В феврале наши путешественники начали сухопутное путешествие по Кордофану, в бассейне Белого Нила, и пробыли здесь четыре месяца, собирая коллекции местной фауны. Особенно много попадалось им орлов, соколов и грифов. Здесь же они познакомились и с царственными львами, а также с леопардами и гиенами. Для охотника-натуралиста эта страна представляла тогда настоящий рай, но жаркий, убийственный климат заставил наших путешественников возвратиться больными в Хартум, а отсюда, спустя некоторое время, они отправились со всеми коллекциями и зверинцем в Каир. 29 января 1849 года барон Мюллер сел в Александрии на пароход, чтобы ехать в Европу, Брэм же остался в Египте, чтобы предпринять на его средства второе путешествие по Африке; все собранные им коллекции поступали в пользу Мюллера. В стране фараонов Брэм оставался до мая 1850 г., изучая быт страны и нравы ее обитателей. При этом, для лучшего ознакомления с бытом жителей, он не только научился говорить по-арабски, но и стал носить местную одежду и даже участвовал в магометанских процессиях, так что арабы считали его совсем своим; думая, что он стал правоверным, они уверяли, что его настоящее имя — И-бре-ем (Ибрагим), и никак не хотели признавать имени Альфред, похожего на арабское слово афреид (дьявол). По совету своих арабских друзей молодой ученый принял прозвище Халил-Эффенди, что значительно облегчило ему сношения с арабами.
24 февраля 1850 г., получив деньги от Мюллера, Брэм в компании со своим старшим братом, Оскаром, и врачем Р. Фирталером поднялись на барке по Нилу, а затем от местечка Вади-Гальфа продолжали путь до Новой Донголы. Места здесь были богаты всевозможною дичью, и путешественники только радовались, видя, как увеличиваются их коллекции. Но в Донголе случилось большое несчастье: Оскар утонул во время купанья. Смерть его была большой утратой для всей экспедиции (не говоря уже о Брэме, горячо любившем брата), так как покойный был знатоком насекомых, которые были вообще мало известны Альфреду Брэму (оттого в его описаниях редко упоминаются насекомые, разве только такие, какие бросаются в глаза своей окраской или величиной, напр., некоторые жуки и бабочки). Оскара похоронили в пустыне, а караван 13 июня вернулся в Хартум, где был уже новый губернатор, Абдул-эль-Латиф-паша. Впрочем, и он гостеприимно принял путешественников. Мало того, он даже ссудил Брэма деньгами, когда у того истощились средства, а барон Мюллер не прислал новых. Из Хартума наш натуралист сделал экспедицию сначала в леса Голубого Нила, затем далеко за Сеннар. Экспедиции дали богатый материал для коллекций, особенно последняя: путешественники чуть не каждую ночь слышали рев львов, видели целые стада слонов и огромные стаи обезьян, охотились на крокодилов и бегемотов, собрали обширную коллекцию шкурок редких птиц…
В марте 1851 г. в Хартум пришло, наконец, давно ожидаемое письмо барона Мюллера, но содержание его было не радостно для Брэма: барон писал, что он совершенно обанкротился и потому не мог прислать денег. Положение Брэма было отчаянное: без денег, вдали от родины… Что может быть хуже этого? Хорошо еще, что местные мусульманские купцы, питавшие к нему уважение, ссудили его небольшими средствами. Но ведь не все же ему жить на чужой счет! Между тем приходилось содержать не только членов экспедиции, но и животных, которых набрался большой зверинец: тут были и птицы, и обезьяны, крокодилы, львица. Все эти дикие животные в умелых руках Брэма превратились в мирных друзей дома. Способности нашего натуралиста приручать зверей так удивляли арабов, что они прозвали Брэма колдуном.
Не зная, как справиться со своим положением, Брэм провел в Суданы целых 14 месяцев, пока, наконец, его не выручил из беды тот же добрый губернатор, снова ссудив его деньгами. А тут подошла помощь и с другой стороны: один немецкий купец, находившийся тогда в Хартуме, предложил ему даром доставить всех зверей и коллекции в Каир. Брэму оставалось только с благодарностью принять предложенную помощь. Забрав весь свой багаж, он поехал в Каир, здесь отдохнул в течение зимы и летом 1852 г. отправился в Европу. В Вене ему пришлось распродать часть своих сокровищ и даже расстаться с любимой, верной львицей Бахидой, чтобы расплатиться с долгами. За то он имел удовольствие сознавать, что теперь вполне независим, и с легким сердцем поспешил в родной дом, куда и прибыл 16 июля, после пятилетнего отсутствия.