Долгожданное событие произошло 12 августа 1904 года, через год после паломничества Царской семьи в Саров, на торжества прославления преподобного Серафима. Казалось, начинается новая светлая полоса в их семейной жизни. Но уже через несколько недель после рождения Царевича Алексия выяснилось, что он болен гемофилией. Жизнь ребенка все время висела на волоске: малейшее кровотечение могло стоить ему жизни. Страдания матери были особенно сильны... Императрица хорошо понимала, что медицина была здесь бессильна. Но ведь для Бога нет ничего невозможного! Будучи глубоко верующей, она всей душой предавалась усердной молитве в чаянии чудесного исцеления. Она готова была поверить всякому, кто был способен помочь ее горю, хоть как-то облегчить страдания сына, - и болезнь Цесаревича открывала двери во дворец тем людям, которых рекомендовали Царской семье как целителей и молитвенников. В их числе появляется во дворце крестьянин Григорий Распутин, которому суждено было сыграть свою роль в жизни Царской семьи, да и в судьбе всей страны - но претендовать на эту роль он не имел никакого права. Лица, искренне любившие Царскую семью, пытались как-то ограничить влияние Распутина; среди них были преподобномученица Великая княгиня Елизавета, священномученик митрополит Владимир...
Глубокая и искренняя религиозность выделяла Императорскую чету среди представителей тогдашней аристократии. Духом православной веры было проникнуто с самого начала и воспитание детей Императорской семьи. Все ее члены жили в соответствии с традициями православного благочестия. Обязательные посещения богослужений в воскресные и праздничные дни, говение во время постов были неотъемлемой частью быта русских царей.
Однако личная религиозность Государя Николая Александровича, и в особенности его супруги, была чем-то бесспорно большим, чем простое следование традициям. Царская чета не только посещает храмы и монастыри во время своих многочисленных поездок, поклоняется чудотворным иконам и мощам святых, но и совершает паломничества, как это было в 1903 году во время прославления преподобного Серафима Саровского. Краткие богослужения в придворных храмах не удовлетворяли уже Императора и Императрицу. Специально для них совершались службы в царскосельском Феодоровском соборе. Здесь Императрица Александра молилась перед аналоем с раскрытыми богослужебными книгами, внимательно следя за ходом церковной службы.
Нуждам Православной Церкви Император уделял огромное внимание во все время своего царствования. Как и все российские императоры, Николай II щедро жертвовал на постройку новых храмов, в том числе и за пределами России. За годы его царствования число приходских церквей в России увеличилось более чем на 10 тысяч, было открыто более 250 новых монастырей. Император сам участвовал в закладке новых храмов и других церковных торжествах. Личное благочестие Государя проявилось и в том, что за годы его царствования было канонизировано святых больше, чем за два предшествующих столетия, когда было прославлено лишь 5 святых угодников.
В годы правления Императора Николая II сохранялась традиционная синодальная система управления Церковью, однако именно при нем церковная иерархия получила возможность не только широко обсуждать, но и практически подготовить созыв Поместного Собора.
Стремление привносить в государственную жизнь христианские религиозно-нравственные принципы своего мировоззрения всегда отличало и внешнюю политику Императора Николая II. Еще в 1898 году он обратился к правительствам Европы с предложением о созыве конференции для обсуждения вопросов сохранения мира и сокращения вооружений. Следствием этого стали мирные конференции в Гааге в 1889 и 1907 годах. Их решения не утратили своего значения и до наших дней.
Но, несмотря на искреннее стремление Государя к I миру, в его царствование России пришлось участвовать в двух кровопролитных войнах, приведших к внутренним смутам. В 1904 году без объявления войны начала военные действия против России Япония - следствием этой тяжелой для России войны стала революционная смута 1905 года. Как великую личную скорбь воспринимал Государь происходившие в стране беспорядки...
В неофициальной обстановке с Государем общались немногие. И все, кто знал его семейную жизнь не понаслышке, отмечали удивительную простоту, взаимную любовь и согласие всех членов этой тесно сплоченной семьи. Центром ее был Алексей Николаевич, на нем сосредотачивались все привязанности, все надежды. По отношению к матери дети были полны уважения и предупредительности. Когда Императрице нездоровилось, дочери устраивали поочередное дежурство при матери, и та из них, которая в этот день несла дежурство, безвыходно оставалась при ней. Отношения детей с Государем были трогательны - он был для них одновременно царем, отцом и товарищем; чувства их видоизменялись в зависимости от обстоятельств, переходя от почти религиозного поклонения до полной доверчивости и самой сердечной дружбы.