В 1412 году папе Иоанну XXIII понадобились деньги на войну с неаполитанским королем, и в Чехии, как и в других католических странах появились монахи-продавцы индульгенций. Они наводнили Прагу, где открыто и нагло стали рекламировать свой товар. Они выходили на улицы и площади города с барабанным боем, на видных местах ставили крепкие, окованные железом ящики для денег и громко расхваливали индульгенции.
Пражские священники покупали у папских посланников право продажи отпущения грехов, чтобы продавать от своего имени и в свою пользу. Гус бесстрашно выступил против этой возмутительной торговли, и римские легаты стали бояться за успех своего предприятия среди чехов.
Студенты во главе с Иеронимом Пражским обратились к народу с призывом организовать манифестацию протеста. В потешном шествии пошли студенты по улицам Праги в сопровождении толпы горожан. На площади сложили костер и всенародно сожгли папские грамоты и индульгенции, которыми тут же торговал заезжий монах. Народ ликовал. Раздавались песни с едкой сатирой, слышались выкрики против папы, население стало нападать и избивать священников; но продолжалось это недолго. Власти схватили трех ремесленников, выступавших в церквах против продажи индульгенций, приговорили их к смерти и казнили. Народ торжественно похоронил тела казненных в Вифлеемской часовне, и Гус в проповеди назвал их мучениками за правду.
Король приказал Гусу покинуть Прагу, папа римский предал его анафеме и велел по праздничным дням во всех церквах, при погашенных свечах и при торжественном трезвоне колоколов, произносить ему проклятие. Гус официально был назван ересиархом — главой ереси. Это значило, что где бы он ни явился, никто под страхом отлучения от церкви не должен был давать ему ни пищи, ни питья, ни крова. На все время пребыванья Гуса и на три дня после его отбытия тяготело проклятье и запрещение совершать церковные службы в местах, оскверненных присутствием еретика.
Одновременно с Гусом появились и более мелкие проповедники, непосредственно выражавшие народные требования о конфискации церковных земель и раздачи их бедноте. Народ волновался. Вызванное Гусом движение внушало тревогу не только духовенству и феодалам Чехии, но и в других европейских странах. «Отцы церкви», как и феодалы, боялись, что удар, нанесенный в Чехии, потрясет основы церкви и авторитет светской власти и в их странах.
В 1414 году был созван собор в городе Констанце для прекращения позорного церковного раскола, когда одновременно царствовало трое римских пап — наместников божьих. На этот собор был вызван и Гус. Съехалось на собор 2300 человек духовенства, 150 герцогов и графов, 2000 рыцарей и дворян и 80 тысяч простых мирян. Приехал и папа Иоанн XXIII, который добился подкупом кардинальской шапки и, отравив своего предшественника папу Александра V, занял папский престол. Этот негодяй, известный всем как отъявленный безбожник, развратник, взяточник и убийца, явился на собор, чтобы быть судьей Гуса. Во главе торжественной процессии вступил папа Иоанн XXIII в Констанц. Старшие сановники вели его лошадь под уздцы, над ним развевался золотой балдахин, перед ним в парадных ризах священники несли «святые дары», а за ним шествовали кардиналы в пурпурных мантиях и шапках, усыпанных драгоценностями. Все пражское духовенство вышло навстречу, неся «мощи святых», и так, при большом стечении народа, папа въехал во двор епископа.
Но папе Иоанну XXIII не удалось быть судьей Гуса. Угроза лишения папского престола и личной свободы, высказанная ему на соборе, заставила его позорно бежать из Констанца. Тайком, переодетый конюхом, выехал он верхом за ворота города, где к нему присоединились итальянские кардиналы.
После этого собор занялся делом Гуса. Ему были предъявлены обвинения в ереси. Немцы бурно выступали против Гуса, как еретика, французы высказывали отвращение к нему, как к врагу всякой власти, англичане кричали, что он позорит Оксфордский университет, превознося Уиклефа, чехи раздували вести о разгоревшемся волнении в стране, а пражские враги распускали слух, что Гус хочет бежать.
Гуса предательски схватили и бросили в тюрьму, где продержали в цепях больше полугода до конца процесса. Та же участь постигла и Иеронима Пражского, который добровольно прискакал в Констанц защищать своего друга.
В защитнике Гусу отказали, и процесс велся Яри закрытых дверях. Врагам Гуса хотелось достигнуть своей цели и приговорить Гуса к смертной казни, «потому что дрова для костра были уже приготовлены и облиты смолой», как писал один современник.
На все обвинения Гус отвечал, что готов отречься от своих взглядов, если ему докажут, что он неправ. Его запугивали, угрожали, поднимали крик и шум, когда он начинал говорить, чтобы только заглушить его опасное для врагов красноречие. В последний день процесса, после первых же слов Гуса, в соборе поднялся такой крик, на него посыпалось столько проклятий, что Гус принужден был замолчать, и тогда раздались настойчивые требования о голосовании за смертную казнь еретика.