Вскоре после кончины преподобного поселились в его пустыни любители пустынной жизни, воздвигли над гробом его храм и завели монашеское общежитие. В 1522 году громадные толпы татар окружили Унжу и трое суток осаждали слабый город, но не могли взять его, устрашенные видением грозного черноризца. В четвертый день они бросили огонь в город и город загорелся. Народ в ужасе повторял: «Святой Макарий, помоги нам!» И неожиданно полился дождь, пожар был залит, а татары в ужасе бросились бежать из города. Достойные видели в это время преподобного в облаках, заливающего пожар. Пленные татары говорили, что им виделся старец на коне, в иноческой одежде, вторгнувшийся в их полки и метавший в них стрелы. В то же время отдельный отряд татар из трехсот человек хозяйничал в Макариевой пустыни: враги хотели обворовать раку, обитую серебром, но внезапно ослепли. Это навело ужас на всех, все бросились бежать и многие потонули в озере Унже.
В 1532 году молитвами преподобного Макария был спасен от татарского набега город Солигалич, и благодарные жители устроили в соборном храме придел во имя преподобного Макария. Сохранился до наших дней текст письма знаменитого предводителя русского ополчения в борьбе против польско-литовских захватчиков князя Димитрия Михайловича Пожарского, в котором он сообщает Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Филарету о многочисленных исцелениях, происшедших от чудотворной иконы преподобного Макария, находившейся в его поместье.
Местное почитание памяти преподобного Макария началось вскоре после преставления великого чудотворца. При патриархе Филарете, в 1619 году, отправленные на место следователи нашли, что, по свидетельству сторонних людей, разных больных исцелено преподобным более 50-ти человек, из них иные были больны по 20 лет, другие по 12 или 10 лет. Тогда же имя сего угодника Божия внесено в святцы и назначено повсеместное празднование памяти его 25 июля.
Первая обитель его, на реке Лух, давно уже не существует. Вторая обитель, Желтоводская, возобновлена в 1620 году муромским уроженцем монахом Авраамием (впоследствии игумен; † 5 апреля 1640), который по благословению патриарха Филарета основал монастырь, известный под именем Желтоводского Макариева. За правым клиросом в обители преподобного находилась икона, на которой преподобный Макарий изображен со свитком в руках. Вверху, над его головой — Пресвятая и Животворящая Троица; на свитке надпись: «Чту, пою и покланяюся Отцу, и Сыну, и Святому Духу». Эта икона была написана в XVII веке по благословению возобновителя монастыря игумена Авраамия.
Третий монастырь — Макариев Унженский Троицкий Костромской губернии, близ города Макарьева. В соборе во имя Святой Троицы, построенном в 1669 году святым игуменом Митрофаном (впоследствии епископ Воронежский; память 23 ноября/6 декабря), покоились мощи преподобного Макария. В 1670 году, при игумене Никите (1666-1675), во время ремонта каменного храма были обретены под каменной плитой нетленные мощи святого подвижника. При этом обнаружилось, что «и кости в составах тверди и нерушимы, власы главнии и брада седы, видом же всем таков, яко же и на иконах пишется; одежда же иноческая на мощех, яже есть схима и мантия и прочее, весьма целы и крепки, с молитвой положили нетленные мощи преподобного в новый гроб и сотвориша праздник светел и торжество радостное обретению честных мощей преподобного». 226 лет пробыли в земле святые мощи и силой Божественной благодати сохранились нетленными. При патриархе Иоакиме (1674-1690) святые мощи были вновь погребены под спудом.
Святая Церковь совершает память преподобного Макария 25 июля/ 7 августа.
Днесь град твой Галич тобою хвалится, в концех бо его пресветло, яко велие солнце, возсиял еси и чудесы твоими, преподобне Макарие, вся озарил еси. И ныне молися Господеви избавиться душам нашим от прелести вражия и спастися граду твоему от поганскаго наития.
Богомудрый Желтоводския обители первоздателю, Богом поставленный монашескаго жития столпе, благописанный досточуднаго постничества образе, богозданный Духа Святого сосуде, златозарное Русския земли светило всесветлое, молим тя, отче Макарие, светозарною молитв твоих лучею разрешай мрачных страстей наших облак.
Вторый Моисей явился еси преподобне: он бо жезлом море раздели, ты же страсти, яко Амалика, победил еси и непроходную пустыню немятежным умом прошел еси, в нейже молитвами твоими велие чудо сотворил еси: гладныя люди до изобилия прокормил еси. И ныне молися Господеви подати всем печальным утешение, Макарие, отче приснопамятне, иже Галичестей стране и всей Российстей земли похвало и утверждение.