В 1501 году, при архимандрите Константине, произошел пожар всего монастыря. Это несчастье сильно угнетало начальника обители мыслью, что святой Евфимий покарал монастырь за какое-нибудь нарушение устава, завещанного угодником Божиим. Но один инок успокоил Константина рассказом, что видел во сне явление преподобного, поведавшего о полной неповинности архимандрита. Слышав это, повеселел сердцем архимандрит и бодро возводил постройку келлии на деньги доброхотных дателей на погорелую обитель. В этих трудах и заботах он и скончался.
Его место заступил архимандрит Кирилл, бывший иноком в той же обители преподобного Евфимия. При нем последовало открытие мощей преподобного. По обретении мощей преподобного Евфимия чудеса полились еще обильнее.
К раке его приведен был боярин именем Афанасий, одержимый бесом. Больной много говорил неподобного. Архимандрит с братией молились за бесновавшегося, он исцелился и стал разумен, как и до болезни. Благодарный боярин постригся в иночество под именем Аврамия.
Был еще и другой бесноватый боярин, новгородец. С исцелением его пришлось преодолеть большое затруднение. Больной приходил в необыкновенно буйственное состояние от представлявшихся ему многих бесов, которые бросались на него с копьями всякий раз, как больного подводили к раке святого. Никакая сила не могла сдержать страдавшего: он вырывался и выбегал из храма. Порою и сам больной молился словами: «Господи, помилуй меня; и помогите мне, святые чудотворцы», — но тогда еще сильнее нападали на него бесы. И вот однажды, когда его стали подводить к раке святого, внезапно засиял свет над гробом преподобного и больному предстало явление святителя Николая Чудотворца вместе с преподобным Евфимием (у раки был чудотворный образ святителя Николая). Этот свет, озаривший раку святого, рассеял нападавших бесов, и больному послышался голос: «Человече, оставляются тебе грехи», — и повелевалось этим голосом войти в церковь во время литургии и принять исцеление.
Только тогда больному удалось припасть к раке с горячей молитвой к своим заступникам — преподобному Евфимию и святителю Николаю, и больной удостоился полного исцеления. Пробыв несколько дней с благодарственной молитвой в монастыре, боярин, дав вклад свой, возвратился домой совсем здоровым.
Еще было чудо с исцелением отрока Иоанна, принесенного на одре расслабленным. Больной страдал уже три года и по молитвам преподобного возвратился домой исцеленным.
В монастыре преподобного Евфимия был келарь Киприан. Он впал в такую гордыню, что не стеснялся в злонравии своем и оскорблял всю братию, пищу в братской трапезе довел до оскудения, а всю свою келарскую службу обратил на своих гостей, тогда как, по завету преподобного Евфимия, гости пользовались трапезой наравне и заодно с братией, и трапеза полагалась непременно общей всем за исключением особых случайностей, требовавших обособления по нужде. Поднялось возмущение в братии. Не стал того больше терпеть преподобный и явился келарю в грозном видении, с жезлом в одной руке и зажженной свечой в другой. Келарь, объятый страхом, обещал исправиться. Но наутро, когда пришел в себя от страха, решил, что все это было пустым мечтанием ума и продолжал свой злой обычай. Тогда преподобный покарал Киприана болезнью, от которой расслабли все члены его тела. И, придя в покаяние, взмолился келарь, чтобы несли его к раке преподобного. Там горячо молился он, пока не был исцелен святым.
Старец Патрикий рассказал следующее чудо над ним, когда он был еще мирянином, пребывая в обители святого и служа на потребу братии. Случилось ему простудиться и получить лихорадку. И стал не в состоянии Петр (мирское имя Патрикия) служить братии монастыря. Он был монастырским рыболовом и, как старший, распоряжался всей дружиной рыболовов в приписанном к обители святого Евфимия Гороховецком монастыре святого Василия Кесарийского на Клязьме. Рыбная ловля была важнейшей доходной статьей в монастыре, и Петр со своей дружиной был очень нужный человек. Преподобный явился ему в видении, осенил его крестом и сказал: «Не сетуй, чадо Петре, не скорби, но будь здоров и держи ряд службы своей». Проснувшись, Петр почувствовал себя здоровым и больше не занемогал.
Был еще человек, радевший монастырю преподобного Евфимия и живший в одном селе под Суздалем. Звали его Симеоном. Имел он несчастье помешаться в уме: бесы являлись ему и повергали в неописанный ужас. Друзья больного привели его в обитель к чудотворной раке преподобного.
Пели молебны. Точно благодать вселилась в сердце больного. И стал он по-прежнему здоров.