Алексей ответил, что в церковь не ходит, но издевательские карнавалы во время Пасхи и Рождества его возмущают. Молодого солдата оставили на этот раз в покое. Тем не менее, не ожидая для себя ничего хорошего в Ташкенте, Алексей покинул родной город. Он переехал в Ленинград, но преследования продолжались и там. В 1935 году на очередных военных сборах, когда часть готовилась к выезду в военные лагеря, Алексея Войно-Ясенецкого вызвали прямо из строя, оставили в городе и затем несколько раз допрашивали в органах НКВД.
Особенно тягостная юность выпала на долю Михаила. После возвращения из ссылки старшего Войно-Ясенецкого младшего приняли на медицинский факультет университета. Учился Михаил хорошо. Заинтересовался медициной, перестал хулиганить. Однако каждая новая кампания "за классовую чистоту высшей школы" заканчивалась для него исключением. Ему так и не дали бы получить высшее образование, если бы не заступничество профессора Слонима. Друг семьи Войно-Ясенецких использовал свое влияние на властей и несколько раз водворял юношу обратно в университет. После очередного исключения от Михаила потребовали, чтобы он отрекся от отца-епископа публично. Повторилась ситуация, о которой рассказывал своим седокам раскулаченный крестьянин из Бурч-Муллы. По воспоминаниям старых ташкентцев, Михаил от отца отрекся, но продолжал обедать дома. Его выследили институтские "активисты". Состоялось новое разбирательство и новое исключение...
Епископ Лука мучительно переживал издевательства, которым подвергали его семью. Но узел его отношений с детьми был значительно сложнее, чем могло показаться со стороны. И не только внешние силы были тому виной. Однажды в 1928 году отцу попали в руки записи, которые вел младший сын. Валентину едва исполнилось пятнадцать лет. Был он болезнен, худ, бледен и, может быть, из-за этого вызывал у отца особенно нежные чувства. Но Войно не умел открывать себя близким. Его сосредоточенность окружающие рассматривали как признак характера мрачного и холодного. В записках, не предназначенных для чужих глаз, Валентин жаловался на то, что отец к нему равнодушен, невнимателен, что он, Валентин, лишен элементарного родительского воспитания. Лука прочитал эти полные укоризны строки и позвал сына в кабинет. Разговор был тяжел для обоих. В нем незримо присутствовала покойница Анна Васильевна. "Если бы мама была жива..." Мальчику казалось, что "холодность" отца возникла лишь после смерти матери. Лука серьезно и терпеливо разъяснял сыну-подростку свои жизненные принципы. "Ты упрекаешь меня, но я считаю, что главное воспитание - это пример. Я воспитывал вас, моих детей, примером своей жизни. Или этого недостаточно?"
Владыка был искренен. Он подавал (и не только своим детям) пример, достойный всяческого подражания. А когда не мог быть рядом с семьей, писал детям письма. Всю страсть отцовского чувства, весь талант пастыря вкладывал он в эти письма-проповеди, которые должны были, по его мнению, донести до детей накопленный им жизненный опыт.