Жил патриарх в прежнем помещении московских архиереев, в Троицком подворье Сергиевской Лавры, «у Троицы на Самотеке». Этот скромный, хотя и просторный, дом имел Крестовую церковь, где монахи Сергиевской Лавры ежедневно совершали положенное по уставу богослужение. Рядом с алтарем помещалась небольшая моленная, уставленная иконами; в ней патриарх и молился во время богослужения, когда не служил сам. Но служить он любил и часто служил в своей Крестовой церкви. Дом был окружен небольшим садиком, где патриарх любил гулять, как только позволяли дела. Здесь часто к нему присоединялись и гости, и близко знакомые посетители, с которыми велась приятная, задушевная беседа, иногда до позднего часа. Садик уютный, плотно отделенный от соседних дворов, но детишки-соседи взбирались иногда на высокий забор, и тогда патриарх ласково оделял их яблоками, конфетами.
Стол патриарха был очень скромный: черный хлеб подавался по порциям, часто с соломой, картофель без масла. Но и прежде преосвященный Тихон был совсем невзыскателен к столу, любил больше простую, пищу, особенно русские щи да кашу.
Начались трудные времена для Церкви: отбиралось церковное имущество, имели место преследования и массовое истребление духовенства. Со всех концов России приходили к патриарху известия об этом.
Для спасения тысяч жизней и улучшения общего положения Церкви патриарх принял меры к ограждению священнослужителей от чисто политических выступлений. 25 сентября 1919 года, в разгар уже гражданской войны он издает послание с требованием к духовенству не вступать в политическую борьбу.
Отсутствие враждебности к существующей государственной власти и призыв к гражданской лояльности стали свойственны посланиям патриарха задолго до того, как стало ясно, что большевики победят в гражданской войне. Осенью 1919 года, 30 сентября, белые войска взяли Орел. Многие уже ждали их прихода в Москву! В это время исход борьбы было трудно предугадать. Но именно тогда появляется воззвание патриарха Тихона, обращенное к русскому духовенству. Вот его слова: «Памятуйте же, архипастыри и отцы, и канонические правила, и заветы святых апостолов: «Блюдите себя от творящих распри и раздор». Уклоняйтесь от участия в политических партиях и выступлениях,
Патриарх искренно и прежде всего сам отрекся от всякой политики. Когда отъезжающие в добровольческую армию просили тайного благословения вождям белого движения, патриарх твердо заявил, что не считает возможным это сделать, ибо, оставаясь в России, он хочет не только наружно, но и по существу избегнуть упрека в каком-либо вмешательстве Церкви в политику.
На основании циркуляра Комиссариата Юстиции от 25 августа 1920 года власти на местах «проводили полную ликвидацию мощей». Такие действия еще ранее в обращении Святейшего Патриарха в Совнарком были квалифицированы как нарушение Декрета об отделении Церкви от государства.
Летом 1921 года разразился голод в Поволжье. В августе патриарх Тихон обратился с посланием о помощи голодающим, направленным ко всем русским людям и народам вселенной и благословил добровольные пожертвования церковных ценностей, не имеющих богослужебного употребления, рекомендуя контроль верующих над их использованием. Однако, позднее, по постановлению ВЦИК от 23 февраля 1922 года, изъятию подлежали все драгоценные предметы. Таким образом, речь шла об изъятии предметов, имеющим сакральный характер в Православной Церкви, что по церковным канонам рассматривается как святотатство (73-е Апостольское правило). Естественно, патриарх не мог одобрять такого полного изъятия, тем более, что у многих возникли сомнения в том, что все ценности пойдут на борьбу с голодом. На местах насильственное изъятие вызвало повсеместное народное возмущение. Произошло до двух тысяч процессов по России и расстреляно было до десяти тысяч верующих, в связи с этим расстрелян был и Петроградский митрополит Вениамин, как было уже сказано. Послание патриарха было расценено как саботаж. И в связи с этим он находится в заключении с апреля 1922 года по июнь 1923 года.
По делу над группой московских священников об изъятии церковных ценностей самого патриарха неоднократно вызывали на суд в качестве главного свидетеля. Вот описание очевидца допроса патриарха и поведения обвиняемых и слушателей.