О том, что пифагореизм был аполлоновской философией, свидетельствует тот факт, что, по представлениям пифагорейцев, и человеческая душа, и весь мир в целом имеют музыкально-числовую основу, и А. Ф. Лосев не случайно назвал пифагорейское учение о гармонии восьми небесных сфер "подлинно аполлоновской философией" ("Античная мифология в ее историческом развитии", М., 1957, с. 343). Кроме того, у Аполлона основной функцией была очистительная, и греческие философы производили поэтому его имя от глагола apolouw ("отмываю", "очищаю"). Пифагорейская же практическая философия вся была нацелена на очищение, во-первых, тела, во-вторых, души и, в-третьих, ума. Очищение тела производилось у пифагорейцев посредством поста и правильной диеты, которой они придавали решающее значение, так как, по сообщению Ямвлиха, хирургические средства вмешательства в телесные процессы для их регулирования и даже внутренние лекарственные средства пифагорейцы отвергали и из лекарственных препаратов применяли лишь мази. Очищение же души производилось у пифагорейцев, во-первых, путем выработки определенных нравственных качеств, в первую очередь мужества - через пятилетнее молчание, телесные упражнения , различные виды воздержания для победы над низшей, вожделенной частью души. Ямвлих упоминает, а Плутарх подробно рассказывает об обычае пифагорейцев уставлять пиршественный стол яствами, растравливать в себе вожделение к ним, а затем отдавать все это рабам, одержав таким образом победу над собой, точнее над худшей частью своей души ("О демоне Сократа"). Во-вторых, лечение и очищение души осуществлялось посредством правильно подобранных ладов и мелодий, иногда сопровождаться приговариванием магических слов, с помощью которых пифагорейцы как бы заклинали душу и образумливали ее. И самым главным, последним и завершающим видом очищения было очищение ума: созерцая пространственно-геометрические числа и отношения между ними, пифагорейцы отвлекались от телесного мира и восходили к чистому, бестелесному миру. Ямвлих называет эту деятельность пифагорейцев "математическими обрядами". Но для того, чтобы правильно совершать эти обряды, предварительно надо было освободить душу от страстей.У души, согласно пифагорейским представлениям, есть часть монадическая, мужская, разумная и часть диадическая, женская, чувственная. Последняя часть человеческой души страстно придана к материальному миру, и эта страстная привязанность женской части человеческой души является источником страдательных состояний, в которые то и дело ввергается человек, если он оказывается неспособным противостоять своим страстям и вожделениям. Врачевателем человеческих душ, как известно, был опять же Аполлон, потому что Асклепий лечил тела. Поэтому все приемы очищения души, применяемые пифагорейцами, являются в сущности приемами Аполлона, и потому они не случайно воспринимали Пифагора как самого Аполлона или по крайней мере богочеловека.
Не подлежит сомнению, что Пифагор обладал некоторыми способностями, которые нам, обычным людям, могут показаться чудесными. Так, например, он явно обладал способностью улавливать простым ухом музыкальную волну, исходящую от звезд, и слышать их стремительный жужжащий полет, который Ямвлих называет словом 'roizhmata. И об этой способности Пифагора говорит не один Ямвлих. Скептицизм современных ученых по этому поводу не имеет оснований, потому что Пушкин, например, говоря о новых способностях, открывшихся у пророка, в частности, говорит от его лица: "И внял я неба содроганье", а Блок в одном из своих стихотворений, в котором он говорит о больших, правда опасных, потенциях человеческой души, пишет:
О тоска! Через тысячи лет Мы не сможем измерить души, Мы услышим полет всех планет, Громовые раскаты в тиши. А пока в неизвестном живем И не ведаем сил мы своих...