Патриарх возвел преподобного в сан архимандрита и дал ему антиминсы для новой церкви. Благочестивые москвичи жертвовали в монастырь книги, иконы, облачения и другие предметы. Царь приказал дать преподобному из Москвы и из других городов по пути до самой Волги 12 телег для того, чтобы преподобный мог увезти полученные пожертвования. Скоро освятили новую церковь. Воевода Василий Овцын не оставлял обители. Он обложил белым железом главу новой церкви, пожертвовал в монастырь деревни, сенные покосы и другие угодья.
Ездил преподобный из Вятки в Казань. В то время митрополитом Казанским был Гермоген. Преподобный Трифон предрек Гермогену во время одной беседы, что он будет патриархом в Москве и что скончается мучеником.
По-прежнему трудился, подвизался и устроял обитель преподобный Трифон. Часто поучал он свою братию — наставлял ее в заповедях Божиих и в иноческих правилах, особенно предостерегал иноков от пьянства. Сам преподобный не употреблял мягкой одежды, не питался сладкими яствами. На теле носил железные вериги, ветхую и заплатанную власяницу. Если христолюбцы приносили ему что-либо из пищи или деньги, он просил все отдавать в монастырь, ни одной вещи не называл он своею, но все — владением Пресвятой Богородицы. В келлии подвижника были только святые иконы и книги.
Преподобный был требователен к братии, не терпел нарушений иноческого устава. И это вызвало недовольство на подвижника. Некоторые из монахов не хотели слушать его поучений и наставлений, оставили иноческие правила, стали жить, как миряне; часто приходили они к преподобному и просили послаблений. Даже поносили святого, заявляя ему: пусть сделает послабления или же пусть отказывается от настоятельства.
Но преподобный спокойно и кротко увещевал их: «Нам, братия, следует жить по преданию святых отец, довольствоваться общей трапезой в определенное время, вина не держать». Так кротко поучал подвижник свою братию. Но они еще более досаждали святому, хотели избить его, иногда силой брали у него церковные ключи, гнали из монастыря.
Они избрали вместо преподобного Трифона настоятелем ученика его, Иону Мамина, родом из московских дворян; тайно написали в Москву прошение и послали Иону для поставления в архимандрита в то время, когда подвижник уходил из обители для сбора подаяний. В Москве, по ходатайству родственников, Иона был возведен в архимандрита. Возвратившись, он не стал более повиноваться преподобному и побуждал его оставить монастырь. Иона еще в юности пришел к подвижнику, был принят им как ученик и под руководством святого старца проходил различные послушания. И преподобный полюбил Иону. Однажды в болезни святой старец написал духовное завещание, в котором назначил его своим преемником. Иона же перешел на сторону недовольных и, не дождавшись времени, самовольно похитил начальство в обители. Сильно печалился о том преподобный Трифон, кротко поучал Иону и братию, вразумлял непокорных и неразумных. Но все оставались глухи к словам святого. Иона начал держать в монастыре хмельные пития, устраивал пиры и призывал на них воевод и простых мирян; сам ходил в дома горожан и упивался вином. У него был слуга Феодор. По повелению Ионы, не терпевшего обличений преподобного Трифона, этот Феодор всячески досаждал преподобному Трифону, поносил и укорял его, бил и даже заключил в темницу. Наконец, братия изгнали святого из обители, им самим основанной и устроенной. В крайней нищете святой Трифон вышел из своей обители.
Побывав в Москве, в Сольвычегодске и в Соловецком монастыре, преподобный отправился в город Слободской. Жители этого города обрадовались приходу подвижника. Еще в 1599 году они получили разрешение от патриарха Иова на устройство монастыря, но дело почему-то замедлилось. Когда же преподобный сказал им, что хочет устроить у них монастырь, они с радостью приняли его, отвели место для обители, усердно стали помогать ему. Вскоре построили церковь и освятили ее в честь Богоявления Господня. К преподобному начали собираться люди, искавшие иноческих подвигов, и принимали от него пострижение. Подвижник наставлял их и укреплял в иноческих трудах, служа всем примером. Поставили келлии, обвели монастырь оградой и над воротами монастырскими построили церковь во имя Архистратига Михаила.