На другой день после литургии поднесены ему были дары, из коих, оставив нечто себе, остальное отдал в дом Святой Троицы и на милостыню. Затем велел петь конечный молебен Пресвятой Троице и, подойдя к раке великого чудотворца, снял с себя клобук, отер им колена и ноги преподобного Сергия до подошвы и подложил под плесна его, со многими слезами приникнув ко гробу; потом взял клобук из-под ног чудотворца, поцеловал и дал поцеловать Дионисию, стоявшему при нем с открытой головой, на которую святейший возложил руку свою. Архидьякон возгласил: «Вонмем!» Архимандрит Синайской горы, сопутствовавший патриарху, трижды повторил: «Кирие елейсон», патриарх же, возложив с молитвой клобук свой на Дионисия, благословил, целовал его в уста и сказал: «Во имя Отца и Сына и Святого Духа, дал я тебе благословение, сын мой, и знаменовал тебя в великой России, среди братии твоей, да будешь первый в старейшинстве, по благословению нашему, также и кто по тебе будет, да носит в сем святом месте благословение наше, величаясь и хвалясь нашим смирением и радостно всех извещая: сие нам дано знамение, что и патриархи восточные поклонники суть сему святому месту и честь свою перед Святой Троицей оставили, сняв с главы своей память по себе и положили под ноги великому стражу и блюстителю Сергию Чудотворцу». Оба клироса пропели по его приказанию: «Спаси, Христе Боже, отца нашего архимандрита Дионисия!» – после чего, обратясь к братии, патриарх приказал записать все совершенное им над архимандритом на память грядущим родам, чтобы не забывали смирение и любовь святейшего, поминая его в молитвах своих. Братия и весь народ поклонились ему до земли.
Несмотря на это торжество, являвшее величие архимандрита Дионисия, враг рода человеческого не оставлял возбуждать против него злобу и клевету. Дважды был он оклеветан перед царем и патриархом. Первая клевета последовала от присланного в Лавру подначального чернеца Рафаила, знавшего, что патриарх Филарет был гневен на Дионисия по наветам клеветников. Вызванный в Москву Дионисий был оправдан, а клеветники сосланы в заточение. Вторую клевету взвел на него эконом Лавры, по проискам которого блаженный муж был ввержен в темное и смрадное место, где пробыл тайно три дня в заточении.
Не довольствуясь этим, эконом возбуждал патриарха против Дионисия тайными грамотами, обвиняя его в искательстве патриаршества, и дошел до такого исступления, что однажды на соборе дерзнул бить архимандрита по ланитам и с безчестием запер настоятеля в келью, из которой не выпускал четыре дня. Государь, услышав о том, царской властью приказал освободить страдальца и, будучи в обители, сам перед всей братией делал изыскание о случившемся, но преподобный Дионисий все покрыл любовью, всех представил себе доброхотами, винил себя одного и тем преложил гнев царский на милость, к общему изумлению всех бывших при царе бояр; с тех пор самодержец не принимал никакой клеветы на святого.
Время кончины преподобного близилось: он изнемогал в силах, но не ослабевал в подвиге, присутствовал при богослужениях и еще накануне смерти литургисал, а в самый день кончины присутствовал у утрени и обедни. В вечерню, надев клобук и мантию, хотел идти в церковь. Братия не пускали его из кельи, видя его в испарине, но это было уже конечное изнеможение, чувствуя которое он стал просить схимы. Послали донесение патриарху, испрашивая его благословения, но, видя конечное изнеможение старца, начали пострижение. Прежде нежели были окончены последние молитвы, Дионисий, до того стоявший на ногах, сел, немногим из братий преподал благословение и, перекрестив свое лицо, возлег на ложе, закрыл глаза, сложил на груди крестообразно руки и отошел душой в блаженную вечность. Это было 10 мая 1633 года. Патриарх Филарет сам отпевал его.
Многие явления и исцеления свидетельствовали избранника Божия.