Много времени потратил Малиновский на подготовку речи, которую он должен был произнести в присутствии императора на торжественном акте открытия Лицея. Но речь никак не нравилась министру народного просвещения А. К. Разумовскому. Мало в ней было торжественности и совсем отсутствовала пышность. В конце концов Разумовский махнул рукой и повелел Малиновскому прочитать чужую речь, сочиненную для него в министерстве. На открытии Лицея 19 октября с этой речью все-таки вышел конфуз, описанный в воспоминаниях И. И. Пущина: «…робко выдвинулся вперед наш директор В. Ф. Малиновский со свертком в руке. Бледный как смерть, начал что-то читать; читал довольно долго, но вряд ли многие могли его слышать, так голос его был слаб и прерывист. Заметно было, что сидевшие в задних рядах начали перешептываться и прислоняться к спинкам кресел. Проявление не совсем ободрительное для оратора, который, кончивши речь свою, поклонился и еле живой возвратился на свое место. Мы, школьники, больше всех были рады, что он замолк: гости сидели, а мы должны были стоя слушать его и ничего не слышать». Любопытно, что этот фрагмент воспоминаний, опубликованный в 1859 г. в «Атенее», вызвал решительные возражения некоего автора, подписавшегося в «Русском инвалиде»: «первого курса лицеист». Он обиделся за Малиновского и вспомнил к случаю лицейские стишки о Пущине:
В воспоминаниях декабриста А. Е. Розена также находим ответ Пущину: «Товарищ мой И. И. Пущин, воспитанник Лицея, в позднейших записках своих, напечатанных в Атенее, описывая день открытия Лицея, выставил директора в крайнем смущении. Малиновский был необыкновенно скромен и проникнут важностью церемонии, в первый раз в жизни говорил с государем и должен был произнести речь, которая десятки раз была переправлена предварительною цензурою; так мудрено ли, что он был смущен и дивно ли, что природа не дала ему голоса лихого батальонного командира перед фронтом». Из всего этого следует только, что Малиновский был личностью обаятельнейшей: ни чужих речей не умел читать; ни перед царем заискивать, а умел поставить порученное дело так, что за полтора века слава Лицея не померкла. Еще разрабатывая устав, Малиновский добился, чтобы строго-настрого запретили в Лицее телесные наказания. Это совершенно необычное для той поры установление было внесено в устав. Впоследствии Николай I ввел порку и для воспитанников Лицея — «в виде исключения», конечно.
Малиновский был для лицейских первого набора отцом родным, — без малейшего преувеличения. Он не бранил, не наказывал, не пугал — он ласково журил виноватого. Он не насиловал зубрежкой и не угрожал «мерами» — он выявлял способности и не «давил», если таковых не оказывалось. В его записной книжке под заголовком «О неустрашимости в бедах и твердости духа» значится: «Решимость разумного человека ни сколь не поколеблется от страха, что бы ни произошло». На другом листке он формулирует свой этический принцип: «Войну объявить лицемерию. Ценить выше малое внутреннее добро против великого наружного — даже уничтожить сие как полушку против фальшивой серебряной гривны, и пятак медный выше фальшивого рубля и червонца». Строже всего в Лицее относился он к своему сыну — Ивану и всегда готов был отстаивать правоту товарищей перед ним. Разве только в записной книжке, которую вел для одного себя, он мог поместить суждение о воспитанниках, не слишком лестное (о Пушкине, например). А в общении с ними он был мягок и ласков, навсегда запечатлев след добра в душе Пушкина. Даже слово «повеса», мелькающее в записях Малиновского о Пушкине, не стоит понимать как осуждение.
Тяжко сложилась директорская пора Малиновского. Сперва грянула война 1812 года, когда нужно было думать не столько об учении, сколько о прокормлении и безопасности воспитанников (№ 15). 26 ноября 1812 г. он докладывал министру: «Здоровье воспитанников сохраняется в вожделенном состоянии, больница почти всегда пуста. Прогулка, баня и хорошая пища сберегает их от расслабления и припадков. В доме наблюдается чистота и порядок». В том же 1812-м умерла жена Малиновского, оставив на его попечении малолетних детей. Горестно закончил свой путь этот, быть может, самый влиятельный из наставников Пушкина. «Безмерные и постоянные его труды, — пишет А. Е. Розен, — ослабили его зрение, расстроили его здоровье <…> в 1814 г., пробыв два года директором, скончался на месте должности, в такой бедности, что родной брат похоронил его…»