Аппарат прокуратуры Украины, большая часть территории которой была оккупирована, располагался в то время в Ворошиловграде. Штат был невелик – всего 23 человека вместе с техническими работниками, а задач по прокурорскому надзору – много: выполнение оборонных заказов, ремонт боевой техники, строительство оборонительных сооружений и т. д. Заниматься приходилось также укреплением трудовой дисциплины и предупреждением эпидемий. Работники прокуратуры выезжали в прифронтовые районы, чтобы налаживать там работу, помогали районным прокурорам. Транспорта обычно не было, приходилось добираться до места на попутных машинах, а то и пешком.
Когда в конце июля 1942 года военная обстановка осложнилась и советские войска полностью оставили Украину, оперативная группа прокуратуры республики во главе с исполняющим обязанности прокурора Украины Р. А. Руденко продолжала действовать на территории РСФСР.
Освобождение украинской земли началось в 1943 году и к октябрю 1944 года было завершено. Оперативной группе Прокуратуры УССР предстояло восстановить все звенья прокурорского надзора. В начале 1943 года группа базировалась в очищенных от врага районах Ворошиловградской области, затем – Харьковской, а с августа 1943 года – в самом Харькове.
23 июня 1943 года Р. А. Руденко назначается на пост Прокурора Украинской ССР вместо А. И. Яченина – тот действовал в Красной армии на должности прокурора фронта.
Забот у руководителя прокуратуры второй по величине советской республики, серьезно пострадавшей от фашистов, было предостаточно. Прокурорский надзор был направлен на выполнение директив правительства о восстановлении народного хозяйства, соблюдение прав военнослужащих и членов их семей, инвалидов войны, трудящихся предприятий и колхозов, борьбу с детской беспризорностью. Р. А. Руденко лично возглавил работу по расследованию фактов злодеяний, бесчинств и террора нацистов против мирных жителей. Собранные по этому вопросу материалы передавались в созданную Правительством СССР Чрезвычайную государственную комиссию.
Незадолго до освобождения Киева, 4 октября 1943 года, Руденко своим приказом создал специальную группу. В приказе говорилось: «1. Группе войти в Киев в день его освобождения. 2. Под руководством и при содействии партийных и советских органов обеспечить соблюдение в нем социалистической законности и советского правопорядка».
Прокуроры вошли в город 6 ноября, вслед за войсками. Член группы К. Н. Гавинский вспоминал: «…Оставив позади пылающую Дариину, наша группа вышла к Днепру. Нашли лодку без весел и поплыли по течению, подгребая к правому берегу обломком доски. Нас снесло к разрушенному мосту. По его фермам добрались до берега. Среди руин Крещатика шла узкая тропа. По безлюдным улицам, промокшие и озябшие, но бесконечно счастливые, мы вышли на площадь Калинина.
Было шесть часов вечера. Неожиданно из репродуктора, установленного воинской частью на одной из стен полуразрушенного здания городского Совета, раздался голос диктора: «От Советского Информбюро…» Прозвучало сообщение об освобождении Киева.
На следующий же день мы приступили к делу. Прежде всего установили связь с прибывающими в город партийными и советскими работниками. Каждый из нас, возглавив одну из прокуратур района, обязан был немедленно организовать ее деятельность».
В столицу республики, еще дымящуюся военными пожарами, переместился Р. А. Руденко и весь аппарат прокуратуры.
Гавинский рассказывал автору книги, что Роман Андреевич проявил тогда большие организаторские способности и умение работать в экстремальных условиях. Был очень доступным для общения руководителем, все вопросы решал быстро, четко и профессионально.
В начале 1944 года на освобожденной территории Украины уже действовала 321 районная прокуратура. Кадры для них собирали по всей стране. По состоянию на июнь 1944 года в распоряжение Прокурора УССР прибыло две тысячи человек. Этого, конечно, не хватало, тогда Р. А. Руденко распорядился создать в шести городах краткосрочные юридические курсы.
Будучи профессионалом, он часто выступал в судах в качестве государственного обвинителя, в том числе и в Москве. Например, с 20 по 22 июня 1945 года Военная коллегия Верховного суда СССР рассматривала дело по обвинению генерала А. Б. Окулицкого и других (всего 15 человек), руководивших польским подпольем в тылу Красной армии (так называемой Армии Крайовой). В ходе террористической деятельности этой «армии» только с июля 1944-го по май 1945 года было убито и ранено около пятисот советских солдат и офицеров.
Основным обвинителем был утвержден Главный военный прокурор Н. П. Афанасьев. Когда при обсуждении этого дела у Сталина возник вопрос о том, кто будет помогать обвинителю, Афанасьев назвал Прокурора Украинской ССР Р. А. Руденко. Сталин с ним согласился.