Святитель Нифонт уделял большое внимание церковному строительству, содействовал украшению старых и возведению новых храмов. Вскоре, после его возведения на епископскую кафедру, был заложен в центре Новгорода белокаменный храм в честь Пресвятой Богородицы, а знаменитый новгородский храм Софии Премудрости Божией благоукрашен иконами, и крыша храма покрыта оловом. В 1156 году святителем Нифонтом была основана Спасо-Мирожская обитель в пойме двух рек — Великой и Мирожи, с соборным храмом в честь Преображения Господня, сооруженным несколько ранее. По приглашению суздальского князя Юрия он освящал церковь Богоматери в Суздале.
Будучи строгим блюстителем церковных правил, святитель Нифонт не побоялся гнева новгородского князя Святослава Ольговича и отказался благословить его на противозаконный брак. Когда же князь был все-таки венчан неподвластными Новгородскому епископу иереями, святитель Нифонт публично осудил Святослава в законопреступлении. Твердость и верность церковным канонам святитель проявил и в 1147 году, когда по кончине митрополита Киевского Михаила на кафедру митрополита был возведен Климент, избранный без необходимого в то время благословения Константинопольского Патриарха, по своевольному решению великого князя Киевского Изяслава Мстиславича. На созванном великим князем архиерейском Соборе, в котором участвовали преосвященные иерархи Онуфрий Черниговский, Феодор Белгородский, Евфимий Переяславский, Дамиан Юрьевский, Феодор Владимирский, Мануил Смоленский, Иоаким Туровский и Косма Полоцкий, святитель Нифонт решительно выступил против незаконного волеизъявления Изяслава Мстиславича и предупредил епископов о неотвратимости Божией кары за отступление от церковных правил. Несмотря на то, что бесстрашному иерарху удалось склонить на свою сторону пятерых из участвовавших в Соборе епископов, Киевскую кафедру занял митрополит Климент. Ожесточившись на святителя Нифонта за отказ служить вместе с ним Божественную литургию, митрополит Киевский пожаловался на него великому князю Изяславу, который распорядился не отпускать святителя в Новгородскую епархию и заточить его в Киево-Печерский монастырь. Это решение святитель Нифонт принял со смирением, благодаря Господа за возможность вернуться «к безмолвному своему житию со святыми». После того как великий князь Изяслав Мстиславич был низвержен с Киевского престола князем Георгием Мономаховичем, святитель Нифонт вновь получил в управление Новгородскую епархию. Действия епископа в защиту патриарших прав были вознаграждены: новый патриарх Константинопольский Николай IV направил святителю одобрительную патриаршую грамоту, в которой сравнивал его с первыми святыми отцами, твердо стоявшими на защите Православия. В 1156 году, узнав о прибытии в Киев нового митрополита Константина, получившего посвящение и назначение на Киевскую кафедру в Константинополе, епископ Нифонт принял решение отправиться в Киев, чтобы приветствовать законно избранного митрополита и одновременно поклониться чудотворной Киево-Печерской иконе Божией Матери и святым мощам преподобного Феодосия Печерского. В Киеве святитель остановился в Печерском монастыре, где за три дня до постигшей его болезни удостоился чудного видения: во сне ему явился преподобный Феодосий со свитком в руке, на котором было написано: «Се аз и дети, яже ми дал есть Бог». Благодаря этому явлению преподобного святитель Нифонт воспринял болезнь как милость Божию и, перенося ее со смирением и радостью, отошел с миром ко Господу в субботу Светлой седмицы, на тринадцатый день после начала болезни. Святитель Нифонт был погребен в Киево-Печерском монастыре, в пещере преподобного Феодосия. Впоследствии его святые мощи были перенесены в Антониевы пещеры.
Святитель Нифонт является автором нескольких житий Киево-Печерских угодников, ему приписывается продолжение Несторовой летописи после Сильвестра, с 1116 по 1157 год. В патриаршей библиотеке хранятся «Ответы» святого Нифонта на казуистические вопросы клирика Кирика; из них некоторые напечатаны в церковной истории преосвященного Макария; в этих ответах виден человек бывалый и знакомый с Палестиною. Сему святителю есть особая служба со славословием.
Яко сый нравом православных Восточной Церкви преданий истинный защитник, сподобился еси великаго во отцех Феодосия видети по смерти, яко жива, возвещающа тебе Царствия Небеснаго наследие, егоже неизреченных доброт ныне с ним неразлучно наслаждаяся, моли и о нас, чадех своих, Нифонте прехвальне.
От мирскаго мятежа из младых ногтей исшед в тихое пристанище, честныя обители Печерския достигл еси и, тамо ярем Христов восприим на ся, равно Ангелом житие поживе, отнюду же пришед, святителю Христов Нифонте, в Великий Новгород, и архиерейский престол воспринял еси, и многи люди учением своим ко Христу привел еси, Егоже моли, святителю преподобне, спастися душам нашим.