Деятельность святого подвижника не ограничивалась только монастырем. Полный любви ко Христу, преподобный Корнилий горел желанием укрепить и насадить истинную веру Христову среди коренных обитателей того края — эстов, находившихся в подчинении у немецких тевтонских рыцарей, не стеснявшихся никакими средствами для насаждения среди эстов лютеранства. Случай для миссионерской проповеди скоро представился Корнилию. В 1558 году царь Иоанн Грозный решился возвратить области, принадлежавшие Руси в Ливонии, и достойно наказать немцев, разрушивших много православных храмов в Ливонии. В апреле 1558 года русские воеводы подступили к городу Нарве. Во время осады города «вельможные и гордые немцы», пьяные, найдя икону Богоматери с Предвечным Младенцем в доме, где раньше стояли русские купцы, стали ругаться над иконою; потом, взяв ее со стены, бросили в огонь, на котором варилось пиво. Пламень внезапно, быстрее стрелы, бросился вверх, и верх здания запылал. В Нарве начался страшный пожар, благодаря которому русское войско завладело городом. Но, несмотря на пожар, икона Богоматери, равно и другая — святителя Николая, брошенная в огонь, были найдены на пожарище целыми. Это чудесное событие в связи со страшной участью города произвело сильное впечатление на жителей края, преподобный Корнилий и юрьевский архимандрит Варфоломей с другими духовными лицами, по воле митрополита и царя, освятили Нарву и лежавший против нее, на левом берегу реки Нарвы, Ивангород торжественным крестным ходом с чудодейственными иконами и затем доставили эти иконы в город (1558 г.). Вслед за городом Нарвой в Ливонии были взяты русскими и другие города и замки. Обездоленному и разоренному войною эстонскому населению преподобный Корнилий оказывал живую помощь. Благодаря его трудам были построены православные храмы во имя Пресвятой Троицы на Агиреве, во имя Рождества, что на Топине, еще в Нейгаузе, тогда как в Нарве и в других местах храмы строило правительство. Благотворительность преподобного Корнилия, любвеобильные наставления, жизнь, полная подвига и святости, — все это делало преподобного образцом, живым примером благочестия не только для монахов, но и для неправославных эстов. Все эсты в приходе Нейгауза и многие в других близких приходах обратились к Православной вере искренно, без всякой корысти, преподобный Корнилий, просветив их Святым
Крещением, позаботился еще и о том, чтобы им даны были священники и клирики для совершения богослужения и укрепления среди новообращенных истинно христианского учения. В 1560 году подвижник был свидетелем дивной помощи Божией на укрепление Православия, а врагам его на посрамление. В праздник Успения Пресвятой Богоматери он послал просфору и святую воду воеводам, стоявшим под городом Феллином. Как только посланный преподобным Корнилием прибыл к русскому войску, обложившему город, в последнем от русских ядер вспыхнул пожар, истребивший и снаряды, и весь хлеб неприятеля. Немцы были принуждены сдаться, а благодарные воеводы прислали в Печерскую обитель Богоматери феллинский колокол.