Однажды благочестивому иноку Антониевой обители Нифонту было видение, в котором открылась воля Божия о прославлении преподобного Антония. По ходатайству Нифонта и бывшего игумена обители Кирилла, ставшего к тому времени архимандритом Троице-Сергиевого монастыря, Святейший Патриарх Иов повелел переложить мощи преподобного Антония в новую гробницу и поставить их в храме для всеобщего поклонения. Перед открытием святых мощей митрополит Новгородский Варлаам и братия обители установили строгий пост и сугубые молитвы преподобному. Преподобный Антоний явился митрополиту Варлааму и благословил исполнить повеление патриарха. 1 июля 1597 года, когда разобрали гробницу над могилой, то увидели честные мощи преподобного, «яко жива лежаща». Благоуханием наполнился весь монастырь. Святые мощи были положены в новую гробницу рядом с местом прежнего погребения. От святых мощей происходили чудесные исцеления больных. В том же году преподобный Антоний был прославлен в лике святых.
Ученик и преемник преподобного Антония игумен Андрей составил житие преподобного Антония, которое в 1598 году было дополнено упоминавшимся иноком Нифонтом. Инок Нифонт составил также сказание об обретении мощей святого и похвальное слово ему. В 1168 году был напечатан первый акафист преподобному, составленный бывшим настоятелем Антониева монастыря архимандритом Макарием.
Со времени обретения святых мощей преподобного Антония в его обители в первую пятницу после Петрова дня (в 1597 году этот день пришелся на 1 июля) совершалось особое торжество. Из Новгородского Софийского собора в обитель совершался крестный ход. Множество народа стекалось со всей Новгородской епархии. 17 января, в день тезоименитства преподобного, в обители совершалось местное празднование в честь святого Антония.
Богослужебные сосуды, обретенные в бочке, были увезены в Москву Иоанном Грозным и хранились в ризнице Московского Успенского собора. Сохранились духовная и купчая грамоты преподобного Антония, издававшиеся неоднократно. По-прежнему в Рождественском соборе Антониева монастыря в Новгороде хранится камень, на котором преподобный Антоний чудесно приплыл из Рима.
Ветхий Рим, отечество твое, оставив, на камень, яко на легкий корабль, возшел еси и на нем паче естества, аки бесплотен, по водам шествовал еси, промышлением божественнаго разума направляем, Великаго Новаграда достигл еси и, обитель к нему сотворив, тело твое к ней предложил еси, яко дар освящен. Тем молим тя, отче Антоние: моли Христа Бога, да спасет души наша.
Римское воспитание, Великому же Новуграду благодатное процветение, многими бо труды и подвиги в нем Богу угодил еси. Сего ради чудес дарований от Него сподобился еси, и тело твое многими леты соблюде нетленно. Мы же, сие лобызающе, радостно от души вопием ти: радуйся, отче Антоние.
Яко звезда, воссиял еси от Рима, и дошел богоспасаемаго Великаго Новаграда, ту в нем обитель сотворил еси, и, церковь поставив, созва инок множество. С нимиже моли о нас, чтущих память твою, да зовем ти: радуйся, преподобне отче Антоние.
Пастырю предобрый и наставниче наш, преподобне отче Антоние! Ты, во плоти еще сый, Божественным мановением управляем, ветхий Рим, отечество твое, и род твой оставил еси, и оттуду чудесным по водам на камени, яко на легцем корабли, пришествием твоим семо освятил еси град сей, и в нем храм Божией Матери воздвигл еси, труды же и подвиги твоими просветил еси обитель сию, еяже и основание тобою бысть, умножил еси в ней чада твоя, образом добрых дел и учением наставляяй их, тем и нетлением мощей твоих и чудес сиянием прослави тя Бог, Емуже бесплотен со бесплотными предстоя, радующеся и, радуяся о притекающих к чудотворней раце твоей и мощи твоя усты же и сердцем лобызающих молишися. Ты и ныне, яко имеяй дерзновение ко Владыце Христу, буди молитвенник и ходатай о предстоящих сих рабех твоих, честным твоим мощем кланяющихся и просящих от тебе милостиваго заступления. Мы, молим тя, слуго Христов и угодниче, главы и сердца наша приклоняюще тебе: не презри убогаго сего моления нашего, но призри на ны милостивно, коегождо потребы исполняя, болящим здравие, путешествующим в пути благопоспешество, плавающим скорое и безбедное плавание даруя; обитель же сию от всяких бед, внезапно находящих, сохрани, и в ней живущих и труждающихся, купно же и им благодеющих, от всяких напастей свободи, да вси твоими молитвами на земли богоугодно поживем и Небеснаго Царствия наследницы будем, достойни славословити Всесвятую Троицу, Отца, и Сына, и Святого Духа, в безконечныя веки. Аминь.
Страдание святого мученика Раждена Перса