После того как 15 марта 1939 года Богемия и Моравия были оккупированы и объявлены протекторатом Германии, жившие здесь евреи (по Нюрнбергским законам – 118 310 человек, из которых лишь 86 715 входили в еврейские общины) лишились гражданских прав. Часть обрядовых предметов, свитков Торы и книг из синагог Чехословакии и ряда европейских стран была свезена в Прагу, где предполагалось устроить «Музей исчезнувшего народа».
27 июля 1939 года Эйхман открыл в Праге отделение действовавшего в Германии и Австрии Центрального бюро по еврейской эмиграции. Евреев Богемии и Моравии зарегистрировали в качестве потенциальных эмигрантов и заставили уплатить высокий «эмиграционный сбор». В октябре 1939 года 1291 мужчина был депортирован из Остравы в район польского города Ниско-на-Сане, где планировалось создать «еврейскую резервацию» – зимой 1939–1940 года большинство из них умерло. 1 сентября 1941 года последовало распоряжение об обязательном ношении евреями жёлтой повязки. К октябрю 1941 года, когда нацисты запретили эмиграцию, Богемию и Моравию покинули 26 629 человек.
10 октября 1941 года на совещании нацистского руководства в Пражском Граде, проходившем под председательством имперского протектора Богемии и Моравии Гейдриха, было принято решение сконцентрировать евреев Богемии и Моравии в Терезиенштадте, а «после того как их численность существенно уменьшится, депортировать на Восток». На предварительном этапе осуществления этого плана администрация протектората приказала евреям, жившим в сёлах и маленьких городах, переселиться в гетто.
В ноябре 1941 года первые партии депортированных прибыли в Терезиенштадт. В ноябре – декабре 1941-го около 6 тысяч евреев из Праги и Брно было отправлено в гетто Лодзи и Минска. С 24 ноября 1941 по 6 марта 1945 года в Терезиенштадт было доставлено 73 614 евреев из протектората и несколько тысяч из Судетской области, Словакии, Германии, Австрии, Дании и Нидерландов. Лишь 2803 еврея Богемии и Моравии (большей частью состоявшие в смешанных браках) избежали депортации.
Из Терезиенштадта с 9 января 1942 по 28 октября 1944 года нацисты отправили 60 399 богемских и моравских евреев в Освенцим, Собибор, Майданек, Треблинку, Замосць, Ригу и Минск (выжили 3227 человек). В феврале 1945 года Международному Красному Кресту удалось переправить 1200 узников Терезиенштадта в Швейцарию. К 8 мая, когда город заняли советские войска, в гетто оставались 11 068 человек, из них – менее семи тысяч бывших граждан Чехословакии.
В конечном счёте в годы Катастрофы погибли 75 765 богемских и моравских евреев. Из них 64 172 – в лагерях смерти и восточноевропейских гетто, 6392 – в Терезиенштадте, а 5201 – на территории протектората.
В первые послевоенные годы в Чехословакии, в состав которой вновь вошла вся Словакия, Тешинская Силезия и Судетская область, проживало, по приблизительным оценкам, 50–55 тысяч евреев. Из них – 20–25 тысяч в Богемии и Моравии и 25–30 тысяч – в Словакии. В мае – сентябре 1945 года в Богемию, Моравию и (в меньшей степени) Словакию переселилась значительная часть переживших Катастрофу евреев Закарпатья, которое по советско-чехословацкому договору от 29 июня 1945 года было передано СССР.
Трагичная история уничтожения еврейского населения Польши оккупационными немецкими войсками и их многочисленными союзниками из числа местного населения хорошо известна и подтверждена многочисленными свидетельствами. Значительная часть евреев, заключённых в гетто и рабочие лагеря на территории этой страны, умерла от голода и болезней ещё до отправки в лагеря уничтожения.
Шансы на выживание евреев на польских территориях, присоединённых к Германии, и на землях, вошедших в состав генерал-губернаторства Польши, были одинаково призрачны. В первом случае центральное гетто, созданное в городе Лодзь 30 апреля 1940 года, просуществовало до августа 1944-го. Во втором – стало крупнейшим гетто Варшавы.
Первоначально планируя превратить генерал-губернаторство в резервацию для евреев всей Европы, зимой 1939–1940 года немцы доставили туда несколько тысяч евреев из Германии, Австрии и Чехословакии. К середине 1941 года почти все евреи Польши оказались в гетто, где в первый период оккупации с разрешения нацистских властей продолжали работать международные еврейские организации.
Смертность от голода и болезней в гетто была чрезвычайно велика: в Варшаве, Лодзи и Люблине за три года их существования она составила около 20 %. Заняв летом 1941 года восточные области Польши, присоединённые в сентябре 1939 года к СССР, вермахт с июля 1941-го приступил к массовым убийствам евреев, а с августа 1941 года на этой территории были созданы гетто.
Самые страшные из концентрационных лагерей – лагеря смерти Бжезинка, Белжец, Майданек, Освенцим (Аушвиц), Собибор, Треблинка, Хелмно, в которые в начале 1942 года стали доставлять евреев со всей Европы, были построены нацистами на территории Польши, исходя, помимо прочего, из высокого уровня антисемитизма местного населения. Отрицать это бессмысленно.