Приход Никольской церкви в основном составляла научная интеллигенция, жители поселка при Сельскохозяйственном институте. Группа профессоров института после закрытия институтского храма обратилась к отцу Василию Надеждину с просьбой заняться христианским просвещением их детей. Отец Василий с радостью принял это предложение. Он сумел привлечь к участию в богослужении приходскую молодежь, и таким образом из юношей и девушек составился прекрасный церковный хор. Вел с духовными детьми беседы об основах православного вероучения, посещал с ними концерты классической музыки, разбирал литературные произведения. Просветительскую деятельность среди молодежи вели по благословению отца Василия и некоторые члены приходской общины.
За год до ареста у отца Василия началось обострение туберкулеза, и ему пришлось летом уехать в Башкирию на лечение кумысом. В отсутствие отца Василия в Никольском храме по его просьбе служил священник Владимир Амбарцумов, впоследствии мученической смертью засвидетельствовавший верность Христу. Находясь на лечении, отец Василий молился за богослужением в местной церкви и сблизился со служащими в ней священниками Иоанном и Сергием. Как пастырь, он не мог обойти вниманием особенностей местной церковной жизни. «Служат здесь хорошо. Уставнее нашего. Это очень приятно, когда духовенство на высоте… Местный архиерей обязал священников всякое Таинство предварять объяснительным поучением… Вот это правильно, а мы еще не додумались до этого…»
Служения и проповеди отца Василия, активная пастырская деятельность не остались незамеченными гонителями Церкви. 28 октября 1929 года отец Василий был арестован и помещен в Бутырскую тюрьму. 1 ноября он был допрошен. На вопросы следствия о посещающей его молодежи батюшка ответил: «О близкой ко мне молодежи могу сказать следующее: пришла ко мне она сама. Все лица, впоследствии бывавшие у меня, были связаны между собой еще школой, где они вместе учились. Вероятно, поэтому они также всей группой и перешли ко мне… Сама молодежь была неактивна в изучении хотя бы церковной истории, поэтому я сам читал им иногда на темы по истории Церкви выдержки из церковных писателей Болотова и Лебедева, читал им некоторые подлинники сочинений церковных писателей (Василия Великого, Григория Богослова и др.). Делал доклад о впечатлениях от моей поездки в Саровскую пустынь, о тех сказаниях, которые связаны с Дивеевым монастырем и Серафимом Саровским. Были у меня беседы, посвященные юбилеям Первого Вселенского Собора, Григория Богослова и Василия Великого. Собственно, проповедь в церкви была по этим вопросам, а дома молодежи я читал только некоторые документы той эпохи.
Специальных вопросов по поводу существующего социального порядка и по поводу отдельных моментов взаимоотношения Церкви и государства, равно и чисто политических вопросов, мы никогда не обсуждали. Последние, то есть политические вопросы, иногда только, и то вскользь, в обывательском разрезе, трактовались у нас; говорили, например, что жестока политика власти по отношению к детям лишенцев и к лишенцам вообще. Специально вопросов о лишенцах не разбирали. В вопросах об арестах церковников я придерживаюсь той точки зрения, что трудно провести грань между церковным и антисоветским и что поэтому со стороны власти возможны перегибы. Только в таком разрезе я и касался этого вопроса в беседах с молодежью, не ставя, конечно, этот вопрос специальной темой для беседы…
Когда у нас затрагивался вопрос об исповедничестве, то есть о возможности примирения верующих с окружающими условиями, то здесь я проводил такую точку зрения: есть пределы (для каждого различные), в которых каждый христианин может примиряться с окружающей его нехристианской действительностью; при нарушении этих пределов он должен уже примириться с возможностью и неприятных для него лично изменений условий его жизни, иначе он не есть христианин. Христианином надо быть не только по имени…»
В Бутырской тюрьме отец Василий встретился с отцом Сергием Мечевым, которого хорошо знал; их беседа продолжалась несколько часов и была очень значительной для обоих. Отец Сергий засвидетельствовал впоследствии, что отец Василий был уже готов предстать пред Господом.
По приговору Особого Совещания при Коллегии ОГПУ от 20 ноября 1929 года священник Василий Надеждин был отправлен в Соловецкий лагерь особого назначения, но, ввиду того что навигация была уже закрыта, оставлен до весны в Кеми. В лагере отец Василий заболел сыпным тифом. В санчасти ему сделали укол и внесли инфекцию — началась гангрена.
Матушке Елене Сергеевне разрешили приехать к умирающему мужу в Кемь. Батюшку остригли, он сильно исхудал, мучительные для больного перевязки изнуряли его.