В период с 1986-го по 1991 год Высшим политическим училищем имени 60-летия ВЛКСМ МВД СССР руководил генерал-майор Ю.П. Пряников.
В 1991 году к обязанностям начальника училища приступил генерал-майор Е.А. Федотов, который руководил им до 1993 года. В 1992 году училище переименовывается в Санкт-Петербургское высшее военное командное училище внутренних войск МВД России.
В 1993 году начальником училища назначен генерал-майор О.М. Латышев.
17 мая 1996 года училище реорганизовано в Санкт-Петербургский военный институт внутренних войск МВД России.
С декабря 1996 года Санкт-Петербургским военным институтом внутренних войск МВД России руководит генерал-майор М.М. Тарасов.
В августе 1998 года институт в качестве факультета по подготовке кадров для внутренних войск входит в состав Санкт-Петербургского университета МВД России, но уже в 2000 году Санкт-Петербургский военный институт внутренних войск МВД России вновь становится самостоятельным учебным заведением.
С апреля 2008-го по январь 2012 года Санкт-Петербургским военным институтом внутренних войск МВД России руководил генерал-майор Сергей Анатольевич Гончар.
Данный этап исторического развития военного института ознаменован переходом к обучению по новым федеральным государственным стандартам высшего профессионального образования. В связи с этим в институте были проведены большие организационно-штатные мероприятия, которые продолжаются сейчас и будут завершены в 2015 году. Так, 6 июля 2011 года в военном институте образованы два факультета: командный (обучение по специальности «правовое обеспечение национальной безопасности») и морально-психологического обеспечения (обучение по специальности «психология служебной деятельности»).
Затронули изменения и кафедры военного института. Так, вместо кафедр педагогики и гуманитарных и социальных наук создана кафедра философских и социально-экономических дисциплин, кафедру тактики внутренних войск сменила кафедра управления повседневной деятельностью, а кафедру математических и естественнонаучных дисциплин – кафедра информатики и математики. В 2013 году сформирован факультет подготовки кадров высшей квалификации и дополнительного профессионального образования, куда вошли адъюнктура, курсы повышения квалификации офицерского состава и кафедра теории и методики непрерывного профессионального образования.
С января 2012 года по настоящее время военный институт возглавляет генерал-майор Андрей Викторович Слюсарев. Санкт-Петербургский военный институт внутренних войск МВД России отметил свое 70-летие. У него богатая событиями и личностями история и, надеемся, не менее значительное будущее. С момента создания училище славилось своими замечательными учителями и высоким качеством образования. В учебе и тренировках, в условиях строгой дисциплины и дружеской взаимовыручки закалялся и формировался характер будущих офицеров, которые дерзко и отважно решали поставленные задачи, в самых сложных ситуациях демонстрировали высочайший уровень подготовки, силу духа и личное мужество. Золотым фондом и примером для новых поколений являются имена и подвиги трех Героев Советского Союза и десяти Героев Российской Федерации – выпускников военного института, а также курсантов и офицеров – участников вооруженных конфликтов последних десятилетий.
В одном строю с офицерами и курсантами идут ветераны военного института. В 2015 году, в год 70-летия Великой Победы, Михаил Владимирович Ашик, Анатолий Михайлович Хрунов и Владимир Яковлевич Слепов будут отмечать свой 90-летний юбилей, но глядя на то, с каким воодушевлением эти люди проводят встречи со школьниками, уроки мужества с курсантами, участвуют в других мероприятиях по патриотическому воспитанию молодежи, поневоле начинаешь завидовать их юношескому задору и понимаешь, что нынешним воинам есть на кого равняться! Новым поколениям следует всегда помнить подвиги участников Великой Отечественной войны: Героя Советского Союза Михаила Владимировича Ашика, Ивана Петровича Агапова, участника стрельнинского десанта Степана Сергеевича Семенца, Владимира Яковлевича Слепова, Анатолия Михайловича Хрунова и многих других. Продолжая ратные традиции, военный институт вносит серьезный вклад в подготовку высококвалифицированных офицерских кадров для внутренних войск МВД России. Выпускники с честью решают важные задачи по поддержанию конституционного порядка, обеспечению интересов государства и безопасности граждан. И в этом несомненная заслуга всего постоянного состава военного института – настоящих профессионалов, которые достойно выполняют свой долг, берегут честь мундира, являются образцом личной порядочности и принципиальности.
Высокая выучка, профессионализм, умение грамотно действовать в самой сложной обстановке, верность замечательным традициям своих предшественников и впредь будут присущи выпускникам Военного института.