Так в непрерывных трудах протекала жизнь святителя. С течением времени стали ослабевать и силы святителя. Весь декабрь 1911 года болезнь сильно мучила святителя. По ночам он не спал от страданий, но сидел в кресле, и только днем старался дополнить свой сон. С января болезнь приняла угрожающее течение. Владыку поместили в госпиталь. Здесь сильнодействующими средствами поддерживали жизнь святителя. Ежедневно служились утром литургии о его здравии, а вечером молебны. Сам святитель, несмотря на страдания от болезни, до последней минуты стремился еще и еще поработать над переводом Священных книг. Но Милосердому Господу было угодно дать покой Своему рабу и труженику, неустанному и верному, и, напутствованный всеми таинствами Святой Церкви, святитель Николай тихо скончался 3 февраля 1912 года в 12 часов дня.
Неизмерима была скорбь Японской Церкви по кончине своего апостола-святителя. С великой скорбной торжественностью было погребено тело святителя в Японии в присутствии министров русского посольства и многотысячного собрания японских христиан, съехавшихся со всех концов Японии. Гроб был покрыт венками, в том числе от принца Канин Сапондзи-Уци-да-Сайто Иай, от президента японского общества Терауци Гото, от русского поверенного в делах. Во время отпевания прислал великолепный венок сам Микадо. Так даже языческая Япония почтила память святителя. Но еще ранее, и особенно к концу жизни, святитель стяжал себе глубочайшее уважение всей Японии. Вековые предрассудки пали пред незлобивым и самоотверженным сердцем святителя. И не только народ, но и правительство и сам император Японии относились к святителю особенно дружелюбно и оказывали знаки особого внимания. «Нам неоднократно приходилось быть свидетелем, — пишет господин Недачин, — как язычники, совершенно не знакомые владыке, с шумным восторгом приветствовали его на улице и их мощное «банзай Никорай» частенько раздавалось в японских кварталах. А дети, милые японские дети, постоянно окружали его кольцом и, как бабочки на огонь, вихрем неслись навстречу суровому на вид, но с добрым, ласковым сердцем святителю. Должно заметить, что беспрерывный тяжелый апостольский подвиг, праведная жизнь, особая прозорливость, чему мы сами неоднократно были свидетелями, давно уже между верующими православной Японии составили убеждение, что святитель Николай особенно близок и угоден Господу, что Он его прославил небесной славой. Даже язычники и те помещали в газетах его портреты с сиянием и нимбом и часто называли его «Сей да Са-кёо», то есть святой архиепископ».