Спустя 40 лет после мученической кончины патриарха Ермогена, в феврале 1652 года, «повелением великого государя царя Алексия Михайловича принесоша честныя и многострадальныя мощи новаго исповедника Ермогена патриарха из Чудова монастыря в соборную церковь Успения Пресвятыя Богородицы». Когда раскрыли могилу патриарха, то в распавшемся гробе останки первосвятителя оказались «целы, нетленны и благоухание испущающи». Их переложили в новый гроб, который поставили под каменным надгробьем, сверх пола Успенского собора, подле медного шатра Ризы Господней, в югозападном углу храма. В 1812 году мощи патриарха Ермогена были выброшены французами из гробницы на пол собора, где их и нашли по уходе неприятеля сияющими нетлением. Во время приготовления к коронации императора Александра III, при реставрировании Успенского собора, со стены сорвался камень и пробил надгробие и самый гроб патриарха Ермогена, в котором мощи святителя оказались в состоянии нетления.
Так в течение трех столетий из поколения в поколение передавалась память о патриархе Ермогене как святителе-мученике и росла народная вера в него как печаловника и молитвенника за землю Русскую у Престола Вседержителя. В тяжкие годы отеческих бедствий молитвенная мысль народа обращалась к памяти героя-патриарха. Шли русские люди к его гробнице и со своими личными скорбями, в недугах и болезнях благоговейно призывали на помощь святого Ермогена, веруя в него как в теплого молитвенника и предстателя пред Господом. И Милосердный Господь не посрамил этой веры. У гроба святителя Ермогена по его молитвенному предстательству совершились и совершаются обильные чудотворения. В слове, произнесенном в Московском Успенском соборе 11 мая 1913 года во время последней заупокойной Литургии по Святейшем Патриархе Ермогене, проповедник утверждает: «Если бы я захотел здесь только перечислить все известные нам и строго проверенные случаи чудесных исцелений по молитвам святителя, то и для этого не достало бы времени повествующу. А потому, — говорил он, обращаясь к слушателям, — сообщу только два-три наиболее поразительных факта, и вы несомненно убедитесь, что здесь нет места случаю, что нельзя объяснить чудесных исцелений простым естественным путем, что приходится с изумлением и страхом признать чудодейственность благодати Божией, изливающейся по молитвам Ермогена на страждущие и верою пламенеющие души народные».
Вот жена некая (московская мещанка Елена Жалуболина), страдающая в течение многих месяцев болезнью ног настолько, что и двигаться без посторонней помощи не может, с большим трудом вводится родными в Успенский собор, слезно молится за панихидой у гробницы патриарха Ермогена и тотчас же получает возможность ходить без посторонней помощи и со слезами благодарит Господа за свое чудесное исцеление.
Вот шестнадцатилетняя девица (Елена Кашаева), дочь состоятельных родителей, лечится от мучительного хронического насморка и соединенной с ним постоянной головной боли у всех известных врачей Москвы и Петрограда; четыре раза ей делают операции, а облегчения все нет и нет. 23 марта 1911 года привозит, наконец, больную девушку ее верующая мать в Успенский собор, просит отслужить панихиду у гробницы святого Ермогена, берет из лампады, горящей над этой гробницей, святого масла, дома на ночь намазывает этим маслом больной нос (дочери), и наутро 24 марта девушка делается совершенно здоровой.
А вот и еще более поразительный случай чудесного исцеления по молитвам угодники Божия некой жены (А. М. Гаух), бывшей уже прямо на краю могилы. В апреле 1911 года она заболевает воспалением сердечной оболочки и расширением аорты и помещается родными в частную лечебницу (Цандеровскую на Петровке, в Москве), где и пользуется прекрасным уходом и постоянной помощью врачей (доктора Мамонтова и др.). Но и при таких условиях болезнь все прогрессирует: сердечные припадки все учащаются и больная впадает в беспамятство. В конце второй недели после помещения в лечебницу положение больной настолько ухудшилось, что доктора признали его безнадежным: у больной посинели ноги, дыхание стало прерывистым и началась уже предсмертная агония. По желанию близких был приглашен приходской священник для прочтения «отходной» над умирающей. Как только священник начал читать положенные молитвы, больная вдруг приподнялась и сложила руки, как бы под благословение. Окружающие были страшно изумлены и почувствовали, что происходит что-то таинственное. И вот что поведала им пришедшая в себя больная: «Я увидела приближающегося старца, в котором узнала святого патриарха Ермогена, перед гробницей которого часто и усердно молилась я, бывая в Успенском соборе. Подойдя ко мне, святитель сказал: “Молись великому святителю Православия — Святейшему Патриарху Ермогену, ты исцелена и спасена Господом Богом” — и трижды благословил меня».