Тотчас после первого ареста Луки всех четырех, оставленных на попечение Софьи Сергеевны Велицкой, выгнали из квартиры. Кое-как рассовав книги и вещи по знакомым, они поселились в крохотной комнатушке, куда вход вел через окно. Каморка была так мала, что разместиться в ней было бы невозможно, если бы Велицкая не построила двухэтажные нары. Валентин и Алексей спали под потолком, а Лена и Михаил — внизу. После смерти матери у всех детей Войно-Ясенецкого была положительная реакция на туберкулез. Они нуждались в свежем воздухе, усиленном питании. Но откуда было взять это самое питание? Благодаря заступничеству доктора Слонима Велицкую с работы не выгнали. Она кормила детей и себя на сестринское жалованье — два червонца в месяц. Жили, конечно, впроголодь, не помогали ни ночные дежурства, ни различные приработки, на которые соглашалась трудолюбивая Софья Сергеевна. Ее любимцами были младшие — Валя и Лена. Но и этих приходилось на целые дни оставлять одних. Вернувшись с работы, названая мать часто находила своих детей исцарапанными, грязными, в разорванной одежде. Начинались чистка, штопка, мытье до глубокой ночи.
Из всех детей не любил Велицкую только Михаил, старший. После ареста отца он бросил школу, бродяжил по городу, хулиганил. Юношу устроили в ремесленное училище, но скоро его и оттуда исключили как сына «попа». Михаил еще больше озлобился. С Алексеем повторилось то же самое: его как сына классового врага исключили из десятого класса. Осенью 1928 года власти смилостивились и направили школьника в другое учебное заведение с многообещающим названием «Школа имени Песталоцци». Директор школы, мрачно глядя в сопроводительные документы, проворчал: «Ты сын попа. Я тебя возьму, раз прислали, но, если мне пришлют сына рабочего, я тебя выгоню». По счастью, сына рабочего, претендовавшего на то же место, не оказалось. И Алексей среднюю школу окончил.
Дети епископа Луки полной мерой заплатили за «поповство» отца. Клеймо политической неблагонадежности преследовало их почти два десятка лет кряду. Они оставались неприкасаемыми не только в школе и в институте, но и позднее, на военной и гражданской службе, при получении паспорта, каждый раз прописывались на новое место жительства. Девятнадцатилетнего Алексея, который проходил военные сборы неподалеку от Ташкента, вызвал к себе политрук:
— Как попал к нам? Нам поповских детей не надо. А сам верующий?
Алексей ответил, что в церковь не ходит, но издевательские карнавалы во время Пасхи и Рождества его возмущают. Молодого солдата оставили на этот раз в покое. Тем не менее, не ожидая для себя ничего хорошего в Ташкенте, Алексей покинул родной город. Он переехал в Ленинград, но преследования продолжались и там. В 1935 году на очередных военных сборах, когда часть готовилась к выезду в военные лагеря, Алексея Войно-Ясенецкого вызвали прямо из строя, оставили в городе и затем несколько раз допрашивали в органах НКВД.
Особенно тягостная юность выпала на долю Михаила. После возвращения из ссылки старшего Войно-Ясенецкого младшего приняли на медицинский факультет университета. Учился Михаил хорошо. Заинтересовался медициной, перестал хулиганить. Однако каждая новая кампания «за классовую чистоту высшей школы» заканчивалась для него исключением. Ему так и не дали бы получить высшее образование, если бы не заступничество профессора Слонима. Друг семьи Войно-Ясенецких использовал свое влияние на властей и несколько раз водворял юношу обратно в университет. После очередного исключения от Михаила потребовали, чтобы он отрекся от отца-епископа публично. Повторилась ситуация, о которой рассказывал своим седокам раскулаченный крестьянин из Бурч-Муллы. По воспоминаниям старых ташкентцев, Михаил от отца отрекся, но продолжал обедать дома. Его выследили институтские «активисты». Состоялось новое разбирательство и новое исключение…