А о том, как пребывать в пустыни нашей, и о молитве и о пении, и как питаться, и когда подобает исходить из пустыни потребы ради, в благословенное время, и о рукоделии и о прочем — обо всем этом установлено в написании господина нашего и учителя моего, преподобного и святого старца Нила».
И еще завещал преподобный Иннокентий при жизни, пребывая с братиею в своей пустыни: «Если братия наша, иноки, пребывающие в пустыне нашей, станут жить богоугодно и хранить заповеди Божии и задумают церковь воздвигнуть, то это — на Божием благоволении и на их изволении, и, если благоволит Бог, пусть будет церковь во имя святого пророка Иоанна Предтечи, Крестителя Господня, в воспоминание третьего обретения честныя его главы, празднуемого Церковью 25 мая/7 июня. Ибо сей великий Иоанн — наставник всем инокам и пустынножителям.
Если брат наш инок поставит себе келлию в пустыни нашей и потом удалится из пустыни сей, то тех келлий никому не продавать и не отдавать и не покупать их никому, но пусть владеют теми келлиями настоятель и пребывающая с ним братия. Если же упомянутый брат возвратится в пустынь, то не имеет права владеть оставленною им келлией. Если же настоятель по совету с братией пожелает продать кому-либо из братии пустующие келлии, то пусть продает. Но если купивший их брат удалится затем из пустыни, то оставленными келиями пусть владеют настоятель и пребывающие с ним братия. По возвращении сего брата в пустынь он не может владеть оставленными келлиями. Если же кто из братии поставит многие келлии или много их купит, то все равно, оставив их и снова возвратясь, при оставлении пустыни и при возвращении в нее, брат тот теряет право на владение ими. Но если настоятель и братия пожелают возвратившемуся брату отдать прежнюю его келлию, то это пусть будет на их произволении. Брат, преставляющийся от жития сего в нашей пустыни, никому не может ни продать, ни отдать своей келии, и пусть пребывающие в пустыни иноки не торгуют келлиями и не меняются ими между собою, но пусть каждый живет в своей келлии.
Если какой-либо инок из братии нашей пустыни не захочет проводить свою жизнь по Божиим заповедям, по написанию господина нашего и учителя старца Нила и по сему нашему писанию, но пожелает жить самочинно и самовольно, такового брата настоятель и братия пусть накажут; если же он после наказания не исправится, то пусть настоятель с братией удалят его из пустыни, как мякину от жита, без всякой боязни, посему нашему завещанию.
Если же тот брат раскается и пожелает проводить свою жизнь по Божиим заповедям, по преданию святых отцов, по писанию господина и учителя моего старца Нила и по сему нашему завету, то пусть настоятель и братия примут его в пустынь сию.
Это я, инок Иннокентий, написал, чтобы так исполняли после моей смерти».
Пожив много лет, управляя свое житие по Бозе, преподобный Иннокентий преставился ко Господу в вечный покой месяца марта в 19-й день, на память святых мучеников Хрисанфа и Дарии.
Братия же, взяв честное и многострадальное тело возлюбленного своего отца, учителя и наставника ко спасению Иннокентия, с псалмами и пениями надгробными похоронили его честно, по его завещанию, в коем он сам повелел погребсти свое тело в углу монастыря, близ ржавого болота; и на могилу его положили камень, на котором написали год, месяц и день преставления святого.
Также и образ подобия его написали братия, каков был по виду преподобный отец Иннокентий.
Много завещаний написал преподобный Иннокентий рукой своею, послуживших ко спасению инокам; и о преподобном Иннокентии было написано немало. Но по грехам нашим в 1538 годуслучилось нашествие казанских татар на Русскую землю, на пределы Вологодские, и тогда пустынь преподобного отца Иннокентия враги разорили, сожгли церковь Иоанна Предтечи, все строения предали огню и перебили много иноков; спаслись только некоторые из них и бежали в обитель преподобного Павла, находившуюся в том же Комельском лесу, на реке Нурме. Во время пожара монастыря сгорело и написанное о преподобном Иннокентии.
Было и другое писание о нем, но некоторые из братии, удалившись из пустыни, куда хотели, писание это унесли с собою в иные монастыри. Так в обители преподобного Иннокентия и не осталось известий о его создателе.
По рукописному житию, преподобный отец наш Иннокентий изображается во всем подобен, и лицом и брадою, изображению святого Варлаама, Хутынского чудотворца, в ризах преподобнических. По святцам, принадлежавшим графу Строганову и писанным в начале XVII века, преподобный Иннокентий изображается средним в росте, брада у него пошире, чем у священномученика Власия, епископа Севастийского (память 11/24 февраля), не раздвоенная, с легкой сединой, ризы — преподобнические.
От юности своея весь Богови поработился еси, блаженне, и того ради любве отечество и род оставил еси, и, в пустыню вселився, в ней жестокое житие показал еси, и чудес дарования от Бога приял еси, преподобне Иннокентие, моли Христа Бога спастися душам нашим.