В начале января 1996 г. Перес столкнулся с еще одним сложным решением. Служба общей безопасности Израиля - ШАБАК - обратилась к нему за разрешением на убийство Яхьи Айяша, так называемого "Инженера", который лично организовал несколько терактов с участием смертников ХАМАС, в результате которых погибли 50 и были ранены 340 израильтян. Израильские СМИ представили его как врага народа номер один, сильно преувеличив его статус в ХАМАС и умолчав о том, что организованные им теракты стали ответом на массовое убийство, совершенное доктором Барухом Гольдштейном в Хевроне в феврале 1994 года. В середине 1995 г. Айяш скрылся в Газе, а палестинская служба превентивной безопасности сообщила ШАБАКу, что он больше не будет организовывать нападения на израильтян. Но глава ШАБАКа, которого собирались снять с должности за то, что он не смог защитить Рабина, очень хотел запомниться последним впечатляющим успехом. Перес дал добро, полагая, что, помимо свершения сурового правосудия, операция поднимет моральный дух нации и спецслужб. 5 января Айяш был убит в Газе с помощью заминированного сотового телефона. Решение убить Айяша оказалось самой большой ошибкой в политической карьере Переса.
ХАМАС объявил Айяша мучеником и пообещал отомстить. 25 февраля, в конце священного месяца Рамадан, один из учеников Айяша взорвал себя в автобусе в Иерусалиме, в результате чего погибли все пассажиры. Вслед за этим в Ашкелоне, Иерусалиме и Тель-Авиве быстро последовали еще три страшных теракта, последний из которых произошел 3 марта. В результате этих терактов погибли 60 израильтян, многие получили ранения. Эти теракты серьезно подорвали авторитет Переса и его правительства. Впервые после убийства Рабина опросы общественного мнения показали, что Биньямин Нетаньяху опережает Переса. Тысячи правых устроили демонстрацию против премьер-министра и мирного процесса. Внутри собственной партии Перес оказался под давлением, требующим показать, что он может быть жестким в обеспечении безопасности Израиля, даже более жестким, чем Рабин. Перес приостановил переговоры с Палестинской администрацией (получившей в результате выборов 21 января высокую степень демократической легитимности), закрыл границы Израиля для палестинских рабочих с Западного берега реки Иордан и из сектора Газа, объявил тотальную войну ХАМАСу и "Исламскому джихаду". Тем не менее, он продолжал терять поддержку населения. Убийство Рабина еврейским фанатиком пошло ему на пользу; убийство израильтян мусульманскими фанатиками пошло Нетаньяху на пользу.
Перес также принял решение приостановить мирные переговоры с Сирией. Это решение также было продиктовано внутриполитическими соображениями. Перес не хотел идти на уступки Сирии в предвыборный период и тем самым подвергать себя атакам со стороны своих правых оппонентов. Заняв жесткую позицию в отношении Асада, Перес надеялся защитить свой фланг внутри страны в этот критический период. Причиной приостановки переговоров стало то, что Сирия должна была выбирать между укрывательством террористических организаций и ведением реальных мирных переговоров с Израилем. Сирия по-прежнему находилась в списке государств, спонсирующих международный терроризм, составленном Госдепартаментом США. В Дамаске находились штаб-квартиры Народного фронта освобождения Палестины и Демократического фронта освобождения Палестины. Там же находятся офисы "Хизбаллы", ХАМАС и "Исламского джихада". Поскольку Асад был ему так несимпатичен, Перес воспользовался случаем и перешел в наступление, обвинив сирийского лидера в пособничестве террористическим организациям.
В отчаянной попытке поддержать правительство Переса и мирный процесс 13 марта в Шарм-эль-Шейхе был проведен антитеррористический саммит. На саммите были представлены 27 стран, в том числе несколько арабских стран и Палестинская автономия. Сирия и Ливан отказались от участия. Заседание в основном состояло из пустых слов, но в какой-то мере оно позволило создать впечатление, что арабский мир или его часть продолжают поддерживать израильского лидера, находящегося в состоянии войны, в вопросах мирного процесса. Билл Клинтон не преминул осыпать Израиль похвалами, пообещав безоговорочную поддержку в кампании по пресечению исламского насилия. Вклад самого Переса в саммит был рассчитан на его внутреннюю аудиторию. Он прочитал палестинцам лекцию о том, что они обязаны пресечь деятельность "убийственных командных центров" в своей среде, и осудил Иран как страну, которая "инициирует, поощряет и экспортирует насилие и фанатизм". Он подчеркнул ценность совместных действий против мусульманских экстремистов, но саммит не принес никаких существенных результатов, кроме демонстрации международной солидарности с Израилем в его борьбе с исламским террором.