Что касается Федора, то после отзыва в Москву он в 1937 году выезжал в Голландию, где установил контакт с бывшим разведчиком одной из западных стран, проживавшим в Германии, и привлек его к работе на Советский Союз. От источника поступали весьма важные материалы, которые освещали главным образом вопросы строительства военных судов, аэродромов и посадочных площадок в Германии.
В начале 1938 года в связи с предательством Вальтера Кривицкого Федор вновь был отозван в Москву. 27 мая 1938 года он был арестован и находился под следствием до июня 1939 года. Причиной ареста была его совместная работа с репрессированными сотрудниками ИНО Гордоном и Силли, а также рекомендации, которые ему ранее дали репрессированные к тому времени Дерибас и Смирнов. Лишь в июне 1939 года он был освобожден из заключения по указанию Берии. Как ни странно, этому способствовали письма «Марты» к нему, а также то, что она продолжала по просьбе оперработника сотрудничать с советской разведкой. Обвинения в том, что Федор работал с «Мартой» «под колпаком» гестапо, также отпали как беспочвенные.
В 1940 году Парпаров был восстановлен в НКВД с присвоением звания майора госбезопасности, что соответствовало званию армейского полковника.
В конце 1940 года Ф.К. Парпаров выехал в Эстонию, где восстановил связь с «Эльзой», одним из ранее завербованных им агентов в германском министерстве иностранных дел. «Эльза» сообщила, в частности, о концентрации германских вооруженных сил на юго-восточном направлении и передала разведчику другие ценные сведения. Особо важное значение имела информация о наращивании Германией своих войск на югославской границе, которые затем были введены в эту страну для подавления народного восстания. Эта операция на три недели отсрочила нападение Германии на Советский Союз. Активная работа с «Эльзой» продолжалась до весны 1941 года. Позднее выяснилось, что «Эльза», подобно «Марте», пострадала во время бомбардировки Берлина английской авиацией, получила тяжелую контузию и скончалась в американской зоне оккупации.
С весны 1941 года Ф. Парпаров с «легальных» позиций выполнял ответственное задание Центра в Прибалтике. Война застала его вместе с семьей в Литве. Эвакуироваться пришлось под непрерывными бомбежками и под огнем немецких танков. С большим трудом разведчик добрался до Москвы. В июне 1941 года он был зачислен в состав Отдельной мотострелковой бригады особого назначения 4-го управления НКВД.
В октябре 1941 года Парпаров был возвращен во внешнюю разведку и направлен нелегальным резидентом в Швейцарию через Иран. Однако в апреле 1943 года у разведчика возникли проблемы со швейцарской визой, и он вынужден был возвратиться в Москву.
Ф.К. Парпарова вновь направили в распоряжение 4-го управления НКВД. Ему пришлось работать с генерал-фельдмаршалом Паулюсом, находившимся после разгрома его армии под Сталинградом, в плену в лагере под Суздалем. Как крупный специалист но Германии, после окончания войны Парпаров участвовал в подготовке Потсдамской конференции и Нюрнбергского процесса, на котором он представил фельдмаршала международным судьям, что вызвало сенсацию у присутствовавших на процессе журналистов. Затем участвовал в мероприятиях, связанных с организацией деятельности оккупационных властей в Германии.
В середине 1950-х годов Федор Карпович вышел в отставку. До кончины в 1959 году возглавлял военную кафедру в МГУ.
Как рассказывал сын Ф.К. Парпарова — Лев Федорович, находившийся вместе с отцом в Германии и работавший на Нюрнбергском процессе в качестве переводчика немецкого языка, Федор Карпович после войны стеснялся появляться на общественных пляжах, поскольку когда он снимал рубашку, на его спине были отчетливо видны рубцы и полосы от заживших ран. Они остались еще с того довоенного времени, когда отважный разведчик подвергался пыткам и истязаниям в ежовских застенках.
Лев Федорович Парпаров работал над книгой воспоминаний о своем отце, и разведка оказывала ему помощь в подборе интересующих его материалов. Однако довести до конца начатый труд ему не удалось. Преждевременная смерть, наступившая в результате сердечного приступа в 2001 году, оборвала работу. Книга осталась незавершенной.
Глава 11. Герои России родом из США
15 июня 1996 года Указом Президента Российской Федерация за успешное выполнение специальных заданий но обеспечению государственной безопасности в условиях, сопряженных с риском для жизни, проявленные при этом героизм и мужество звание Героя России было посмертно присвоено замечательной советской разведчице-нелегалу Леонтине Коэн.
Несколько ранее, 20 июля 1995 года, такого же высокого звания был посмертно удостоен другой легендарный советский разведчик-нелегал Моррис Коэн — муж и боевой товарищ Леонтины.