В 1692 году он с гетманом обратились в Москву с письменными прошениями к царям Иоанну и Петру Алексеевичам и к патриарху Адриану о возведении архимандрита Елецкого Феодосия Углицкого в сан архиепископа [18
], при чем оба они от своего имени свидетельствовали, что «пречестной архимандрит — муж благий, украшенный добродетелями монашеской жизни, которую ведет с молодых лет; опытен в управлении монастырями, исполнен страха Божия и духовной мудрости, просвещен, весьма усерден к церковному благолепию, способен управлять домом кафедры и Черниговскою епархиею». Ходатайство уважаемого старца-святителя было уважено, и в том же году Феодосий отправился в Москву для хиротонии. Здесь 11-го сентября было совершено наречение его в епископа, а 18-го того же месяца он был хиротонисан во архиепископа. Новопосвященный архиепископ пробыл в Москве около двух месяцев, по желанию патриарха, относившегося с уважением к святителю Феодосию и воспользовавшегося удобным случаем задержать его в Москве для бесед и совместного совершения Богослужения.Велика была радость престарелого архипастыря Черниговского Лазаря Барановича, когда он увидел своего возлюбленного помощника в святительском сане. Глубоко обрадована была этим и паства, благоговейно любившая и уважавшая святителя Феодосия. Таким образом, Черниговская Церковь осчастливлена была управлением двух знаменитых иерархов — столпов православия, умолявших милосердие Божие о мире всего мира и о благосостоянии своей богоспасаемой паствы. Между тем Феодосий и в святительском сане, помогая преосвященному Лазарю, а часто и совсем заменяя ого, сохранял к нему беспредельную любовь и преданность сына, оказывая полное послушание своему благодетелю, ничего не предпринимая без согласия первосвятителя черниговского, стараясь в делах управления паствою поступать по его указанию и изволению.
Но не долго судил Господь двум великим, знаменитым столпам православия вместе стоять на страже паствы черниговской. 3-го сентября 1693-го года великий старец-архипастырь тихо и мирно скончался после 36-летного управления черниговскою епархиею. Святитель Феодосий торжественно похоронил его, совместно со всем черниговским и из других мест прибывшим духовенством в Черниговском Борисоглебском кафедральном соборе, за левым клиросом.
Прежде чем уведомить царя и патриарха о кончине преосвященного Лазаря, святитель Феодосий отправился к гетману Малороссии известить его о печальном событии. Вместе с ним он отправил иеромонаха Пахомия и некоторых других лиц в Москву с донесением царю и патриарху о кончине и погребении преосвященного Лазаря, при чем гетман писал, что он имел сетование и печаль о преставлении Лазаря, а ныне находит утешение и отраду, что, по кончине ого, в неотложном времени тот архиерейский престол восприял преосвященный Феодосий Углицкий, которой своими добродетелями может украсить церковь и искусным благорассмотрением устроить дела правления церковного.
В ответ царь писал, что он будет оказывать Феодосию такую же царскую милость, какою пользовался преосвященный Лазарь; патриарх же писал гетману, что рукоположение архиепископа Феодосия при жизни архиепископа Лазаря он относит к особенному Промыслу Божию, благодеющему черниговской пастве, и просил гетмана, как сына Церкви, помогать преосвященному Феодосию в его заботах о святой Церкви. В то же время патриарх прислал «напрестольную» грамоту для окончательного утверждения святителя Феодосия на черниговской кафедре в качестве самостоятельного архипастыря, где, между прочим, отзывается о нем, как о муже добродетельном, с юных лет украшенном иноческим житием в добродетелях и искусном в управлении честными обителями, полном страха Божия и разумения духовного, любителе премудрости, усерднейшем радетеле церковного благолепия, вполне по справедливости заслужившем управление домом и епархией черниговской.
Оставшись единоличным архипастырем черниговским, святитель Феодосий с отеческою ревностью заботился о благосостоянии своей паствы, причем еще более, чем прежде, проявлял, воочию всех, святость жизни, искреннюю любовь к подвижничеству, христианское милосердие и любовь ко всем обращавшимся к нему. Своими добрыми делами и христианскими добродетелями он светил не только для паствы черниговской, но и далеко за пределами ее.