Время, свободное от молитвы, преподобный Никандр проводил в рукоделии. Игумен и братия удивлялись подвижнику, его благонравию, смирению и покорности, бодрости и крепости в подвигах и прославляли Бога. Между тем преподобный Никандр, снова убегая людской славы и тоскуя о прежней отшельнической жизни, отправился в свою пустыню и прожил там несколько лет. В дикой пустыни самая жизнь подвижника нередко подвергалась опасности. Так, однажды разбойники напали на убогую хижину святого, отобрали скудные пожитки отшельника, отняли у него и последнее утешение — святые иконы и книги, а самого его сильно ранили в ребра копьем и оставили еле живым. По молитвам святого двое из них, устрашившись внезапной смертью своего товарища, раскаялись в своих злодеяниях и получили прощение старца.
Но преподобный не столько боялся разбойников, сколько похвалы людской. Посему снова оставил он пустыню и во второй раз отправился в Крыпецкий монастырь, где ранее принял монашество. Прибыв в обитель, святой продолжал свою строгую подвижническую жизнь. Дивясь его подвигам, братия поставила его в пономари. Кроме того, на святого было возложено трудное и тяжелое послушание печь просфоры. Но преподобный Никандр с радостью стал исполнять эту работу, размышляя: «Если Господь наш Иисус Христос назвал Своим Телом хлеб, приготовленный для Тайной Вечери, то мне следует радоваться, что Бог сподобил меня приготовлять такие хлебы, на коих совершается великая и страшная тайна: дивным и непостижимым образом прелагаются они в Святое Тело Христово».
И подвижник Божий продолжал неустанно трудиться. Иноки, видя его возрастающее рвение и полюбив его за смирение и кротость, просили игумена сделать Никандра келарем. Игумен исполнил просьбу братии и поставил преподобного на келарство. Святой при сем возвышении не изменил своей прежней жизни, но исполнял новую обязанность со смиренномудрием и усердием, как бы дело, порученное ему Самим Господом; не превозносился он данной ему властью, помня слова Писания:
Слава отшельника привлекла к нему многих посетителей, которые искали у преподобного слова назидания. Между тем враг — завистник людей внушил игумену и братии Крыпецкого монастыря мысль, что, привлекая к себе народ, Никандр уменьшит монастырские доходы. Посему они пришли к преподобному и требовали, чтобы он удалился с этого места. С величайшим смирением исполнил святой требование: он снова отправился в свою пустыню, на место, указанное ему Богом.
Прибыв в свою пустыню, святой снова предался подвигам и прожил там отшельником до самой блаженной кончины своей в продолжение 32 лет и 2 месяцев. 15 лет из них он провел, не видя лица человеческого, так что и люди не знали о месте его подвигов. Чудесным образом Господь открыл миру Своего угодника. Некто Петр, по прозванию Есюков, живший в 12 верстах от хижины святого, однажды, погнавшись за лосем, заехал в темный лес, в глухую, непроходимую дебрь. Петр потерял из вида лося; тогда он заметил небольшую хижину, огороженную частоколом — жилище преподобного Никандра.
К преподобному стало приходить много народа «пользы ради», ибо, по слову преподобного Иоанна Лествичника, «монашеское житие — свет для всех человеков». Верующие обращались к преподобному Никандру за молитвенной помощью, ибо Господь наделил его многими благодатными дарованиями. Пустынник с любовью и вниманием относился ко всем нуждам своих посетителей и даже устроил им для ночлега убогую «гостиницу, у дуба», которую сам протапливал, преподобный не дозволял себе выставлять напоказ свои дарования. Приходя тайно к его келлии, люди всегда слышали, что он молится с горьким рыданием. Он же, заметив близость людей, тотчас умолкал, пряча от них полученный дар слез. Между тем, видя, что приближается конец земной его жизни, преподобный Никандр решился возложить на себя великую схиму. Он отправился в Демьянский монастырь и здесь принял от руки игумена великое пострижение; это произошло за восемь лет до его кончины.