Новогодняя запись 1901 года рождена тревожными размышлениями. Она гласит: "Мы вступаем в ХХ-е столетие. Что даст оно нам, человечеству и особенно еврейству? Судя по истории последних десятилетий отошедшего века, можно думать, что человечество идет к новому средневековью, к ужасам войны и национальной борьбы, к поруганию высших этических принципов в политике и частной жизни. Но не хочется верить в такое обобщение. Нынешняя отвратительная реакция должна вызвать контр-реакцию. 18-ый век был веком умственных переворотов, 19-ый - веком политических революций и научно-технического прогресса, 20-ый век должен вызвать революцию нравственную. Должен совершиться этический переворот в сознании большинства, испорченного ростом материальной культуры насчет духовной".
Напряженная кабинетная работа помешала писателю пристальнее всмотреться в то, что происходило вокруг. Ставя прогнозы насчет ближайшего будущего, он проглядел рост революционного движения. Между тем признаки общественного недовольства становились всё более явными: зимою и весною 1901 года оно нашло исход в массовых студенческих демонстрациях и забастовках. Ответом сверху были яростные полицейские репрессии и преследование независимой печати. В еврейских кругах параллельно с революционными настроениями усиливались национальные. В Одессе, считавшейся одним из крупнейших еврейских центров, стал очевидным процесс расслоения интеллигенции. Недавние теоретические дискуссии между националистами и ассимиляторами на заседаниях Общества Просвещения привели к открытому конфликту, когда на очередь поставлен был практический вопрос о программе еврейских народных школ, субсидировавшихся Обществом. С. Дубнов невольно очутился в центре борьбы, разгоревшейся вокруг проблемы национального воспитания,
В середине девяностых годов в среде членов Общества образовалась сплоченная группа, требовавшая расширения преподавания еврейской истории, литературы и древнееврейского языка. Целью этой группы было создание школы нового типа, носящей (109) национальный характер. Комитет Общества по-прежнему держался принципа русской школы для еврейских детей. В ответ на требование оппозиции он заявил, что национальное воспитание несовместимо с общеевропейским образованием. Ожесточенная баталия разыгралась на очередном общем собрании весной 1901 г. Огорченный резкостью полемики и нападками, носившими личный характер, С. Дубнов тщетно пытался перенести прения на принципиальную почву. Он возражал против разграничения между "еврейским" и "общеобразовательным" элементом в обучении. "Ни одна живая нация - заявлял он - не знает такого различения, ибо общечеловеческое всегда воспринимается через национальное, и если нам недоступно преподавание на национальном языке, то мы должны, по крайней мере, усилить в программе национальное содержание. Ведь для народа в диаспоре национальное воспитание является суррогатом территории; школа должна быть щитом против ассимилирующего влияния среды, а не только поставщицей "полезных знаний"; кроме утилитарных задач она имеет моральные и духовные".
В обществе и прессе было много шума по поводу этого собрания; оно было началом той деятельности, которую С. Дубнов назвал "культуркампфом" (борьбой в области культуры). Сионисты и националисты, объединившись, образовали "Комитет национализации", ставивший себе задачей борьбу за усиление национального элемента в еврейских общественных учреждениях и прежде всего в школе. В этой организации ахад-гаамисты составляли центр; на крайних флангах находились политические сионисты и "дубновисты".
Выступления на собраниях отнимали у писателя много времени и энергии; несмотря на это, он своевременно закончил третью часть учебника, посвященную средним и новым векам. Учебник этот не был допущен в школы: его содержание вызвало неудовольствие цензуры. Автору поставлено было в вину, что он "старается выставить... заслуги евреев и умалчивает ... о темных сторонах их деятельности, объясняющих враждебное отношение к ним народов". Особенно возмутили цензоров-бюрократов главы, содержавшие критику мер правительства по отношению к евреям. Цензурный запрет разрушил планы писателя; третья часть учебника, в отличие от первых двух, осталась (110) внешкольным пособием, и лишь немногие учителя пользовались ею тайком от начальства.
К практическим неудачам С. Дубнов привык относиться стоически; гораздо больше угнетала его мысль, что случайные работы отодвигают в неопределенное будущее давно задуманный большой труд. Тем не менее он не считал себя вправе отказываться от попыток популяризации еврейской истории. Когда в Америке начала выходить Еврейская Энциклопедия на английском языке, он счел своим долгом помочь новому изданию и в течение ряда лет выполнял обязанности редактора-консультанта.