В 1931 году отец Виктор был арестован по обвинению в отказе от выполнения общегосударственных повинностей и приговорен к двум годам заключения в исправительно–трудовом лагере. Не согласившись с обвинением, он подал кассационную жалобу в суд и был оправдан. В 1933 году власти снова арестовали священника по обвинению в контрреволюционной агитации. Тройка ОГПУ приговорила его к трем годам ссылки в Казахстан. В июне 1934 года отец Виктор вернулся домой и вновь стал служить в Никольском храме.
Во время гонений на Церковь в конце тридцатых годов власти стали собирать сведения о тех, кого предполагали арестовать. 22 января 1938 года следователь допросил священника Петра Павловича Розова, который служил в Никольской церкви, но в 1937 году оставил служение и поступил работать в контору «Союзплодовощ».
Отвечая на вопросы следователя, он сказал: «Из фактов контрреволюционной деятельности Виктора Ивановича Моригеровского мне известно следующее. 27 декабря 1937 года в доме Моригеровского был священник из села Поречье Уваровского района Василий Никитский; последний хотел поступить священником в село Левкоево Шаховского района. В разговоре с Никитским о переходе его в Шаховской район Моригеровский сказал:«Советская власть в нашем районе никакого житья не дает духовенству. Налогами нас, видать, не осилили, так начали пачками арестовывать».
12 декабря 1937 года в доме Моригеровского в разговоре об аресте за контрреволюционную деятельность некоторых священников Шаховского района он говорил:«Большевики сейчас, как видно, окончательно озверели на духовенство, никакого житья не стало нам от советской власти. В конституции о религии пишут одно, а на деле делают другое. Забирают всех подряд ни за что. Вот и в нашем районе несколько священников пошли страдать. А за что? Совершенно ни за что забрали».
19 декабря 1937 года священник Моригеровский в помещении черленковской церкви с амвона читал верующим проповедь и призывал их всячески оказывать помощь духовным лицам, арестованным за контрреволюционную деятельность. Моригеровский говорил:«Православные, советская власть сейчас многих лиц из высшего духовного звания заключила под стражу. Святые отцы наши пошли страдать ни за что. Исключительно только за то, что они поддерживали православную веру, сохраняли наши храмы. И мы должны им оказать помощь и поддержку. Эта помощь даст возможность сохранить нам православную веру и храмы на многие лета».
В январе 1937 года в разговоре со мной о новой конституции священник Моригеровский говорил:«Сейчас все радуются и хвалят новую конституцию, а что нам дала новая конституция? Ничего хорошего. По приходу нам не давали ходить с молебнами, так и сейчас не дают. В новую конституцию я не верю и жду еще большего нажима на духовенство со стороны советской власти, так как, кроме издевательств над нами, мы ничего от советской власти не видели и не увидим»».
11 февраля 1938 года была составлена справка на арест священника, в которой среди прочих лжесвидетельств были такие: «В мае 1937 года Моригеровский около церкви говорил верующим:«Православные, советская власть сейчас требует от церкви уплаты налога, а средств таких, которые на нас возложены в уплату, у церкви нет, и вот у меня к вам большая просьба. Надо будет организовать сбор в помощь церкви и духовенству, только так мы и сохраним свою православную веру, не дадим ей погибать от слуг антихриста — большевиков».
21 января 1938 года в помещении Черленковского сельсовета в разговоре с гражданином Чухровым об оплате гособязательств Моригеровский сказал:«Хоть вы меня и вынуждаете под давлением непосильных налогов отказаться от службы, но я в помощь церкви и для сохранения православной веры мобилизую все силы верующих своего прихода и буду служить православной вере до последних дней своей жизни»».
16 февраля 1938 года отец Виктор был арестован и заключен в Волоколамскую тюрьму.
— 21 января 1938 года вы в помещении сельсовета в Черленково высказывали злобу на советскую власть, что духовенство обложили непосильными налогами? — спросил следователь.
— Я действительно был при Черленковском сельсовете, куда меня вызывал инспектор Райфо по вопросу учета доходов, но я ничего там не говорил, — ответил священник.
— В мае 1937 года вы вели среди верующих контрреволюционную агитацию против советской власти, высказывали недовольство существующим строем?
— По этому вопросу я также ничего не говорил. Показания против меня считаю ложными, — ответил священник.
— Вы признаете себя виновным в предъявленном вам обвинении?
— Виновным себя в предъявленном мне обвинении я не признаю.
Вместе с ним была арестована староста Никольского храма Ирина Алексеевна Смирнова.
Мученица Ирина родилась 16 апреля 1891 года в селе Рамешки Волоколамского уезда Московской губернии в семье крестьян Алексея и Матроны Петровых.
В справке, составленной на ее арест, сотрудники НКВД написали: «Поддерживает тесную связь со священником Виктором Ивановичем Моригеровским. Они концентрируют вокруг себя верующих, организовывают сборы в помощь церкви и духовенству.