После возвращения Чернышева из его поездки на Кавказ был создан особый «Кавказский комитет», который, кроме военного планирования, принялся за проекты переустройства системы управления на Кавказе. Чернышев полагал, что старая система, введенная еще генералом Ермоловым, пала жертвой мздоимства и злоупотреблений чиновников, превративших Кавказ в изощренный механизм наживы. И что этим административным мошенникам и дела не было до государственных интересов, не говоря уже об интересах горских народов. Именно в разрушении традиционного уклада жизни и неэффективности новых способов управления Чернышев увидел причину бесконечных волнений по всему Кавказу, когда восставала даже бывшая аристократия. Разрушение прежней системы управления, правовой хаос, нарушение традиционных экономических связей, неуважение к традициям и обычаям народов Кавказа, как считал Чернышев, объединили горцев и возвысили Шамиля.
«Отличающийся самонадеянностью» Чернышев писал:
«Система наших действий, будучи основанной исключительно на применении силы оружия, оставила политические средства совершенно не испробованными. Сумели же англичане упрочить свое положение в Индии политическими средствами. Тем самым они сберегли силы и выиграли время для подчинения страны. Не следует ли и нам испробовать эту систему?»
Под политическими средствами «совершенно не знающий Кавказа» Александр Иванович подразумевал «умелое и осторожное установление тайных связей, подкрепленных деньгами», с разными горскими обществами, находящимися под властью Шамиля.
Причины сопротивления горцев Чернышев видел в их невежестве, в незнании о пространстве и могуществе Российской империи и о том, что российские войска не ограничиваются одним Отдельным кавказским корпусом. Это невежество, по мнению военного министра, заставляло горцев думать, «ободряясь временными успехами», что Россия из-за недостатка средств откажется от планов по «умиротворению» Кавказа. По его мнению, появление отрядов российской армии в Чечне и в Дагестане должно произвести сильное впечатление на умы горцев, убедит их в военном могуществе Российской империи и сделает более сговорчивыми и здравомыслящими.
Чернышев совершенно справедливо считал, что политические меры необходимо дифференцировать в зависимости от отношения горцев к российским властям.
Будучи опытным военачальником, он прекрасно понимал, что одни только «нравственные убеждения» не смогут быть более весомыми, чем военные победы российских войск над Шамилем, и что только они заставят колеблющиеся в своих убеждениях горские общества исполнять требования российских властей «с должною покорностью».
Для того, чтобы ослабить влияние Шамиля, Чернышев считал необходимым «поселить несогласие и раздоры» среди его главных сподвижников.
В результате император согласился с мнением Чернышева «о необходимости проявлять достоинство» в отношениях с горцами «всеми имеющимися средствами». Стало быть, политические средства стали рассматриваться как важнейший инструмент в достижении целей, и применение их было признано способным «значительно облегчить успех всех будущих предприятий». Но при этом позиция военного министра Чернышева была однозначной — нужно прежде всего использовать политические средства, и только в случае их безрезультатности надо применять военную силу.
Председатель Государственного совета и Комитета министров
После смерти 64-летнего графа В.В. Левашова Александр Иванович был 3 ноября 1848 года назначен председателем Государственного совета, а 6 ноября — еще и Комитета министров (с сохранением прежних званий и должностей).
Чтобы было понятно, это была высшая должность в империи.
При этом осенью 1848 года Чернышев пережил инсульт.
Весной 1849 года доверие императора к Чернышеву выразилось в особом поручении, возложенном на него. Уезжая в действующую армию по случаю войны с венграми, Николай Павлович издал следующий секретный указ на имя князя Чернышева:
«Отъезжая в армию и за отбытием любезнейшего сына моего, Его Императорского Высочества государя наследника, поручаю вам в случаях чрезвычайных, которые могли бы потрясти общественное спокойствие, принять главное начальствование над столицей и над войсками, в С[анкт]-Петербурге и окрестностях расположенными, с властью, присвоенной званию главнокомандующего в военное время. По всегдашнему к вам доверию моему предоставляю сие повеление мое предъявить, когда востребует надобность».