В 1652 году царь Алексий Михайлович (1645-1676) по повелению явившегося ему благоверного князя Даниила совершил торжественное открытие мощей святого. 30 августа патриарх Никон с собором епископов и царь Алексий Михайлович с придворными открыли могилу благоверного князя и обрели честные мощи нетленными. В то же время среди многочисленного народа произошло немало чудесных исцелений. Святые мощи были торжественно перенесены в монастырский храм в честь святых отцов Семи Вселенских Соборов и положены в специально приготовленной деревянной гробнице напротив правого клироса. Тогда же благоверный князь Даниил был причислен к лику святых и ему было установлено общецерковное празднование 4/17 марта — в день блаженной кончины и 30 августа/12 сентября — в день обретения нетленных мощей.
Явися, яко звезда пресветлая, благоверне и преподобне княже Данииле, в богопорученном твоем граде Москве в жизни временней и просветися воздержанием, и всенощным стоянием, и постом, и молитвою, и слезами ко Всемилостивому Спасу за град свой Москву и за вся страны Российския земли. И по преставлении твоем честныя твоя мощи источают исцеления неоскудно приходящим с верою, темже вопием ти: моли Христа Бога спастися душам нашим.
Явился еси в стране нашей, яко звезда пресветлая, благоверне княже Данииле, лучами света твоего озаряя град твой и обитель твою, людем православным поборник еси, пленным свободитель и нищим защититель. Моли Христа Бога державе Российстей даровати мир и спасти души наша.
Идеже поется служба вкупе обоим преподобным и благоверным князем Александру Невскому и сыну его Даниилу Московскому, тропарь, глас 3
Преподобнии и благовернии князие Александре и Данииле, молите Милостиваго Бога отечеству вашему земному всегда в Православии и благочестии пребывати и всем русским людем в мире спастися.
Красоту мира сего, княже и славу яко временная помышляя, и сего ради благочестно в мире пожил еси, блаженне княже Данииле, милостию и молитвами, и иночеством Богу угодив, и по преставлении своем чудес дар приим от Христа Бога, и светильник явися пресветлый, просвещая своими чудесы, приходящим с верою подаеши скорое здравие и от бед избавляеши. Темже Христова Церковь песньми славит тя, благочестивый княже Данииле, царствующему твоему граду Москве великое утверждение.
Еже по образу соблюд непреложно и яже в мире тленное оставив, со Ангельскими лики предстоиши Христу, преподобне княже Данииле, никакоже забывая чад твоих, но милостивно посещая и глаголя им: аз есмь с вами и никтоже на вы.
Церкве Христовы похвало высокая, граду Москвы стено необоримая, державы Российския божественное утверждение, преподобне княже Данииле! К раце мощей твоих притекающе, усердно молим тя: призри на нас, память твою воспевающих и с верою под кров молитв твоих прибегающих. Пролей теплое твое ходатайство ко Спасу всех, яко да утвердит миром страну нашу, грады и веси ея и обитель сию добре да сохранит, благочестие и любовь в людех твоих насаждая, злобу же, междоусобие и нравов развращение искореняя; всем же нам вся благая ко временному животу и вечному спасению даруй молитвами твоими, яко да прославляем дивнаго во святых Своих Христа Бога нашего во веки веков. Аминь.
О угодниче Божий, святый благоверный княже Данииле, сада Христова благовонный цвете, неба церковнаго кроткая звездо, земли нашея небесный уме, града Москвы и державы нашея мудрый здателю! Теплый к Богу молитвенниче, скорый в помощи, милостивый в нуждах, к тебе припадаем и тебе молимся: буди предстатель наш пред Престолом Божия славы неусыпный. Собери нас друг ко другу, да печали ближняго своего кийждо любовию нелицемерною приобщается. Онебеси ум наш, да иго тяжкое земных попечений отвергше, бремя легкое Христова Евангелия возлюбим. Открый очи наши, да узрим нетленную красоту Господню и да не отчуждени будем жизни Божия. Тихость Духа Божия да соблюдет сердце наше. Весна покаяния да украсит дела наша.
Княже милостивый и щедрый, сохрани страну нашу, град твой и зде молящихся тебе от всякия напасти, от враг видимых и невидимых, от губительства и глада, от междоусобныя распри и внезапныя смерти. Отверзи нам двери милосердия Божия и избави нас от всякаго зла. Под крепкий покров благостыни твоея прибегающе, молим: буди нам тихое пристанище в скорбех. Остени нас молитвами твоими. Соблюди нас от падений греховных и заблуждений, да сердцем сокрушенным, духом смиренным в печали и радости выну зовем: Господи, предстательством преподобнаго Твоего помилуй нас. Аминь.
Сведения о житии святителя Иоанна, митрополита Киевского и всея Руси