В феврале 1909 года Лопухина приговорили к четырем годам каторги за разглашение служебной тайны и сотрудничество с эсерами. О похищении дочери он не сказал и в глазах либеральной публики выглядел героем, боровшимся с царскими сатрапами. Сенат смягчил приговор, заменив каторгу пожизненной ссылкой. Через четыре года он после амнистии в честь трехсотлетия династии вернулся в Петербург. Впрочем, драма Лопухина прошла для истории незамеченной, заслоненная шумной кампанией против правительства, развернувшейся в России из-за раскрытия Азефа.
Еще до ареста Лопухина в «Юманите» писалось: «Очевидно, правительство чувствует себя виноватым в деле Азефа, т.к. не решается задержать Лопухина. В любой стране государственный чиновник, выдавший вверенную ему служебную тайну, был бы немедленно арестован и соответственно наказан».
В Думе социал-демократы и трудовики сделали запрос, в котором прямо говорилось, что полиция сама организовала террор через своих агентов «в целях усиления реакции и для оправдания исключительных положений».
Октябристы заявили: «Благодаря делу Азефа партия социал-революционеров потерпела страшное поражение, и теперь она хочет выместить свою злобу».
Столыпин 11 февраля выступил в Думе с большой речью, отвечая на запрос. Прежде всего он сказал, что само определение «провокация» в деле Азефа не применимо, его используют революционеры для собственной выгоды.