В царствование Иоанна Грозного градоправитель города Смоленска боярин Иоанн Семенович Воронцов впал в тяжкую болезнь. Находясь при смерти и не зная к кому обратиться за помощью, Воронцов вспомнил о любви к нему старца Даниила и говорил в душе: «Отче Данииле! Ты всегда приносил нам много добра спасительными советами и поучениями, а твоими молитвами мы избавились не от одной скорби. Спаси мя и в этот раз от болезни своим заступлением: верую, что ты имеешь дерзновение перед Богом, чтобы облегчить мою боль».
Тотчас больной впал в забытье и видит, что около него сидит преподобный Даниил и врачует его. Пришедши в себя, Воронцов почувствовал себя здоровым, а его родственники и друзья были изумлены тем, что болезнь оставила его. Впоследствии боярин сам явился к преподобному, вручил ему милостыню на монастырь и объявил, что вернулся к жизни святыми молитвами подвижника.
В шестое лето правления Иоанна Грозного (в начале 1539 г.) преподобный Даниил почувствовал, что слабеет от старости и не в далеком времени должен покинуть эту жизнь. Созвав насельников своей обители, подвижник сказал им: «Возлюбленные о Христе отцы и братия! Бог собрал нас на этом месте для прославления святого имени Своего, Пречистой Богоматери и всех святых; вы обещались здесь работать Господу до конца дней, ради спасения душ своих, и меня приняли в общение с собой. Вы видите теперь, что я дряхлею и прежние силы покидают меня: я не могу уже больше быть старейшиною над вами. Кого же вы хотите избрать наставником вместо меня?»
Скорбные иноки хранили молчание, и хотя некоторые желали видеть настоятелем Кирилла, но не решались заявить об этом (после Кирилл все же стал архимандритом и правил обителью с 1542 по 1572 гг.). Подвижник решил известить и великого князя о необходимости назначить себе преемника, для чего и отправился в Москву. Царь с митрополитом Иоасафом были в Троице-Сергиевой Лавре, и игумен этой обители Порфирий посоветовал избрать настоятелем в Данилов монастырь постриженика преподобного Илариона, который жительствовал на Белоозере, а в то время пребывал в Порьеве пустыни. По повелению царя и благословению митрополита Иларион и был поставлен архимандритом Даниловой обители. Тогда же Иоанн IV дал ей село Троицкое и Воргушу, а сродники Григория Изъединова приложили луг, где ныне находится монастырская слободка. Так началось в Даниловой обители архимандритство.
В октябре 1539 года по настоянию преподобного Даниила свидетельствованы были мощи святого князя Андрея Смоленского, почивавшие при Никольской церкви городя Переяславля.
Преподобный Даниил часто рассказывал душеполезные повести братии и мирянам, приходившим к нему ради назидания. Вот одна из них. Некий муж в городе Переяславле имел обычай сумерками ходить по церквам и молиться с поклонами. Как-то вечером пришлось ему быть у запертой церкви пророка Илии, на берегу реки Трубежа в Рыбной слободе. Когда он молился и клал поклоны, увидел человека, который направлялся к тому же храму. Пришедший раньше тайком скрылся за углом церкви, чтобы не быть заметным. Явившийся после с умилением молился и часто клал поклоны, вдруг церковные двери отворились какой-то невидимой силой; путник прошел в церковь для дальнейшей молитвы, и тотчас все свечи сами собой зажглись. Помолившись довольно, посетитель вышел из храма, свечи сами собой погасли, и двери затворились на замок. Таинственный богомолец подошел к реке Трубежу. Муж, ранее явившийся к церкви, подивился столь чудному делу, тайком последовал за богомольцем и видит, что он спустился на реку и перешел на другую сторону по воде, как по суше. Смотревший на таинственного путника нашел у берега плот с шестом и перебрался на другую сторону реки. У церкви святого Климента, царя Константина и апостола Филиппа он видел то же самое, что и у церкви пророка Илии, а затем богомолец пошел вверх реки по воде, как по суху. Следивший за ним не мог продолжать свои наблюдения, так как не нашел ни ладьи, ни плота, да и богомолец стал вдруг невидимым. Слушатели подвижника сильно подозревали, что ходивший по водам был никто иной, как сам преподобный Даниил.