…Все лето 1923 года в Ташкенте продолжалась борьба «живой церкви» против священников и верующих, преданных традиционному православию. Власти делали все, чтобы расчистить дорогу своим ставленникам. Арестовывали каждого, кто оставался верен Тихону и тихоновскому епископу Луке. «Туркестанская правда» на своих страницах вела непрерывную травлю явных и тайных противников «живой церкви». Заголовки газетных статей той поры достаточно выразительны: «Поп-мошенник», «Завещание лжеепископа Ясенецкого», «Гибель богов». Первого августа газета вышла с большим интервью, которое дал все тому же корреспонденту Горину вновь назначенный обновленческий епископ Николай Коблов. Имя Ясенецкого повторялось в интервью несколько раз и всякий раз в сопровождении политических проклятий. Деятельность Луки в Ташкенте «обновленец» оценил именно так, как это выгодно было для его хозяев: «…Контрреволюционная демагогическая работа». Затем «епископ» Николай сделал корреспонденту заявление совсем уже в духе тех доносов, что делал в Москве Председатель Всероссийского церковного управления (ВЦУ) Красницкий: «Последней и главной опорой тихоновщины считаю не религиозные, а политические мотивы. Кто предан искренне советской власти и новому социалистическому порядку, тот не может противиться обновлению и ВЦУ».
К середине августа все было кончено: все храмы в городе перешли к «живоцерковникам». Но… храмы эти стояли пустыми. «Завещание» епископа Луки — несколько десятков перепечатанных на машинке листочков — оказали на прихожан значительно большее влияние, чем газетные заклинания партийных пропагандистов и «живоцерковников». Пока Ясенецкий оставался в городе, его слово, его запрет на сношение с «вепрем» звучали для тысяч верующих как голос пророка. В ГПУ поняли: Луку надо как можно скорее выслать за пределы Туркестана. И вот, «оформив» Войно-Ясенецкого как политического преступника, Петерс отправил его в Москву, в распоряжение Главного Политического Управления. Последняя «милость» ГПУ состояла в том, что «опасный» арестант получил сутки на сборы и прощание с семьей.
Всю ночь большая квартира главного врача была полна прихожанами. Люди шли проститься с человеком, пользующимся в городе абсолютным уважением и доверием, верующие жаждали услышать последнее наставление. Утром, побывав на могиле жены, Лука направился на вокзал. Ехать ему разрешили не в арестантском, а в пассажирском вагоне. Надо полагать, в этот утренний час люди Петерса испытали наконец облегчение: операция «епископ» завершилась успешно. Лука попадает теперь в дальнюю, долгую ссылку, откуда ему едва ли суждено вернуться. А без него совсем нетрудно будет навести порядок в церковной жизни города. И все же в последний миг, когда поезд уже трогался с места, чекисты испытали еще одну встряску. Несколько десятков верующих мужчины и женщины — легли на рельсы, они не желали отпускать своего пастыря. Ташкент снова продемонстрировал профессору-епископу Войно-Ясенецкому любовь и преданность.
Продолжавшийся почти пять месяцев путь из Туркестана в Москву, а оттуда в Восточную Сибирь описан в «Мемуарах» Владыки Луки с протокольной точностью, хотя и крайне немногословно. В Москве Владыке в течение недели разрешили жить на частной квартире. За это время он дважды встречался с Патриархом Тихоном и один раз в церкви Вознесенья в Кадашах служил с ним литургию. Патриарха к этому времени выпустили из тюрьмы, и он снова возглавлял Русскую Православную Церковь. В закулисной игре властей, где еще недавно все козыри принадлежали «живоцерковникам», произошел какой-то перебой. Почему ГПУ отшатнулось вдруг от недавних своих любимцев, мы не знаем. Может быть, власти были обеспокоены слишком широкой оппозицией, которую за рубежом и по всей стране вызвали наглые действия «живоцерковников». Во всяком случае, в соответствующих кабинетах начали разрабатывать новую церковную политику, в которой Патриарху отводилось уже более или менее достойное место. О беседах Войно-Ясенецкого с Патриархом мы знаем только то, что Тихон подтвердил право епископа Туркестанского заниматься хирургией. Что касается Луки, то можно не сомневаться: встреча в Москве еще более подогрела его религиозный энтузиазм, сделала его еще более страстным поборником традиционного православия и непримиримым врагом «живой церкви».
Во время второго посещения дома на Лубянке Войно-Ясенецкий был арестован и помещен в Бутырскую тюрьму. Бандиты и жулики в камере относились к профессору-епископу, по его словам, «довольно прилично». В Бутырках просидел он месяца два. Из наиболее значительных событий того времени осталось у него в памяти первое появление симптомов сердечной болезни, которая в дальнейшем усилилась и на полпути к месту ссылки обернулась миокардитом с большими отеками на ногах. В Бутырках же, к большой своей радости, Владыка достал Новый Завет на немецком языке и усердно читал его, сидя в камере.