После Февральской революции 1917 года никакой официальной должности во Временном правительстве Павел Николаевич не занимал, продолжая свою адвокатскую деятельность. Однако 25 сентября 1917 года А. Ф. Керенский неожиданно предложил ему пост министра юстиции и генерал-прокурора. Малянтович занимал этот пост ровно месяц, пока Октябрьская революция «до основания» не разрушила старый строй и не уничтожила буржуазный суд и прокуратуру. Накануне переворота министр Малянтович по приказанию А. Ф. Керенского подписал телеграмму об аресте В. И. Ленина, не подозревая, что впоследствии это сыграет трагическую роль в его жизни. Но имеются сведения, что он сам же и предупредил В.И. Ленина о грозившей ему опасности.
25 октября (7 ноября) 1917 года П.Н. Малянтович вместе со всеми другими членами Временного правительства находился в Зимнем дворце. Позже он подробно описал, что происходило там перед захватом дворца большевиками: «В огромной мышеловке бродили, изредка сходясь все вместе или отдельными группами на короткие беседы, обреченные люди, одинокие, всеми оставленные… Вокруг нас была пустота, внутри нас пустота, и в ней вырастала бездумная решимость равнодушного безразличия…» Комиссар Временного правительства, публицист В.Б. Станкевич, так вспоминал последние часы перед переворотом: «Вообще в правительстве было желание проявить упорство и мужество. Кишкин и Коновалов памятны своим подъемом и непрерывным благородным жестом. Но более характерен для обстановки и исторического момента был Малянтович. Он ничего не говорил, а только слушал. Его глаза скорбно сияли. И было чрезвычайно ясно, что он прекрасно понимает все причины событий, ясно видит последствия, но отчетливо сознает безнадежность борьбы и страдает от неспособности не только сделать, но и вообще делать что-нибудь для предотвращения опасности…»
Все находившиеся в Зимнем дворце члены Временного правительства были арестованы и препровождены в Петропавловскую крепость. Через день Малянтовича и некоторых других министров-социалистов освободили. Встретившийся с Павлом Николаевичем в тот период бывший его заместитель по министерству А. А. Демьянов вспоминал, что он «производил впечатление развалины, но не с точки зрения физической, а в моральном отношении. Казалось, Малянтович уже ни во что не верил, на все глядел с мрачностью и недоверием, хуже всего было то, что свое пессимистическое настроение он применял там, где говорилось о необходимости действовать. Он как бы гасил тот огонь, который горел еще в умах и сердцах желавших бороться. Этим он в тот момент принес немало вреда».
После освобождения из крепости Малянтович вышел из партии меньшевиков, в которую вступил накануне своего назначения министром, и переехал в Москву, где почти двадцать пять лет назад начинал блестящую адвокатскую деятельность. По иронии судьбы теперь, когда ему было уже под пятьдесят лет, приходилось начинать все сначала. В Москве он встречался со своими бывшими товарищами, они вместе обсуждали, как жить дальше, поругивали большевиков. К этому времени у Павла Николаевича было уже четверо детей. Правда, старший сын, Николай, уже определился с выбором своего пути – собирался эмигрировать. Владимир и Георгий оставались с отцом. Самой младшей в семье была дочь Галли, ей едва исполнилось девять лет.
В начале августа 1918 года Малянтович отправился в Пятигорск – там проходила курс лечения его жена Анжелика Павловна. Здесь его застал переворот, совершенный Добровольческой армией. В октябре того же года он перебрался в Екатеринодар (ныне Краснодар), где жил до сентября 1921 года. При белогвардейцах он занимался исключительно консультационной юридической практикой – был товарищем юрисконсульта Общегородской больничной кассы. После освобождения города поступил на службу в Кубанско-Черноморский областной отдел народного образования, выполняя там обязанности секретаря комиссии по разбору дел несовершеннолетних.
С. Я. Маршак, живший в те годы в Краснодаре, вспоминал: «Малянтович был очень увлечен своим делом, работал горячо и много, и люди, окружавшие его, отзывались о нем и его работе в высшей степени положительно». По его мнению, Малянтович «производил впечатление человека серьезного, мыслящего, стоящего на платформе Советской власти совершенно искренне, с подлинным желанием работать и быть полезным народу».
21 сентября 1921 года по вызову наркома просвещения А. В. Луначарского и наркома юстиции Д. И. Курского Павел Николаевич вернулся в Москву. Здесь он служил юрисконсультом в Главлескоме Высшего совета народного хозяйства, а также в юридическом отделе Президиума ВСНХ, с октября 1923-го по февраль 1924 года работал юристом в Акционерном обществе «Транспорт». Уже тогда его пытались привлечь к уголовной ответственности за телеграмму об аресте В. И. Ленина и даже задержали, но вскоре освободили.