Слуга Даниилова монастыря, именем Авраам, поведал, что его сын Илия, 17-ти лет, перестал владеть руками, ногами, языком и лежал на одре как мертвый; это тянулось около 50 дней. Отец позвал к болящему сыну священника из Данииловой обители, чтобы совершить молебен, и принес воды из колодезя, который подвижник выкопал своими руками. По окончании молебна преподобному Даниилу насильно раскрыли уста Илии и влили ложечкой немного монастырской воды: внезапно больной почувствовал себя бодрым, стал на ноги, овладел руками и начал говорить. Священник, возвратившись в Даниилову обитель, возвестил о чуде настоятелю и братии.
Повар Троицкого Даниилова монастыря Иоанн, по прозванию Богаан, лишился языка и долгое время лежал, как мертвец. Подозвав к себе знаками домашних, больной просил их послать за отцом духовным, чтобы не умереть без покаянии. Случайно вблизи оказался иеромонах Даниилова монастыря Матфей; он исповедал больного и причастил Таин Христовых, и жена Богаана, Стефанида, с великой верой пошла к колодезю преподобного Даниила, зачерпнула воды и дала выпить мужу. По молитвам угодника, больной тотчас выздоровел.
Государев помытчик (помощник сокольничего) Антон Казаринов объявил: «За грехи свои я потерял разум и лежал на одре, как бездыханный истукан. После 40 дней страданий со слезами я стал молить угодника Божия Даниила об исцелении, обещал пойти к гробу преподобного и отслужить молебен, а также велел принести воды из Даниилова колодца. Испив этой воды, я уже не чувствовал болезни, встал со одра и пошел в обитель преподобного; совершил молебен у его гроба, всем рассказал о чуде и возвратился домой, славя Бога и Его святого угодника.
Посадский человек города Переяславля Залесского Автоном, по ремеслу гладильщик, потерял слух: в голове у него начались шум и ломота. Больной сильно страдал целый год. Он имел веру к преподобному Даниилу и часто молился ему об избавлении от беды. В четверг седьмой седмицы по Пасхе, когда, по преданию Даниилову, погребали в Троицкой обители странников, прибыл в монастырь и Автоном. Он припал со слезами ко гробу Божия угодника и просил его об исцелении. Вдруг, как бы забывшись, он слышит сильный гром, содрогается от страха, приходит в себя и уже не чувствует прежних болей. Когда со крестами отправились к скудельнице, пошел и выздоровевший Автоном; по окончании обряда погребения он открыл настоятелю и братии о совершившемся чуде.
Иона Самаровский, монах Троицкой Данииловой обители, очень болел ногами и не мог выходить из келлии около полутора лет. Болезнь не ослабевала, но с каждым днем становилась острей и острей. Старец часто молился преподобному Даниилу и призывал его к себе на помощь. Однажды ночью он слышит большой звон, который навел на него страх и в то же время несколько облегчил боли. Выбравшись из келлии, Иона видит над ракой угодника множество горящих свечей; больной пополз к гробу, свет начал ослабевать, и наконец светильники погасли совсем. Помолившись у гроба долгое время, Иона направился в свою келлию и по пути спросил монастырского сторожа: «Разве утреня окончилась?» Сторож ответил: «Отец, еще не пели петухи и нигде в обители не было звону к заутрени». После разговора со сторожем исчезла болезнь старца, и он объявил о чуде над ним архимандриту с братией.
Священник села Усолья (в 18 верстах к западу от Переяславля) Стефан возвестил: «Дочь моя Матрона имела глазную болезнь, тянувшуюся долгое время, и не могла ясно различать предметы. Прослышав о чудесах у гроба преподобного Даниила, просила свезти ее туда. Прибыв в обитель Даниилову, отслушав молебен и приложившись к раке святого, больная получила исцеление».
Горицкой обители подмонастырской слободки иконописец Димитрий долгое время страдал от лихорадки. Помолившись преподобному, он пошел к его обители, совершил молебен у гроба Даниилова, испил воды из чудотворцева колодца и тотчас выздоровел. В благодарность за дарованное чудо Димитрий написал образ преподобного Даниила и поставил его при колодце во славу имени святого.
Женщина по имени Стефанида впала в расслабление: она не владела ни руками, ни ногами, тряслась и еле могла лежать на одре. В великой скорби своей взмолилась больная преподобному Даниилу, который явился ей во сне и сказал: «Что вопиешь, жена, и сокрушаешь душу свою? Иди на колодезь, который я выкопал своими руками, желая вам подавать помощь, напейся из него воды и будешь здорова».
Встав, женщина пошла к колодезю, напилась воды из него и стала здоровой.
Плотник города Переяславля Залесского Флор с женой Феодорой рассказали: «По грехам нашим, у нашего сына Симеона случилась падучая; больного бросало оземь, изо рта показывалась пена, и он совсем терял сознание. Болезнь затянулась. Мы стали призывать на помощь преподобного Даниила и отправились к его гробу совершить молебен; придя от молебна домой, нашли сына, по молитвам преподобного, здоровым».