В 1692 году заметили, что гроб праведного Симеона стал подниматься из земли. Все были поражены таким явлением, но еще более возросло изумление, когда сквозь расщелившиеся доски гробовой крышки увидели нетленные останки. А между тем уже не было человека, который мог бы припомнить имя праведника, гроб коего так чудесно стал являться. Все жители удивлялись такому необычайному явлению и благодарили Господа, являющего верных рабов Своих. Вскоре благоговейное почитание новоявленных мощей еще более усилилось, когда от них стали совершаться чудотворения.
В то самое время один воевода — Антоний Савелов — должен был ехать в Неречинск. Слуга этого воеводы Григорий еще за год до того впал в тяжелый недуг: все тело его расслабело, так что он не мог ни ходить, ни делать что-либо своими руками. Не желая оставлять своего слуги, воевода взял его с собою на место новой службы. Но в дороге Григорию сделалось еще хуже. Путь их лежал через Верхотурье. Прибыв туда, Григорий узнал от местных жителей о мощах новоявленного праведника и о том, что при гробе его подаются исцеления. Слыша сии рассказы, Григорий стал размышлять: «Быть может, Господь и мне подаст исцеление по молитвам Своего новоявленного угодника». Посему он просил своего господина, чтобы тот позволил ему съездить в Меркушино. Савелов позволил ему это. И вот, прибыв в Меркушино, Григорий над могилой праведного попросил сначала отслужить молебен святому Архистратигу Михаилу, а потом отпеть панихиду при гробе новоявленного святого. Усердно молился Григорий о тем, чтобы Господь даровал ему исцеление по молитвам Своего угодника. После сего он взял земли с гроба, обтер ею члены своего тела и тотчас почувствовал себя совершенно здоровым. В радости он стал прославлять Господа и рассказывал окружающим о чудесной помощи свыше.
Среди слышавших об исцелении Григория был слуга воеводы сибирского Андрея Нарышкина Илия Головачев. Он сильно страдал глазами: на них образовалась злокачественная опухоль, и от великой боли Илия даже не мог глядеть. Страшась совершенно потерять свое зрение, он обратился ко Господу с усердной молитвой об исцелении. В таком положении его нашел Григорий, сам недавно получивший исцеление от своего недуга по молитвам святого Симеона. Григорий стал утешать Илию: «Не предавайся печали и отчаянию; вспомни, как милосерд Господь. Дивны Его благодеяния роду человеческому. И на мне, грешном, Он недавно проявил Свою милость, исцелил меня от тяжкого недуга по молитвам праведного человека Божия, новоявленного Сибирского чудотворца. Обратись с молитвой к сему угоднику Божию и можешь получить облегчение и исцеление».
По просьбе Илии Григорий дал ему земли с гроба Меркушинского чудотворца. Илия с верой, что праведник поможет ему, приложил сию землю к глазам. В следующую же ночь во время сна больной почувствовал, что из глаз его выделяется какая-то жидкость. Проснувшись, он заметил, что по лицу у него течет из глаз кровь; когда же сняли повязку, то вместе с нею отстала и самая опухоль. С великой радостью поспешил Илия придти утром к своему господину и рассказал ему обо всем случившемся; при сем он просил у Нарышкина позволения съездить в Меркушино на поклонение мощам новоявленного чудотворца и получил на то согласие.
Дочь того же Нарышкина страдала также глазной болезнью. Слыша о чудесах в Меркушине, воевода отправился с нею в то селение. Здесь после панихиды над гробом праведника больная получила исцеление, как только приложила к глазам своим землю, взятую с гроба святого.
Слух о явлении мощей скоро достиг и до Тобольска. В то время Верхотурская страна принадлежала к Сибирской, епархии. Тобольские иерархи с особенным рвением наблюдали за чистотой православной веры. Между тем в сию страну были отправляемы различные люди, уклонившиеся от истинного Православия. Посему Тобольские святители часто сами совершали объезды своей епархии или же поручали сие кому-либо из своих помощников. В 1693 году с такой целью прибыл в Верхотурье клирик Сибирского архиерея, по имени Матфей. Из Верхотурья он направился в Меркушино. Здесь ему был показан выходящий из земли гроб с нетленными останками. Уверившись в действительности сего удивительного явления, Матфей донес о сем своему владыке, митрополиту Тобольскому Игнатию, незадолго до этого прибывшему в свою епархию. Кроме того упомянутый Матфей повелел священнику той церкви Иоанну Андреевичу и церковному старосте с прихожанами поставить небольшой сруб, или «голубчик», над выходящим гробом. Сие и было немедленно устроено. Вскоре после этого, в 1694 году, при гробе праведного произошло следующее чудесное исцеление. В Верхотурье жил тогда один пушкарь, по имени Иоанн Григорьев.
Его постигла тяжкая болезнь: он совершенно ослаб, так что, не надеясь выздороветь, стал уже готовиться к смерти. Болезнь все усиливалась. И вот однажды, находясь в таком тягостном положении, он во сне услыхал голос: «Иоанн, иди в село Меркушино; вели священнику той церкви отпеть молебен святому Архангелу Божию Михаилу, а у выходящего гроба — совершить панихиду, и будешь здрав».