В Москве в 1904 году состоялась первая встреча с Николаем Бауманом. Провокатор выдает руководителей организации. Бауман арестован. Стасова изменяет внешность, одежду, прическу. Она принимает всяческие меры предосторожности, уезжает в Нижний Новгород. Но ее настигают и здесь. И вот… Первый арест. Нижегородская тюрьма. Потом знаменитая московская Таганка. Стасова не дает никаких показаний на допросах. Она принимает участие в одиннадцатидневной голодовке заключенных. Она помнит абсолютно все и абсолютно точно. Недаром ее партийная кличка Абсолют. После голодовки отец Елены вносит денежный залог, и ее освобождают до суда. Перед выходом из тюрьмы товарищи поручили Елене просить Ленина написать брошюру о том, как держать себя на допросах и на суде. Ильич немедленно откликнулся. Он прислал Стасовой письмо, известное в истории партии как Письмо к Абсолюту. Центральный Комитет партии дал Елене Дмитриевне новое задание — руководить всей техникой ЦК за границей. Приехав в Женеву, Стасова прежде всего пошла на квартиру, где жили Владимир Ильич, Надежда Константиновна и мать ее Елизавета Васильевна. Однажды рано утром Владимир Ильич пришел в пансион, где она жила. Он был очень сосредоточен, молчалив и как-то необычайно грустен. Он стал расспрашивать Елену Дмитриевну о близких друзьях, с которыми она работала и вместе сидела в Таганской тюрьме, о Николае Эрнестовиче Баумане. Елена Дмитриевна вспоминала всякие детали. Николай Бауман был самый близкий ей человек. Они ухитрялись переписываться даже в условиях строгой тюремной изоляции. У них был своеобразный «телефон». Веревочка, на конце которой висел мешочек с песком. В мешочек вкладывалась записка. Стасова высовывала руку из своего окошка, через решетку. Заключенный, сидевший сверху или сбоку, бросал ей мешочек с запиской. А она, в свою очередь, другому заключенному. Бауман сидел за углом в изоляторе. Но все же «телефон» доходил и до него. Так передавались материалы для нелегально выходившей в тюрьме рукописной газеты, в которой была помещена и статья о работе Ленина «Шаг вперед, два шага назад»…
Родители понимали свою дочь. Суд назначили на 1 мая 1913 года, но затем перенесли, так как, по словам защитников, судебная палата боялась, что заключенные устроят демонстрацию в зале судебного заседания. И действительно 2 мая, в первый день заседания Тифлисской судебной палаты, заключенные пришли в зал суда с красными гвоздиками. Мужчины — в петлицах одежды, а Стасова — в черном платье с красным воротником и красным поясом.
Палата вынесла приговор: Стасову, Спандаряна, Швейцер, Оввян, Вохмину, Хачатуряна, Пересеяна сослать на поселение с лишением всех прав состояния.
Положение Елены перед судом было очень тяжелое. С одной стороны, согласно общей линии партии, она должна была заявить о том, что она социал-демократка, и заключительное слово использовать для принципиальной речи. Но, с другой стороны, этим, она несомненно, ухудшала положение всех остальных товарищей. Так как дело называлось «Процесс Стасовой и других», Елена первая подвергалась допросам и, таким образом, как бы диктовала поведение остальным. Против нее было немало вполне конкретных обвинений: переписка с ЦК и письмо Вере Швейцер, найденное у нее в корзине для бумаг. Письмо было за подписью Зельма. Это был псевдоним.
Против Сурена Спандаряна выдвигалось обвинение в авторстве одного листка, рукопись которого была найдена в вещах Вохминой и который был написан И. В. Сталиным.
Экспертами было признано, что рукопись написана Спандаряном.
По обычаям тифлисской судебной палаты женщине нельзя было присудить больше, чем мужчинам, и, следовательно, ухудшая свое положение, Стасова ухудшала положение всех мужчин.
Голоса судей разделились: коренные судьи были за каторгу, сословные представители — за поселение; решил голос председателя, который пожалел отца Стасовой. «У такого благородного отца, — сказал он, — такая мерзавка дочь! Дадим ей поселение».
Один из судей написал протест и настаивал на каторге. Адвокаты смеялись, говоря, что, должно быть, в свое время Елена отказала ему в кадрили или мазурке.
Вспоминается очень интересный момент, связанный с работой Свердлова с Лениным. Владимир Ильич, когда зашел разговор о предполагаемом составе ЦК, настаивал на том, чтобы секретарями ЦК были введены Надежда Константиновна Крупская и Елена Стасова. При этом он ссылался на то, что еще мало хороших организаторов, а поскольку эти две женщины, по его мнению, обладали большими организаторскими способностями, то он и настаивал на своем предложении. Яков Михайлович находил, что специально вводить будущих секретарей в список членов ЦК не резон и вполне достаточно, если они будут работать на ЦК, не состоя членами Центрального Комитета. Н. К Крупская (под фамилией Ульянова) и Стасова были включены в список для голосования, и против этого никто не возражал. Но поскольку список велик (26 человек), а надо было избрать всего девять, то Н. К Крупская и Стасова не получили нужного количества голосов.