Мятеж утих. Бог не попустил диаволу посмеяться над христианами. Владыка удалился в свою обитель, подвизался там в посте и молитве и был образцом смирения и благочестия для собранной им братии.
Тихая блаженная кончина святителя Моисея последовала в 1362 году, в 25-й день января месяца. С великой честью, при всенародном плаче погребен был владыка Моисей в Сковородском монастыре. Святитель Моисей был прославлен от Бога чудесами вскоре после блаженной кончины: прибегающие с верою к честным его мощам мужи и жены получают здравие, наипаче же жены исцелевают, одержимые своими немощами.
Вскоре после блаженной кончины святого Моисея человек тридцать разбойников хотели разграбить Сковородский монастырь, полагая, что святитель оставил ему много имущества. Их встретил сам святитель Моисей, завел в трясину и хотел потопить, если они не раскаются. Хищники обещались не делать никакого зла обители, тогда выведены были святителем из опасной трясины и отпущены.
Новгородский купец, по имени Алексий, дважды получил помощь от святителя Моисея. Один раз он упал с лодки в воду на реке Неве и был поддержан на воде неизвестным благолепным, украшенным сединами мужем. В другой раз также на реке Неве напали на него разбойники, и тот же благолепный старец внезапно появился на корме лодки и невредимо провел лодку среди хищников. По молитве Алексия святой Моисей явился ему во сне и указал место своего погребения, повелел устроить покров над гробом.
Существует рассказ о наказании Новгородского архиепископа Сергия за непочтительное отношение к памяти святителя Моисея. Архиепископ Сергий, назначенный на Новгородскую кафедру 4 сентября 1483 года из Москвы, ехал на место своего служения мимо Сковородского монастыря и посетил эту обитель. Помолившись святым иконам и отпевши молебен, он вышел в притвор, где показали ему гроб основателя монастыря святителя Моисея. Обратясь к сопровождавшему его священнику, архиепископ Сергий дерзновенно велел открыть гроб святителя. Священник сказал архиепископу: «Подобает святителю святителя скрывати». Архиепископ же гордо укорил святителя Моисея, говоря: «Кого сего смердовича и смотрити!»
Возносясь тем, что он пришел из Москвы к покоренным гражданам, архиепископ Сергий не усомнился святителя назвать смердовым сыном, иными словами — мужиком. «И бысть оттого времени прииде на архиепископа Сергия изумление»: то видели его в Евфимиевской паперти сидящим в одной ряске, то в полдень у Святой Софии сидящим без клобука и без мантии. Вскоре его больного отвезли в Троице-Сергиев монастырь на место его пострижения.
В 1686 году, 19 апреля, чудесным образом были открыты нетленные мощи святителя Моисея: они сами явились посреди церкви перед утренним пением и потом были перенесены к правой стороне иконостаса; часть его святых мощей в 1693 году перенесена в Духов монастырь.
После святого Моисея немало сохранилось вещей, свидетельствующих о его благочестии и подвижнической жизни: двое вериг (одни — в ризнице Софийского собора, другие — в Сковородском монастыре); яшмовые сосуды, поднесенные святым Моисеем святому митрополиту Петру (в Московском Благовещенском соборе); там же сосуд из агата с надписью: «В лето 6837 (1328) месяца марта созданы быша сосуды сии архиепископом Новгородским Моисеем». Сохранились в Сковородском монастыре деревянный крест, который был положен со святым Моисеем при погребении и 323 года находился у него в руках; простой деревянный посох в Духовом монастыре. В ризнице Софийского собора сохранились крестчатая риза, присланная святому Моисею патриархом Филофеем; омофор с вышитой надписью: «Моисея архиепископа молитвами Святыя София», наконец, его келейная мантия.
Точно неизвестно, когда начали в Новгороде местно праздновать память святителя Моисея. Несомненно, в первых десятилетиях XVII столетия память праздновали и притом дважды в год: 25 января — в день его блаженной кончины и в шестую неделю по Пасхе. В настоящее время празднуется только день кончины святителя.
Чистоты ради жития твоего, пощения же и молитв и трудов сосуд благопотребен был еси Владыце Христу, иже дарова тя стаду твоему, яко сокровище неотъемлемо, чудесы всех обогащающа. Тем и мы, сошедшеся к раце мощей твоих, верою и любовию вопием: моли о нас, пречестный архиерею Моисее, отче наш.
Яко венцем пресветлым украсився днесь, Великий Новград ликует в память пастыря своего и учителя, и, яко диадиму царскую возложивши, честная она обитель светло радуется: прослави бо тя Бог, угодника Своего, и прояви последнему роду нашему цельбоносныя мощи твоя, святителю Моисее, Церковь же Божия веселится, созывающи инок сословие велегласно вопити: радуйся, граду твоему и обители похвало и всея Российския страны пресветлый светильниче.