В романе находим широкие и подробные описания шахтерского поселка, помещений шахтеров, их быта и обычаев, условий труда и т. д. Конфликт намечается постепенно и развивается медленно, вырастая из аналитически описанной среды, из структуры данного «куска жизни», как это и определено принципами «экспериментального романа», разработанными Золя. В такой эстетико-художественной системе, которой придерживался автор «Жерминаля», без этих развернутых и подробных описаний, без этого основательного бытового оснащения сюжета изображенные в романе события, конфликт между шахтерами и каменноугольной компанией считались бы недостаточно мотивированными и достоверными.
Сюжет «Жерминаля» на длительное время стал в европейской литературе сюжетной моделью романов на рабочую тематику. В шахтерский поселок прибывает молодой рабочий, парижанин Этьен Лантье, носитель более высокого рабочего сознания. Стремясь помочь своим «братьям по классу», он организует на шахте забастовку, к которой присоединяются другие шахты. Один из кульминационных моментов произведения – сцена шахтерской сходки, где было принято коллективное решение о совместном выступлении. С этого времени внимание Золя все больше переключается на рабочую массу, которая пришла в движение, появляется все больше мастерски выписанных сцен и картин, которые свидетельствуют о появлении массового героя – пролетариата, поднявшегося на борьбу. Рисуя массовые сцены, писатель снова, как и в «Карьере Ругонов», прибегает к романтическим краскам и тональностям, как, например, в сцене рабочей сходки в лесу: «На сходку собралось около трех тысяч шахтеров; народ толпился, мужчины, женщины, дети мало-помалу заполнили всю поляну вплоть до дальних деревьев. То и дело подходили запоздавшие; окутанные мраком фигуры маячили в ближних зарослях, и по неподвижному застывшему лесу, словно ветер в бурю, проносился гул голосов». И далее «…луна заливала всю прогалину вплоть до отдаленной лесной поросли, резко вычерчивая волнующееся море голов и серые стволы исполинских деревьев. В морозном воздухе мелькали возбужденные лица изголодавшихся людей – мужчин, женщин, детей, с блестящими глазами, раскрытыми ртами, готовых ринуться вперед и взять с бою отнятое у них исконное добро».
В момент наивысшего обострения борьбы верх берут стихийные силы рабочего движения, разыгрывается грозная стихия гнева, мести, уничтожения. Разъяренная толпа, отчаявшись от голода, хлынула от шахты к шахте, все разрушая на своем пути, и этот взрыв стихии вызывает у Золя сложную реакцию восхищения и страха. Он рисует такую апокалиптическую картину гибели старого мира: «То был красный призрак революции. В этот кровавый вечер на исходе века он увлекал всех, как неотвратимый рок. Да! Придет время, и предоставленный самому себе своевольный народ будет так же метаться по дорогам и проливать кровь богачей, рубить им головы и сыпать золото из распотрошенных сундуков. Так же будут вопить женщины, и мужчины будут щелкать волчьими челюстями. Такие же лохмотья, такой же грохот сабо, такое же страшное месиво грязных тел и чумного дыхания сметут старый мир в жестокой схватке».
Здесь будущая революция изображается как своеобразный катаклизм, близкий по своему характеру к катаклизмам мира природы. Однако не следует этот романтический образ революции воспринимать как прямое выражение социально-философских взглядов автора, отразившихся здесь односторонне в художественно заостренной форме. С уверенностью можно сказать только то, что Золя был склонен акцентировать элемент стихийности в рабочем движении и, соответственно, недооценивать значение его политической организованности. Отсюда его придирчиво-критическое, а то и уничижительное изображение представителей различных течений тогдашнего социалистического движения, которых находим среди персонажей романа. Это и Раснер, главный соперник Этьена Лантье, представляющий посибилизм, чисто реформистское течение, и гедист Плюшар, и анархист Суварин, бывший российский народоволец, программа которого восходит к тотальному разрушению существующей цивилизации, что является необходимой предпосылкой появления будущего общества, свободного от зла и пороков уже существующего. Ни один из них не способен возглавить рабочую массу, к тому же, как подчеркивает Золя, каждый из них, поднявшись над этой массой, внутренне от нее уже оторвался. Наибольшую симпатию вызывает у автора Этьен Лантье, свободный от партийного политиканства, слитый с шахтерской массой. Но и он не является настоящим вожаком масс, о чем прямо говорится в романе: «…он никогда не руководил ими, – они сами вели его, побуждая на такие поступки, которых он никогда бы не совершил, если бы на него не напирала сзади смятенная толпа».