Предостерегая от присяги Владиславу и от неразумного доверия Польше, святитель напоминал о злодеяниях поляков при первом самозванце, ссылался и на пример Карла Великого, после завоевания одной только итальянской области (Ломбардии) короновавшегося уже римским императором. Но знатное боярство в это время больше всего боялось, как бы престол не занял пользовавшийся большой любовью московской черни Вор, который был врагом московского общественного порядка и бояр. Чтобы избежать такой развязки дела, бояре, пользуясь властью, призывают к Москве польского гетмана Жолкевского, стоявшего с войском в Можайске, который и идет, по его собственному выражению, «освобождать Москву от Вора». Приблизившись к Москве, Жолкевский начинает дело об избрании Владислава в цари. Страх перед тушинским «царьком» и польской военной силой решили вопрос. Патриарх Ермоген должен был уступить и сказал боярам: «Если королевич крестится и будет в православной вере, то я благословлю; если же не оставит латинской ереси, то от него во всем Московском государстве будет нарушена Православная вера и да не будет на вас нашего благословения».
После долгих, не менее месяца, переговоров с Жолкевским был заключен договор, в котором утверждалось, что православная вера в России остается неприкосновенной, что государь Владислав примет греческую веру; последнее, впрочем, выражалось в договоре скорее как желание, но народу было объявлено, что Владислав примет Православие; в вопросе о государственном управлении договор заботился об укреплении и охране прежнего политического порядка от возможных нарушений со стороны власти, не привыкшей к московским порядкам. 27 августа жители Москвы целовали крест новоизбранному государю на Девичьем поле, а на другой день в Успенском соборе в присутствии патриарха. Здесь к патриарху, стоявшему со всем освященным собором, подошли за благословением тайные сторонники Сигизмунда и творцы договора: боярин Михаил Салтыков да князь Василий Мосальский с товарищами. Святитель дал им благословение условно, сказав: «Если в вашем намерении нет лести и в ваших замыслах не будет нарушения Православной вере и разорения Московскому государству, то пусть на вас будет от Вселенской Церкви, всего Собора православной веры, четырех патриархов и от нашего смирения благословение; иначе пусть ляжет на вас клятва от Вселенской Церкви и от нашего смирения, а вы будете лишены милости Бога и Пресвятой Богородицы и приимите место от Него наравне с еретиками и богоотступниками».
Салтыков, заплакав притворными слезами, ответил патриарху, что в нем нет лукавства. Святитель смягчился, благословил его и товарищей. Но когда в числе других бояр подошел убийца Феодора Борисовича Годунова Михаил Молчанов, после смерти первого Лжедмитрия некоторое время называвшийся именем последнего, святитель «повелел его с бесчестием выбить из церкви».
По заключении договора и принесении присяги Жолкевский прогнал Вора из Москвы, который и убежал опять в Калугу. Все-таки бояре опасались в Москве бунта в пользу Вора и поэтому согласились на убеждения Жолкевского впустить в столицу польское войско. Святой Ермоген всеми силами противодействовал этому пагубному решению. 10 октября патриарх собрал «великое множество людей», преимущественно из дворян и служилых людей. На это собрание, после троекратного приглашения со стороны святителя, явились и бояре. Здесь два часа они защищали свое решение открыть ворота столицы для польского войска.
«Видишь ты и сам, — говорил боярин Иоанн Романов святителю Ермогену, — какова в людях в Москве смута: нам надо свои головы от Вора оберегать и воинских людей польских и литовских для бережения в столицу впустить. Если на это не согласишься, то знай: сделается в столице какое-либо зло от Вора, то в этом мы не будем виноваты, наши души будут чисты и пред Богом и пред государством. Если гетман (Жолкевский) прочь пойдет от столицы, то и мы с ним, а своих голов не желаем отдавать Вору».
Скрепя сердце, святитель вынужден был уступить. Бесплодны были и слезные мольбы патриарха не отсылать Шуйских к польскому королю — он ничего не достиг, только «много бесчестия принял от изменников и поляков».