В Москве 25 июля 1662 года началось людское брожение, вылившееся в так называемый «медный бунт». Тысячи москвичей: посадских людей, среди которых было немало мелких торговцев, стрельцов, наемных рабочих, городская беднота – всех тех, кто особенно страдал от обесценения денег, стали толпами собираться на площадях. В местах скопления людей уже кто-то расклеил «листы» с обличением царского тестя И.Д. Милославского, богатого купца В. Шорина и других бояр, которых считали виновными в организации выпуска медных денег. Их обвиняли в обмане народа, предательстве интересов страны. Большая толпа стрельцов и посадских двинулась с этими «подметными письмами» в село Коломенское под Москвой, с требованием выдачи указанных лиц на расправу. В это время царь Алексей Михайлович находился в церкви и принимал участие в обедне. Но он уже был извещен о начавшемся бунте и упрятал подальше своего тестя, других высших сановников, которых народ требовал на расправу. Когда толпа подступила к церкви, царь вышел навстречу бунтовщикам. Как сообщает летопись, с челобитчиками Алексей Михайлович говорил «тихим обычаем и обещал им учинить скорый сыск и правую расправу» над всеми «лихоимцами и ворами», увещевал толпу разойтись. Во время беседы с царем некоторые смельчаки подступали к нему совсем близко, хватали за царское одеяние. Алексей Михайлович выдержал эти наскоки и даже поклялся разобраться во всех делах, а в знак убедительности своих слов протянул повстанцам руку, и кто-то из толпы «с царем бил по рукам». Этот искренний жест заставил поверить в монаршую милость и справедливость, успокоил собравшихся, и люди двинулись обратно в Москву. А в это время в Москву скакали верные люди с призывом к стрелецким полкам двинуться в Коломенское.
В самой Москве разрасталось народное волнение, начались погромы дворов тех бояр и купцов, которые были причастны к денежной реформе. Некоторые из них бежали из столицы. Особенно досталось дворам двух богатых купцов – В.Г. Шорина и С.Ф. Задорина, которым правительство отдало на откуп сбор многих податей и пошлин. Прошел слух, что они искали спасение в Польше. Это ещё больше разъярило толпу.
Тысячи москвичей вновь ринулись в Коломенское искать царской правды. На пути они встретили тех, кто только что беседовал с царем, и повернули их назад. Восставшие снова подступили к царю с требованием выдать «изменников». Вначале Алексей Михайлович пытался миром закончить очередные переговоры, но обстановка накалялась, в адрес царя посыпались угрозы. В это время ему доложили, что верные части уже стянуты к Коломенскому. Тон царя круто изменился – грозно он крикнул бунтовщикам, чтобы те разошлись, а когда перепалка продолжилась, приказал охране «тех людей бити и рубити до смерти и живых ловити». В бой были брошены стрелецкие полки. Началось избиение «невежливо бивших челом». Многих отогнали к Москве-реке и топили. Начался сыск по всему городу. Повсюду стояли крепкие заставы, караулы прочесывали улицы. Всех причастных к бунту или просто заподозренных сажали в темницы. Начались многодневные допросы «с пристрастием», т. е. с жестокими средневековыми пытками – раскаленным железом, дыбой, водой, плетьми. Виновных в «заговоре и скопе» четвертовали, вешали. Во время народных волнений погибло несколько сот москвичей, а вечером того же дня было схвачено и повешено еще более ста челобитчиков. Оставленным в живых отсекали руки и ноги, вырывали языки, выжигали на лбу буквы «б» и «в», что означало «бунтовщик» и «вор». Сотни людей были сосланы в отдаленные концы страны.
По сообщениям беглого посольского дьяка Г.К. Котошихина «и того ж дни около того села повесили со 150 человек, а остальным всем был указ, пытали и жгли, и по сыску за вину отсекали руки и ноги и у рук и у ног пальцы, а иных бив кнутьем, розослали всех в дальние города, в Казань, и в Астрахань, и на Терки, и в Сибирь, на вечное житье, а иным пущим вором того ж дни, в ночи, учинен указ, завязав руки назад, посадя в большие суды, потопили в Москве реке».
Как и прежде, московское восстание дало начало вспышкам неповиновения и в некоторых других районах страны, особенно в национальных, где под влиянием русских переселенцев и новых властей рушились вековые порядки и обычаи. Поднялся мятеж в недавно вошедшей в состав России Башкирии, волнения возникли в ряде уездов Сибири – ведь от денежной реформы страдали все низшие слои населения. С большим трудом местным властям удалось навести здесь порядок.
Основным итогом московского бунта стала постепенная отмена медной монеты. Сначала, в 1663 году, медные дворы были закрыты в Новгороде и Пскове, затем в Москве и Новгороде возобновили чеканку серебряной монеты, а всю медную деньгу полностью изъяли из наличного обращения и переплавили ее для иных нужд. Медные деньги были обменены правительством, причем за один медный рубль выплачивали одну копейку серебром.