрий Жданов опубликовал в журнале «Октябрь» две статьи о взаимосвязи биологии и эволюции человечества. Журнал регулярно читал Сталин, и небанальная статья сына ближайшего соратника привлекла внимание всесильного вождя. Произошло это в октябре 1947 года, когда Сталин отдыхал на даче в Сочи. Там же в это время отдыхала и семья Жданова — консилиум кремлёвских врачей отправил Андрея Александровича в лечебный отпуск в связи с обострившейся болезнью сердца. Отпуск Жданов использовал и для личного доклада вождю о ходе первого совещания Коминформа. Вместе с женой на госдачу в Сочи отправились сын и старшая сестра Жданова Анна Александровна.
Иосиф Сталин дважды — 18 октября и 10 ноября — приглашал к себе на дачу Юрия Жданова. Тот приезжал в гости к вождю вместе с тётей, работавшей, кстати, в редакции того самого журнала «Октябрь», где печатался Юрий. Живший одиноко Сталин к многочисленной женской родне своего ближайшего приятеля Андрея Жданова относился несколько иронично, называя кремлёвскую квартиру Ждановых «бабьим царством». Но сын нашего героя явно импонировал стареющему вождю — Юрий Жданов действительно был эталонным представителем «золотой молодёжи», воспитанной в советском духе: с детства серьёзно учился, в годы войны не прятался от фронта, но в отличие от того же Василия Сталина (с ним Юрий был в приятельских отношениях) не был замечен в шумных гулянках и скандалах, наоборот, усердно и успешно занимался наукой. В беседе с молодым учёным, хорошо знакомым ему с детства, Сталин хотел из первых уст получить сведения о проблемах химии и биологии, а также о положении в главном университете страны.
Итог встреч получился довольно неожиданным — Сталин предложил Юрию Жданову поработать в аппарате ЦК, в отделе, курирующем науку. Жданов-старший был против, он явно предпочитал для сына куда более спокойную и надёжную карьеру советского учёного. Однако активно сопротивляться пожеланию старшего товарища наш герой не хотел, да и не мог. К тому же Юрий Жданов с честолюбием молодости и под впечатлением лестных оценок вождя был совсем не против поработать на политической ниве в столь солидном учреждении.
1 декабря 1947 года Юрий Жданов был назначен на должность заведующего отделом науки Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б). В принципе, это была испытанная кадровая политика сталинизма — бросать на ответственную работу замеченного свыше молодого специалиста и смотреть, справится или нет. Но здесь была существенная разница: новый выдвиженец состоял в родстве со вторым человеком в сталинской иерархии.
Как всякий «неофит» на высокой должности, Юрий Жданов сразу развил кипучую деятельность и в целом удовлетворял строгим требованиям того непростого времени. Так, именно он активно участвовал в реализации проекта нового комплекса МГУ на Ленинских (Воробьёвых) горах в Москве. Но уже в апреле 1948 года Юрий совершил одну аппаратную ошибку, споткнувшись на так увлекавшей его биологии — по неопытности он забыл, что является крупным партийным чиновником, а не молодым учёным, и неосторожно влез в биологические дискуссии вокруг академика Лысенко.
Сам Юрий Андреевич вспоминал об этом так: «Подмываемый молодым задором, 10 апреля 1948 года я выступил на семинаре лекторов обкомов и горкомов ВКП(б) в зале Политехнического музея с лекцией на тему "Спорные вопросы современного дарвинизма". К интригам я и тогда не очень был приспособлен, да и сейчас плохо в них плаваю, и не знал, что, пока я читал лекцию, за спиной в подсобном помещении музея меня слушали и записывали Т.Д. Лысенко и М.Б. Митин»{750}
.Лекция Юрия Жданова действительно содержала умеренную критику концепций и действий Трофима Лысенко. Последний знал о том, что новый куратор науки к нему не благоволит, и прослушал выступление Жданова-младшего по репродуктору в одном из кабинетов музея. Марк Митин, хотя лично и распинался в преданности по итогам «философского съезда», был противником группировки Жданова-старшего.