19 августа 1874 года, получив отпуск, курьерским поездом через Белосток, Брест, Одессу и Ялту, прибыл в Симеиз, где нашел свою семью в сборе, а сын приедет через неделю. 24 августа вместе с архитектором Голиковым и агентом строительного общества Поплавским осматривали дом, который был еще не готов. «Почти неделю провел совершенно спокойно, вполне наслаждаясь деревенской свободой, – вспоминал Милютин. – Для помещения моей семьи нанят на все лето отдельный, уютный домик (известный под названием Потоцкого) в имении Ив. Серг. Мальцова (генерал-майор, промышленник, владелец ряда крупных заводов. –
Позавтракав во дворце, вечером возвратился в свой «отрадный симеизский уголок», думая все дорогу о том, как круто сказалась отставка графа Шувалова на его судьбе, и орден, и благодушие императора трудно переоценить.
Возвращаясь из Крыма в Петербург, побывал в Харькове у старого друга, командующего войсками Харьковского военного округа Александра Петровича Карцова, затем в Туле осмотрел оружейный завод, где началось валовое производство новых ружей, в Москве по утрам объезжал военно-учебные и другие заведения военного ведомства, дважды принимал участие на больших парадных обедах, побывал вечером в опере.
А в Петербурге ждала его неприятная новость – начались студенческие беспорядки в Медико-хирургической академии, в университете и Технологическом институте, волновались студенты и других учебных заведений.
Оказалось, что в Медико-хирургической академии возникли противоречия между начальником академии тайным советником Чистовичем и главным военно-медицинским инспектором тайным советником Козловым, между профессорами академии, а главное – студенты, недовольные лекциями Циона, а также стычки между профессорами Ционом и Груббером, бойкотировали лекции Циона, ответившего студентам грубостями и недозволенными колкостями.
Милютин принял студентов академии, в делегации к министру присутствовало от каждого курса по студенту, которые спокойно и четко изложили положение в академии. Студенты настроены спокойно и примирительно, они готовы заниматься, но без грубостей со стороны физиолога профессора Ильи Фаддеевича Циона (1842–1912), «не столько за его преподавание, сколько за экзамены и личное обращение его со студентами». Оказывается, профессор Цион написал брошюру, в которой резко писал о нигилистах и нигилизме и использовал кафедру физиологии для проповеди своих политических взглядов, что возмутило студентов, а на своих лекциях он популяризировал свою брошюру, раздавал ее студентам, возвеличивая себя и пускаясь в подробные объяснения. Разговор со студентами понравился военному министру, понявшему одно, что нужно решительно менять устав академии, нужно добиваться, чтобы академия решительно получила определенный статут принадлежности к Военному министерству, а профессора Циона надо удалить из академии, предоставить ему длительный заграничный отпуск. Как печально, что он заменил популярного Ивана Михайловича Сеченова, крупного физиолога и профессора Медико-хирургической академии с 1860 года. И какое потерпел он поражение со своими простодушными взглядами. Надо решительно менять положение в академии, в университетах и институтах.