Речь шла о массе исков населения к кормленщикам. А. Адашев был приставлен царем к разбору челобитных, которые царь обещал принимать от каждого в случае утеснений и несправедливости. Челобитная изба, возглавляемая А. Адашевым, не справлялась с их рассмотрением. Царь просил о своеобразной амнистии по этим искам, но не собирался прощать «обид», нанесенных наместниками местному населению. Собор «честно и грозно» (по формулировке тех времен) принял обращение царя и предложение о составлении нового Судебника, с целью установить твердый порядок управления и судопроизводства, ограничив власть «кормленщиков». Так началось наступление верховной власти и земщины на привилегии областных управителей – родовитой княжеско-боярской знати. Расправы, однако, не последовало – царь призвал всех по-христиански простить друг другу обиды и впредь блюсти справедливость. Сам Иван Васильевич обещал стоять на ее страже и призывал митрополита и иерархов обличать его, государя, если в чем он будет не прав.
Реформы не привели к достижению согласия между основными политическими силами, достижению баланса сил и интересов. Реформы послужили укреплению верховной власти царя. Именно он в значительной мере сумел воспользоваться результатами, полученными от эпохи сотрудничества с Избранной радой. В то же время, сама Избранная рада, столь много способствовавшая росту авторитета и власти царя, сама стала главной жертвой этой возросшей царской власти. Иван IV перестал в ней нуждаться, более того, она становилась помехой в его делах. Особенно отчетливо этот конфликт царя с его еще недавно ближайшим окружением проявился в конце 1550-х годов в связи с вопросом о дальнейшей внешнеполитической ориентации страны. Представители Избранной рады, исходя из реального соотношения сил, добивались доведения до логического конца «восточной» политики России. Но Иван IV вопреки ей все больше склонялся к переориентации внешней политики на Запад. Результатом победы Ивана IV в этом споре стала не только Ливонская война (1558–1583), но и падение правительства А. Адашева, а с ним и фактическое окончание эпохи компромисса. Царь сделал свой выбор отнюдь не в его пользу. Отказ от компромисса привел к появлению печально известной «опричнины».
После кончины в 1560 году любимой первой жены Ивана IV Анастасии Романовны происходит его разрыв с Сильвестром и Адашевым. Ближайшие советники царя удалены от двора, а затем отправлены в ссылку.
В соседней русской и православной Литве, соединенной с короной Польской, жили родственные роды русских князей и панов, которые пользовались широкими олигархическими привилегиями сословных сеймов и выборов королей. Связи с ними московских бояр не могли не порождать у них соблазнительных помыслов. Вскоре начинаются преследования бояр, заподозренных в измене (отъезде в Литву). Ситуацию усугубило то обстоятельство, что оппозиция рассчитывала получить военную помощь извне. Несмотря на старания недовольных, им не удалось избежать огласки и суда. Во время полоцкого похода в конце 1562 года на сторону литовцев перешел знатный дворянин Борис Хлызнев-Колычев. В 1564 году в Литву сбежал князь-воевода Андрей Курбский, приславший царю письмо с обвинениями. Встревоженный бегством в Литву князя Курбского и некоторых других бояр, Грозный царь стал готовиться к решительной борьбе со всеми, кого считал своими врагами.
Трон Грозного зашатался вследствие внутреннего политического кризиса. Столкнувшись с неповиновением знати, Иван IV пришел к мысли, что ему не одолеть «непослушников», пока те владеют огромными земельными богатствами. Царь Иван IV объявил, что намерен ограничить княжеское землевладение по примеру деда и отца. По его указанию руководители приказов приступили к разработке Уложения о княжеских вотчинах, получившего силу закона после утверждения в Думе 15 января 1562 года. Новое Уложение категорически воспрещало княжатам продавать и менять старинные родовые земли. Выморочные княжеские владения, которые доставались прежде монастырям, теперь объявлены были исключительной собственностью казны. Братья и племянники умершего князя-вотчинника могли наследовать его земли лишь с разрешения царя. У вдов и дочерей «великие вотчины» отбирались с известной компенсацией.
Княжеская аристократия отнеслась к новым земельным законам резко враждебно. Курбский обвинил Грозного в истреблении суздальской знати и разграблении ее богатств и недвижимых имуществ. Его гневные жалобы с очевидностью показали, сколь глубоко меры против княжеско-боярско-вотчинного землевладения задели интересы родовой знати. Бояре громко жаловались на нарушение старинных привилегий. Новое земельное Уложение не затрагивало интересов руководителей Думы в лице Бельских и Мстиславских.