На основании свидетельских показаний было составлено обвинительное заключение, в котором вина священника была сформулирована так: «…В 1927 году, получив должность в церкви при селе Спас–Дощатый, снова повел контрреволюционную агитацию среди населения путем частых выступлений с проповедями, в которых внушал верующим, что религия жива и непобедима и будет существовать до скончания века, несмотря на гонение со стороны власти и безбожников–коммунистов. До приезда Никонова в село церковь своего лица не имела, служба совершалась только по праздникам, верующие почти не ходили. С приездом же Никонова церковь оживилась, богослужение совершалось каждый день утром и вечером с продолжительностью 4—7 часов, а также частые произнесения проповедей привлекали много верующих и в особенности женщин, не только старух, но и молодых. Никонову удалось организовать хор, куда входили преимущественно женщины и дети несовершенных лет. Кроме призыва верующих к защите религии, Никонов старался запугивать верующих и такими моментами:«аборты делать большой грех. Советская власть позволяет убивать детей, чего никогда не было, это делают только безбожники–большевики. Гражданские брак и похороны — это временная стихия, придет время, буря стихнет, православная вера будет на своей высоте». В одну из проповедей в конце 1929 года призывал верующих помочь ему в уплате налога, ходил сам по домам своего прихода, собирал деньги и распространял контрреволюционные слухи».
Прокурор Коломенского округа, которому дело было послано на утверждение, вернул его, посчитав, что «оснований к привлечению священника Никонова к ответственности собрано недостаточно, так как показания свидетелей. не могут служить основанием для привлечения к ответственности по статье 58/10, а посему полагал бы: дело производством прекратить и Никонова из-под стражи отпустить».
Старший уполномоченный Коломенского окружного отдела ОГПУ Чесноков, ввиду вынесенного прокурором заключения о прекращении дела, решил направить его на рассмотрение тройки ОГПУ. 30 апреля 1930 года на заседании тройки было принято решение зачесть отцу Алексию в наказание срок предварительного заключения и из-под стражи освободить.
После освобождения отец Алексий продолжал служить в Преображенском храме. С августа по ноябрь 1936 года Московским управлением НКВД были арестованы несколько священников и мирян. Среди них был и отец Алексий, которого арестовали 25 сентября 1936 года. Власти обвинили его в том, что он «среди населения ведет контрреволюционную агитацию против существующего строя советской власти. В проповедях. в церкви среди верующих заявил: юношам, девицам и детям у нас в стране не дают возможности свободно посещать церковь, советская власть делает гонение на верующих. Среди духовенства делал призывы к тому, чтобы все себя вели мужественно в случае, если придется пострадать за веру».
26 сентября отец Алексий был допрошен в Зарайске.
— Где, когда и при каких обстоятельствах вы познакомились с Федором Поздеевским и Поликарпом Соловьевым?
— С архиепископом Феодором (Поздеевским) я знаком с 1909 года в бытность его ректорства в Московской Духовной академии. После, в 1917 и 1918 годах, я с ним встречался в Даниловском монастыре, где он был настоятелем, и в 1933 году я встречался с ним в городе Зарайске у своей тещи. у которой он проживал на квартире. С архимандритом Поликарпом (Соловьевым) знаком по совместной учебе в Московской Духовной академии, и с того времени я с ним встречался до ареста, то есть до 1924 года. После освобождения я с ним встречался с 1932 года по день его отъезда из Зарайска, до начала 1936 года. Мои встречи с архиепископом Феодором продолжались до его ареста, то есть до 3 ноября 1934 года. При наших встречах с архиепископом Феодором и архимандритом Поликарпом возникали беседы на тему церковной жизни дореволюционного периода и после, при существующем строе советской власти, и главным образом касались вопроса закрытия духовных учебных заведений, разгона и закрытия монастырей и уменьшения числа верующих.
Через некоторое время отец Алексий был переведен в Бутырскую тюрьму в Москве. 9 декабря его допросил следователь Булыжников.
—Кто из попов принимал участие в обсуждении дополнений к проекту новой конституции?
— В обсуждении дополнений к проекту новой конституции принимали участие священники Иван Смирнов, Петр Соловьев и я, Никонов.
—Кто является автором контрреволюционной рукописи «Дополнение к проекту новой конституции»?
— Автором рукописи являюсь я. Написал я ее по своему собственному убеждению.
— Изложите содержание вашей рукописи «Дополнение к проекту новой конституции».