Последние годы жизни Леонтий занимал должность ректора Академии художеств. Смутное время уже приближалось. Среди учащейся молодежи назревало поголовное фрондирование начальства и постепенно оно перешло (во всех слоях общества) в открытое возмущение режимом. Но деятельность ректора Бенуа не подвергалась общей критике, ученический состав не выносил ему порицаний, его не собирались "вывезти на тачке". Уважение, которым Леонтий пользовался, даже у молодежи, оставалось до конца непоколебимым. Уважали же ученики Академии своего профессора и ректора и как безупречно хорошего человека (вне всякого вопроса о принадлежности его к какому-либо "классу") и как толкового и внимательного руководителя. Он не был словоохотлив, он ненавидел пустое разглагольствование, у него была манера просто, спокойно делиться своими знаниями, не навязывая советов; свою же критику он высказывал до того искренне и просто, что это не могло ни обидеть, ни озлобить. В чисто художественных вопросах он опять-таки искренно интересовался всякими "поисками нового", предлагаемыми современными теоретиками и, если не давал особенно убедительных ответов на эти вопросы, то умел в других возбудить к ним внимание. Наконец, покоряюще продолжала действовать и вся талантливость его натуры, всё та же изумительная легкость карандаша, та же аппетитная сноровка "заливать акварелью и тушью". Ныне характерные для него приемы могли бы показаться устарелыми, но кому давалось видеть самое применение этих приемов, получали огромное удовольствие с примесью большого уважения к подобному мастерству. Даже после воцарения большевиков Леонтий, бывший любимец в. к. Владимира Александровича и в. к. Марии Павловны, бывший Архитектор Высочайшего Двора, продолжал профессорствовать, хотя уже ректором он не состоял (да и самая эта должность как будто была упразднена). Популярность же Леонтия в академической среде получила особенно внушительное выражение в момент его кончины, в 1928 году. Ему были устроены от Академии такие похороны, которые вообще не допускались для "пережитков буржуазии" в пролетарском государстве. Его тело было выставлено в круглом Конференц-зале, в котором он когда-то был чествуем, как самый талантливый из учеников, у гроба его дежурили академисты, а до-кладбища его провожала тысячная толпа.