Но если американцы лишь деликатно намекали маршалу Сталину о непорядках в его доме, то немцы откровенно готовились обратить Церковь против Советов. У себя дома фюрер разорял католические храмы, арестовывал и даже расстреливал священников, но на захваченных землях России он по тактическим соображениям приказал религиозные чувства верующих не оскорблять. Сами гитлеровцы храмов не открывали, но когда в управы с такой просьбой обращались верующие, разрешения давались немедленно. В Харькове при областной управе оккупанты создали даже Комиссию по делам религии, в общем, довольно благосклонную к русскому православному духовенству; в Пскове действовала православная миссия, которая открывала церкви, печатала богослужебные книги, организовывала религиозное обучение детей. При всем том фашисты оставались фашистами; они арестовывали, пытали и убивали каждого, кого подозревали в сотрудничестве с партизанами или в шпионаже. Случалось, что жертвами их становились священники. Известны случаи, когда местные коменданты приказывали священникам возносить молитвы во славу фюрера и германского оружия. Но в целом "для пользы дела" гитлеровские власти на оккупированных территориях к Церкви благоволили.
На Украине в захваченных немцами областях число вновь открытых храмов исчислялось сотнями. Нашлись готовые служить священники, а вскоре обнаружились и архиереи. Епископ Поликарп Сикорский в западных районах Украины объявил себя главой Украинской автокефальной (не подчиняющейся Московской патриархии) Церкви. Группа прибалтийских архиереев во главе с митрополитом Литовским Сергием Воскресенским, ближайшим помощником Сергия старшего, в 1940 году приехавшим из Москвы, послала приветственную телеграмму Гитлеру. Епископы заявляли, что Сергий - заложник Советской власти, вынужденный служить ей только под угрозой.
Возникла серьезная опасность, что Гитлер сделает мученичество Русской Православной Церкви своим политическим козырем. То была сильная карта, особенно для общественного мнения нейтральных стран и для США. Почему немцы не довели свой план до конца, сказать трудно. Может быть, им вскружили голову их военные успехи, а может быть, в последний момент их смутила идеологическая сторона вопроса. Ведь в Уставе Национал-социалистической немецкой рабочей партии (НСДАП), как и Уставе ВКП(б), борьба с религией объявлялась обязательным делом партийца.
Так с двух сторон - из Европы и Америки - напирала на Сталина проблема российского православия. Напирала тогда, когда сам он совсем еще не готов был потакать церковникам и благодетельствовать верующим. Наиболее рискованной представлялась ситуация, возникшая на оккупированных землях. Когда в октябре 1941 года немцы подошли к окраинам Москвы и возникла реальная опасность падения столицы, в верхах НКВД сообразили, что глава православных митрополит Сергий может оказаться для гитлеровцев ценнейшим трофеем. По логике ЧК - ОГПУ - НКВД - КГБ в таких случаях предполагаемый "вражеский трофей" надо либо уничтожить, либо вывезти. Расстрелять было проще, но тогда могли поднять вой западные союзники. Решили вывозить. В НКВД срочно изготовили официальную бумагу - распоряжение Московского городского Совета депутатов трудящихся No 3/331 от 7 октября 1941 года,- в которой митрополиту Сергию и его Патриархии предписывалось покинуть Москву и направиться на жительство в город Чкалов (Оренбург).
Церковный писатель А. Э. Краснов-Левитин рассказывает, как на его глазах 14 октября осуществилась эта операция. Вагон, предназначенный для церковников, стоял на запасных путях Казанского вокзала. В середине дня к вагону подъехала легковая машина, в которой в сопровождении крупного чина НКВД находились глава так называемой Обновленческой Церкви Александр Введенский и его заместитель митрополит Виталий. Когда обновленцы забрались в вагон, то обнаружили, что там уже сидит несколько человек: руководство баптистской общины, а также одноглазый старик, старообрядческий архиепископ Московский и всея Руси Иринарх.