В 1983-м Ю.Н. Афанасьев был назначен зав. отделом истории, членом редколлегии журнала «Коммунист». В 1985 году в журнале «Коммунист» он опубликовал статью под названием «Прошлое и мы», где в пух и прах разбил консервативное крыло в нашей исторической науке во главе с академиком А.Л. Нарочницким и др. Статья вызвала бурю в исторической науке того времени. Так получилось, что на Ю. Афанасьева ополчился весь цвет исторической науки. На содержание его статьи, возможно, повлияло пребывание во Франции, где он близко познакомился с исторической школой «Анналов», представители которой писали о конкретных людях, у нас же в то время было принято главное внимание уделять рекордным надоям молока и тоннам выплавленного чугуна и стали.
Администрация журнала «Коммунист» не захотела иметь «смутьяна» у себя в журнале и предложила Юрию Николаевичу уволиться. В 1986 году Ю.Н. Афанасьев был назначен ректором Московского государственного историко-архивного института. Это был камерный, но очень авторитетный институт. В СССР он был единственным подобным вузом, таких институтов всего несколько в мире. Будучи ректором МГИАИ, Ю.Н. Афанасьев стремительно врывается в большую политику.
Его приход в политику совпал по времени с первыми альтернативными выборами. В 1989 году он был избран народным депутатом СССР от Ногинского территориального округа № 36 Московской области. 29 июля 1989 года на конференции Межрегиональной депутатской группы были избраны пять сопредседателей: Ю.Н. Афанасьев, Б.Н. Ельцин, В. Пальм, Г.Х. Попов и А.Д. Сахаров.
На съезде народных депутатов СССР в 1989 году Юрий Николаевич произносит свою знаменитую первую речь, которая многих испугала. Он заявил, что на съезде собралось «агрессивно-послушное большинство».
В 1991 году на выборах взамен выбывшего избран народным депутатом РСФСР от территориального округа № 41 г. Москвы. Он был одним из создателей, сопредседателем движения «Демократическая Россия», участником «Демократического конгресса» 1991 года.